SDI Indexer scan for coordinates

geoportal-service/src/test/java/org/gcube/application/geoportal/service/profiledDocuments/AbstractProfiledDocumentsTests.java

@@ -42,11 +42,10 @@ public abstract class AbstractProfiledDocumentsTests extends BasicServiceTestUni
 	}
 
 
-
-
 	protected abstract WebTarget baseTarget();
 
 
+
 	@Test
 	public void getAll() {
 		assumeTrue(GCubeTest.isTestInfrastructureEnabled());

sdi-plugins/src/main/java/org/gcube/application/cms/sdi/engine/bboxes/BBOXByCoordinatePaths.java

@@ -0,0 +1,72 @@
+package org.gcube.application.cms.sdi.engine.bboxes;
+
+import lombok.Data;
+import lombok.Getter;
+import lombok.ToString;
+import lombok.extern.slf4j.Slf4j;
+import org.bson.Document;
+import org.gcube.application.cms.serialization.Serialization;
+import org.gcube.application.geoportal.common.model.JSONPathWrapper;
+import org.gcube.application.geoportal.common.model.document.filesets.sdi.GCubeSDILayer;
+import org.gcube.application.geoportal.common.model.useCaseDescriptor.UseCaseDescriptor;
+
+import java.util.List;
+
+@Slf4j
+public class BBOXByCoordinatePaths extends BBOXEvaluator{
+
+    @Data
+    @ToString
+    public static class CoordinatesPathBean{
+        private String x;
+        private String y;
+        private String z;
+    }
+
+
+
+    public BBOXByCoordinatePaths() {
+        super("COORDINATES_PATH");
+    }
+
+    @Override
+    public boolean isConfigured(Document profileConfiguration) {
+        return profileConfiguration.containsKey("coordinatesPath");
+    }
+
+    @Override
+    public GCubeSDILayer.BBOX evaluate(Document profileConfiguration, UseCaseDescriptor useCaseDescriptor, JSONPathWrapper documentNavigator) {
+        List coordsConfig=profileConfiguration.get("coordinatesPaths",List.class);
+        GCubeSDILayer.BBOX toSet = null;
+        for(Object coordsObj:coordsConfig){
+            log.debug("UseCaseDescriptor {} : Evaluating coords {} ", useCaseDescriptor.getId(),coordsObj);
+            CoordinatesPathBean bean = Serialization.convert(coordsObj,CoordinatesPathBean.class);
+            
+            // x
+            if(bean.getX()!=null)
+                // for found 
+                for(Double x : documentNavigator.getByPath(bean.getX(),Double.class)) {
+                    if(toSet == null) toSet = new GCubeSDILayer.BBOX();
+                    if (toSet.getMinX()==null || x< toSet.getMinX()) toSet.setMinX(x);
+                    if (toSet.getMaxX()==null || x> toSet.getMaxX()) toSet.setMaxX(x);
+                }
+            // y
+            if(bean.getY()!=null)
+                // for found 
+                for(Double y : documentNavigator.getByPath(bean.getY(),Double.class)) {
+                    if(toSet == null) toSet = new GCubeSDILayer.BBOX();
+                    if (toSet.getMinY()==null || y< toSet.getMinY()) toSet.setMinY(y);
+                    if (toSet.getMaxY()==null || y> toSet.getMaxY()) toSet.setMaxY(y);
+                }
+            // z
+            if(bean.getZ()!=null)
+                // for found 
+                for(Double z : documentNavigator.getByPath(bean.getZ(),Double.class)) {
+                    if(toSet == null) toSet = new GCubeSDILayer.BBOX();
+                    if (toSet.getMinZ()==null || z< toSet.getMinZ()) toSet.setMinZ(z);
+                    if (toSet.getMaxZ()==null || z> toSet.getMaxZ()) toSet.setMaxZ(z);
+                }
+        }
+        return toSet;
+    }
+}

sdi-plugins/src/main/java/org/gcube/application/cms/sdi/engine/bboxes/BBOXEvaluator.java

@@ -0,0 +1,26 @@
+package org.gcube.application.cms.sdi.engine.bboxes;
+
+import lombok.NonNull;
+import lombok.RequiredArgsConstructor;
+import lombok.ToString;
+import lombok.extern.slf4j.Slf4j;
+import org.bson.Document;
+import org.gcube.application.cms.serialization.Serialization;
+import org.gcube.application.geoportal.common.model.JSONPathWrapper;
+import org.gcube.application.geoportal.common.model.document.filesets.sdi.GCubeSDILayer;
+import org.gcube.application.geoportal.common.model.useCaseDescriptor.UseCaseDescriptor;
+
+import java.util.List;
+
+@RequiredArgsConstructor
+@ToString
+@Slf4j
+public abstract class BBOXEvaluator {
+
+    @NonNull
+    private String name;
+
+    public abstract boolean isConfigured(Document profileConfiguration);
+    public abstract GCubeSDILayer.BBOX evaluate(Document profileConfiguration, UseCaseDescriptor useCaseDescriptor, JSONPathWrapper documentNavigator);
+
+}

sdi-plugins/src/main/java/org/gcube/application/cms/sdi/engine/bboxes/BBOXPathScanner.java

@@ -0,0 +1,48 @@
+package org.gcube.application.cms.sdi.engine.bboxes;
+
+import lombok.NonNull;
+import lombok.extern.slf4j.Slf4j;
+import org.bson.Document;
+import org.gcube.application.cms.serialization.Serialization;
+import org.gcube.application.geoportal.common.model.JSONPathWrapper;
+import org.gcube.application.geoportal.common.model.document.filesets.sdi.GCubeSDILayer;
+import org.gcube.application.geoportal.common.model.useCaseDescriptor.UseCaseDescriptor;
+
+import java.util.List;
+
+@Slf4j
+public class BBOXPathScanner extends BBOXEvaluator{
+
+
+    public BBOXPathScanner() {
+        super("BBOX PATH SCANNER");
+    }
+
+    @Override
+    public boolean isConfigured(Document profileConfiguration) {
+        return profileConfiguration.containsKey("bboxEvaluation");
+    }
+
+    @Override
+    public GCubeSDILayer.BBOX evaluate(Document profileConfiguration, UseCaseDescriptor useCaseDescriptor, JSONPathWrapper documentNavigator) {
+        List bboxEvaluationPaths = profileConfiguration.get("bboxEvaluation",List.class);
+        GCubeSDILayer.BBOX toSet = null;
+        for(Object pathObj : bboxEvaluationPaths){
+            log.debug("UseCaseDescriptor {} : Evaluating path {} ", useCaseDescriptor.getId(),pathObj);
+            List<Object> bboxObjects = documentNavigator.getByPath(pathObj.toString());
+            log.debug("UseCaseDescriptor {} : Evaluating path {} .. results {} ", useCaseDescriptor.getId(),pathObj,bboxObjects);
+            for(Object bboxObject  : bboxObjects) {
+                log.info("Matched path {}, value is {} ",pathObj.toString(),bboxObject);
+                GCubeSDILayer.BBOX box = Serialization.convert(bboxObject, GCubeSDILayer.BBOX.class);
+
+                if(toSet == null) toSet = box;
+                if(box.getMaxX()>toSet.getMaxX()) toSet.setMaxX(box.getMaxX());
+                if(box.getMaxY()>toSet.getMaxY()) toSet.setMaxY(box.getMaxY());
+
+                if(box.getMinX()<toSet.getMinX()) toSet.setMinX(box.getMinX());
+                if(box.getMinY()<toSet.getMinY()) toSet.setMinY(box.getMinY());
+            }
+        }
+        return toSet;
+    }
+}

sdi-plugins/src/main/java/org/gcube/application/cms/sdi/plugins/SDIIndexerPlugin.java

@@ -9,7 +9,9 @@ import org.gcube.application.cms.plugins.faults.IndexingException;
 import org.gcube.application.cms.plugins.faults.InitializationException;
 import org.gcube.application.cms.plugins.faults.InvalidPluginRequestException;
 import org.gcube.application.cms.plugins.faults.InvalidProfileException;
-import org.gcube.application.cms.plugins.model.ComparableVersion;
+import org.gcube.application.cms.sdi.engine.bboxes.BBOXByCoordinatePaths;
+import org.gcube.application.cms.sdi.engine.bboxes.BBOXEvaluator;
+import org.gcube.application.cms.sdi.engine.bboxes.BBOXPathScanner;
 import org.gcube.application.geoportal.common.model.document.identification.IdentificationReference;
 import org.gcube.application.geoportal.common.model.document.identification.SpatialReference;
 import org.gcube.application.geoportal.common.model.plugins.IndexerPluginDescriptor;
@@ -58,10 +60,18 @@ public class SDIIndexerPlugin extends SDIAbstractPlugin implements IndexerPlugin
     static final PluginDescriptor DESCRIPTOR=new PluginDescriptor("SDI-Indexer-Plugin",
             IndexerPluginDescriptor.INDEXER);
 
+    static final ArrayList<BBOXEvaluator> BBOX_EVALUATORS=new ArrayList<>();
+
     static {
         DESCRIPTOR.setDescription("SDI Indexer. " +
                 "Manage Centroids layers.");
         DESCRIPTOR.setVersion(new Semver("1.0.0"));
+
+        BBOX_EVALUATORS.add(new BBOXPathScanner());
+        BBOX_EVALUATORS.add(new BBOXByCoordinatePaths());
+
+
+
     }
 
     @Override
@@ -151,30 +161,27 @@ public class SDIIndexerPlugin extends SDIAbstractPlugin implements IndexerPlugin
             } else{
                 // unable to use current Spatial reference, try evaluating it
                 log.debug("UseCaseDescriptor {} : Getting evaluation paths from useCaseDescriptor.. ", useCaseDescriptor.getId());
-                List bboxEvaluationPaths = profileConfiguration.get("bboxEvaluation",List.class);
-                if(bboxEvaluationPaths==null || bboxEvaluationPaths.isEmpty())
-                    throw new Exception("Missing configuration bboxEvaluation");
 
+                // for each configuration option try until found
                 GCubeSDILayer.BBOX toSet = null;
-                for(Object pathObj : bboxEvaluationPaths){
-                    log.debug("UseCaseDescriptor {} : Evaluating path {} ", useCaseDescriptor.getId(),pathObj);
-                    List<Object> bboxObjects = documentNavigator.getByPath(pathObj.toString());
-                    log.debug("UseCaseDescriptor {} : Evaluating path {} .. results {} ", useCaseDescriptor.getId(),pathObj,bboxObjects);
-                    for(Object bboxObject  : bboxObjects) {
-                        log.info("Matched path {}, value is {} ",pathObj.toString(),bboxObject);
-                        GCubeSDILayer.BBOX box = Serialization.convert(bboxObject, GCubeSDILayer.BBOX.class);
-
-                        if(toSet == null) toSet = box;
-                        if(box.getMaxX()>toSet.getMaxX()) toSet.setMaxX(box.getMaxX());
-                        if(box.getMaxY()>toSet.getMaxY()) toSet.setMaxY(box.getMaxY());
-
-                        if(box.getMinX()<toSet.getMinX()) toSet.setMinX(box.getMinX());
-                        if(box.getMinY()<toSet.getMinY()) toSet.setMinY(box.getMinY());
+                for(BBOXEvaluator evaluator : BBOX_EVALUATORS){
+                    log.trace("UCD {}, Project {}. Evaluating BBOX with {}",useCaseDescriptor.getId(),project.getId(),evaluator);
+                    try{
+                        if(evaluator.isConfigured(profileConfiguration)){
+                            toSet=evaluator.evaluate(profileConfiguration,useCaseDescriptor,documentNavigator);
+                            if(toSet!=null) {
+                                log.info("UCD {}, Project {}. Evaluated BBOX {} with method {}",
+                                        useCaseDescriptor.getId(),project.getId(),toSet,evaluator);
+                                break;
+                            }
+                        }
+                    }catch (Throwable t){
+                        log.warn("UCD {}, Project {}. Exception with {}",
+                                useCaseDescriptor.getId(),project.getId(),evaluator,t);
                     }
                 }
-
-                if(toSet == null)
-                    throw new IndexingException("No BBOX has been found on paths : "+bboxEvaluationPaths);
+                if(toSet== null)
+                    throw new IndexingException("No BBOX has been evaluated from project");
 
                 Double pointX=(toSet.getMaxX()-toSet.getMinX());
                 Double pointY = toSet.getMaxY()-toSet.getMinY();

test-data/profiledDocuments/profiles/mosi.json

@@ -1,34 +1,215 @@
 {
-  "_id" : "MOSI",
-  "_version" : "1.0.0",
-  "_name" : "GNA : MOSI",
-
-  "_description" : "Modulistica siti",
-  "_creationInfo": {
-    "_user" : {
-      "_username": "fabio.sinibaldi"
-    }
-  },
-
-
-  "_dataAccessPolicies" : [
-    {"_policy" : {"_read" : "own", "_write" : "own"}, "_roles":[]},
-    {"_policy" : {"_read" : "any", "_write" : "none"}, "_roles":["Guest"],
-      "_enforcer": {"_filter" :  "{\"_lifecycleInformation._phase\" :  {\"$eq\" :  \"PUBLISHED\"}}"}},
-    {"_policy" : {"_read" : "any", "_write" : "none"}, "_roles":["Editor"]},
-    {"_policy" : {"_read" : "any", "_write" : "any"}, "_roles":["Admin"]}
-  ],
-
-
-  "_handlers" : [
+  "_id": "GNA-MOSI",
+  "_mongoId": null,
+  "_version": "1.0.0",
+  "_name": "GNA : MOSI",
+  "_description": "Modulistica siti",
+  "_handlers": [
     {
-      "_id" :  "DEFAULT-SINGLE-STEP",
-      "_type" :  "LifecycleManagement",
-      "_configuration" : {
-        "step_access" : [
-          {"STEP" : "PUBLISH", "roles" :[]}
+      "_id": "DEFAULT-SINGLE-STEP",
+      "_type": "LifecycleManagement",
+      "_configuration": {
+        "step_access": [
+          {
+            "STEP": "PUBLISH",
+            "roles": []
+          }
+        ]
+      }
+    },
+    {
+      "_id": "SDI-Indexer-Plugin",
+      "_type": "Indexer",
+      "_configuration": {
+        "explicitFieldMapping": [],
+        "additionalLayers": [
+          {
+            "source": {
+              "url": "..."
+            },
+            "toSetTitle": ""
+          }
         ]
       }
     }
-  ]
+  ],
+  "_dataAccessPolicies": [
+      {"_policy": {"_read": "any","_write": "own"},"_roles": []}
+  ],
+  "_schema" :{
+  "CD" : {"_min":1, "_label" : "IDENTIFICAZIONE","_children" :{
+    "TSK" : {"_min":1,"_type": "DIRECT-CL", "_values": ["MOSI"],"_label":"Tipo modulo"},
+    "CMD" : {"_min":1,"_label":"Codice modulo"},
+    "ESC" : {"_min":1,"_label":"Ente schedatore"},
+    "ECP" : {"_min":1,"_label":"Ente competente per tutela"},
+    "CBC" : {"_label":"Identificativo scheda bene culturale"},
+    "ACC" : {"_max":-1,"_label":"ALTRO CODICE", "_children": {
+      "ACCE" :  {"_label": "Ente/soggetto responsabile","_type": "DIRECT-CL", "_values": ["MATTM","Regione","Ente Territoriale","GNA"]},
+      "ACCC" :  {"_label": "Codice Identificativo","_type": "DIRECT-CL", "_values": ["MATTM","Regione","Ente Territoriale","GNA"]},
+      "ACCS" :  {"_label" : "Note"}}}}},
+  "OG" : {"_label": "AREA/SITO","_children": {
+    "AMB": {"_label":"Ambito di tutela MiBAC","_min":1,"_type" : "STRING-CONSTANT", "_value":"archelogico"},
+    "AMA": {"_label":"Ambito di applicazione","_min":1,"_type" : "STRING-CONSTANT", "_value":"archeologia preventiva"},
+    "OGD": {"_min":1,"_label":"Definizione","_type": "DIRECT-CL", "_values": [
+      {"ogd" : "area di materiale mobile", "ogt": []},
+      {"ogd" : "area di uso funerario", "ogt": ["necropoli","monumento funerario"]},
+      {"ogd" : "deposizione di materiale", "ogt": []},
+      {"ogd" : "elemento per la confinazione", "ogt": []},
+      {"ogd" : "elemento toponomastico", "ogt": []},
+      {"ogd" : "giacimento in cavita' naturale", "ogt": []},
+      {"ogd" : "giacimento palentonlogico", "ogt": []},
+      {"ogd" : "giacimento subacqueo", "ogt": ["carico di materiale di bordo"]},
+      {"ogd" : "infrastruttura agraria", "ogt": ["canalizzazione","terrazzamento a scopo agricolo","tracce di coltivazione"]},
+      {"ogd" : "infrastruttura assistenziale", "ogt": []},
+      {"ogd" : "infrastruttura di consolidamento", "ogt": []},
+      {"ogd" : "infrastruttura di servizio", "ogt": []},
+      {"ogd" : "infrastruttura idrica", "ogt": []},
+      {"ogd" : "infrastruttura portuale", "ogt": []},
+      {"ogd" : "infrastruttura viaria", "ogt": []},
+      {"ogd" : "insediamento", "ogt": ["villaggio nuragico"]},
+      {"ogd" : "luogo ad uso pubblico", "ogt": []},
+      {"ogd" : "luogo di attivita' produttiva", "ogt": []},
+      {"ogd" : "monumento", "ogt": []},
+      {"ogd" : "ritrovamento sporadico", "ogt": []},
+      {"ogd" : "sito non identificato", "ogt": ["strutture murarie","pavimentazione"]},
+      {"ogd" : "sito pluristratificato", "ogt": []},
+      {"ogd" : "struttura abitativa", "ogt": []},
+      {"ogd" : "struttura di fortificazione", "ogt": ["fossato","rocca","porta","torre"]},
+      {"ogd" : "strutture per il culto", "ogt": []},
+      {"ogd" : "tracce di frequentazione", "ogt": []},
+      {"ogd" : "area priva di tracce archeologiche", "ogt": []}]},
+    "OGT": {"_label":"Tipologia","_type": "Derivate-CL-Field", "_sourcePath": "$.OG.OGD","_field": "ogt"},
+    "OGN" :  {"_label" : "Denominazione"}}},
+  "LC" : {"_label": "LOCALIZZAZIONE","_min":1,"_children": {
+    "LCS": {"_label":"Stato","_min":1,"_type": "DIRECT-STRING-CL", "_values": ["Italia"]},
+    "LCR": {"_label":"Regione","_min":1,"_type": "REMOTE-CL", "_url" : "","_mediatype": "application/json","_field": "lcs"},
+    "LCP": {"_label":"Provincia","_min":1,"_type": "Derivate-CL-Field", "_sourcePath": "$.LC.LCR","_field": "lcr"},
+    "LCC": {"_label":"Comune","_min":1,"_type": "Derivate-CL-Field", "_sourcePath": "$.LC.LCP","_field": "lcp"},
+    "LCI": {"_label":"Indirizzo"},
+    "PVL": {"_label":"Toponimo"},
+    "PVZ": {"_label":"Tipo di contesto","_type": "DIRECT-STRING-CL", "_values": ["contesto urbano","contesto suburbano","contesto territoriale","contesto subacqueo"]},
+    "ACB" : {"_label":"ACCESSIBILITA'","_children": {
+      "ACBA": {"_label":"Accessibilita'","_type": "DIRECT-STRING-CL", "_values": ["si","no","in parte","disponibile"]},
+      "ACBS": {"_label":"Note"}}}}},
+  "DT" : {"_label":"CRONOLOGIA","_min":1,"_children": {
+    "DTR": {"_label":"Riferimento tecnologico","_min":1},
+    "DTT": {"_label":"Note"}}},
+  "DA" : {"_label":"DATI ANALITICI","_min":1,"_children":{
+    "DES": {"_label":"Descrizione","_min":1},
+    "OGM": {"_label":"Modalita' di individuazione","_type": "DIRECT-STRING-CL", "_values": ["analisi di testimonianze materiali provenienti dall'area in esame[specificare in nota d'ambito il significato del lemma]",
+      "cartografia storica","dati bibliografici","dati di archivio","documentazione di indagini archeologiche pregresse", "fonti orali","fotointerpretazione/fotorestituzione",
+      "indagini geomorfiche [carotaggi etc.]","prospezioni geofisiche", "riprese da drone","ricognizione archologica/survey"]}}},
+  "GE" : {"_min":1,"_label":"GEOREFERENZIAZIONE","_children": {
+    "GEL": {"_min":1,"_label":"Tipo di localizzazione","_type": "DIRECT-STRING-CL", "_values": ["localizzazione fisica"]},
+    "GET": {"_min":1,"_label":"Tipo di georeferenziazione","_type": "DIRECT-STRING-CL", "_values": ["georeferenziazione puntuale","georeferenziazione lineare","georeferenziazione areale"]},
+    "GEP": {"_min":1,"_label":"Sistema di riferimento","_type": "DIRECT-STRING-CL", "_values": ["WGS84"]},
+    "GEC" : {"_min":1,"_label":"COORDINATE","_children": {
+      "GECX": {"_min":1,"_label":"Coordinata x"},
+      "GECY": {"_min":1,"_label":"Coordinata y"}}},
+    "GPT": {"_min":1,"_label":"Tecnica di georeferenziazione","_type": "DIRECT-STRING-CL", "_values": ["rilievo da cartografia con sopralluogo","rilievo da cartografia senza sopralluogo",
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