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Fabio Sinibaldi 2022-05-18 18:24:57 +02:00
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30
cms-plugin-framework/src/test/java/org/gcube/application/cms/plugins/SimpleLifecycleTests.java Normal file
View File

@ -0,0 +1,30 @@
package org.gcube.application.cms.plugins;
import com.sun.org.apache.xpath.internal.axes.BasicTestIterator;
import org.gcube.application.cms.plugins.implementations.SimpleLifeCycleManager;
import org.gcube.application.cms.plugins.requests.EventExecutionRequest;
import org.gcube.application.cms.plugins.requests.StepExecutionRequest;
import org.gcube.application.geoportal.common.model.document.Project;
public class SimpleLifecycleTests{
// NB cannot use test commons, need to separate modules
// extends
// BasicPluginTest {
//
// @Test
// public void testFullCycle(){
// SimpleLifeCycleManager manager = plugins.get(SimpleLifeCycleManager.PLUGIN_ID);
//
// StepExecutionRequest request = new StepExecutionRequest();
//
// Project p = null;
//
// EventExecutionRequest eventRequest = new EventExecutionRequest();
//
// manager.onEvent()
//
// manager.performStep()
// }
}

4
geoportal-common/src/main/java/org/gcube/application/geoportal/common/model/rest/RegisterFileSetRequest.java
View File

@ -5,6 +5,7 @@ import lombok.Data;
import lombok.NoArgsConstructor;
import org.bson.Document;
import org.gcube.application.geoportal.common.faults.InvalidRequestException;
import org.gcube.application.geoportal.common.model.document.access.Access;
import javax.xml.bind.annotation.XmlRootElement;
import java.util.List;
@ -31,6 +32,9 @@ public class RegisterFileSetRequest {
private List<TempFile> streams;
private Document attributes;
// Default is project's access
private Access toSetAccess;
private ClashOptions clashOption;
public void validate()throws InvalidRequestException {

35
geoportal-service/src/main/java/org/gcube/application/geoportal/service/engine/mongo/ProfiledMongoManager.java
View File

@ -241,6 +241,9 @@ public class ProfiledMongoManager extends MongoManager implements MongoManagerI<
access.setPolicy(AccessPolicy.OPEN);
pubInfo.setAccess(access);
toRegister.setInfo(pubInfo);
toRegister.setProfileID(useCaseDescriptor.getId());
@ -585,6 +588,12 @@ public class ProfiledMongoManager extends MongoManager implements MongoManagerI<
Document parent = Serialization.asDocument(foundElementsByMatchingPaths.get(0));
Access toSetAccess = doc.getInfo().getAccess();
if(request.getToSetAccess()!=null){
//TODO validate specified Access
toSetAccess = request.getToSetAccess();
}
// PREPARE REGISTERED FS
// MANAGE CLASH
@ -599,7 +608,7 @@ public class ProfiledMongoManager extends MongoManager implements MongoManagerI<
deleteFileSetRoutine(doc, false, path);
}
RegisteredFileSet fs = prepareRegisteredFileSet(doc.getInfo(), doc.getId(), useCaseDescriptor.getId(), request.getAttributes(), files, storage, ws);
RegisteredFileSet fs = prepareRegisteredFileSet(toSetAccess, doc.getId(), useCaseDescriptor.getId(), request.getAttributes(), files, storage, ws);
log.debug("Registered Fileset for [ID {} useCaseDescriptor {}] is {} ", fs, doc.getId(), doc.getProfileID());
docWrapper.putElement(parentMatchingPath, request.getFieldName(), fs);
break;
@ -611,7 +620,7 @@ public class ProfiledMongoManager extends MongoManager implements MongoManagerI<
// MERGE ATTRIBUTES AND PUT
Document toUseAttributes = request.getAttributes();
if (original != null) toUseAttributes.putAll(original);
RegisteredFileSet fs = prepareRegisteredFileSet(doc.getInfo(), doc.getId(), useCaseDescriptor.getId(), toUseAttributes, files, storage, ws);
RegisteredFileSet fs = prepareRegisteredFileSet(toSetAccess, doc.getId(), useCaseDescriptor.getId(), toUseAttributes, files, storage, ws);
log.debug("Registered Fileset for [ID {} useCaseDescriptor {}] is {} ", fs, doc.getId(), doc.getProfileID());
docWrapper.putElement(parentMatchingPath, request.getFieldName(), fs);
break;
@ -619,7 +628,7 @@ public class ProfiledMongoManager extends MongoManager implements MongoManagerI<
case APPEND: {
if (!fieldDefinition.isCollection())
throw new WebApplicationException("Cannot add to single field " + request.getFieldDefinitionPath() + ".", Response.Status.BAD_REQUEST);
RegisteredFileSet fs = prepareRegisteredFileSet(doc.getInfo(), doc.getId(), useCaseDescriptor.getId(), request.getAttributes(), files, storage, ws);
RegisteredFileSet fs = prepareRegisteredFileSet(toSetAccess, doc.getId(), useCaseDescriptor.getId(), request.getAttributes(), files, storage, ws);
log.debug("Registered Fileset for [ID {} useCaseDescriptor {}] is {} ", fs, doc.getId(), doc.getProfileID());
docWrapper.addElementToArray(String.format("%1ds['%2$s']", parentMatchingPath, request.getFieldName()), fs);
@ -764,6 +773,22 @@ public class ProfiledMongoManager extends MongoManager implements MongoManagerI<
MongoCollection coll=getCollection();
mongoArchive.put("count",coll.count());
mongoArchive.put("collection_name",getToUseCollectionName());
// Get counts by PHASE, Status
try {
ArrayList<Document> counts = new ArrayList<>();
coll.aggregate(Collections.singletonList(Document.parse(
"{\"$group\" : " +
"{\"_id\":{\"phase\":\"$_lifecycleInformation._phase\",\"status\":\"$_lifecycleInformation._lastOperationStatus\"}, " +
"\"count\":{\"$sum\":1}}}"))).forEach((Consumer) doc -> {
try { counts.add(Serialization.asDocument(doc)); } catch (JsonProcessingException e) { log.warn("Unable to write aggregated results ",e); } });
mongoArchive.put("countByPhase",counts);
}catch (Throwable t){
toReturn.addErrorMessage("Unable to get PHASE statistics "+t.getMessage());
log.error("Unable to get PHASE statistics",t);
}
archives.add(mongoArchive);
// TODO ADD TEXT INDEXES
@ -861,7 +886,7 @@ public class ProfiledMongoManager extends MongoManager implements MongoManagerI<
}
private static final RegisteredFileSet prepareRegisteredFileSet(PublicationInfo defaultPublicationInfo,String docID, String profileID,
private static final RegisteredFileSet prepareRegisteredFileSet(Access toSetAccess,String docID, String profileID,
Document attributes,List<TempFile> files, StorageUtils storage,WorkspaceManager ws) throws StorageHubException, StorageException {
log.debug("Preparing Registered FileSet..");
RegisteredFileSet toReturn = new RegisteredFileSet();
@ -869,7 +894,7 @@ public class ProfiledMongoManager extends MongoManager implements MongoManagerI<
String uuid = UUID.randomUUID().toString();
toReturn.putIfAbsent(RegisteredFileSet.UUID, uuid);
toReturn.putIfAbsent(RegisteredFileSet.CREATION_INFO,UserUtils.getCurrent().asInfo());
toReturn.putIfAbsent(RegisteredFileSet.ACCESS,defaultPublicationInfo.getAccess());
toReturn.putIfAbsent(RegisteredFileSet.ACCESS,toSetAccess);
// FOLDER
String folderID=toReturn.getFolderId();

4
geoportal-service/src/test/java/org/gcube/application/geoportal/service/profiledDocuments/ProfiledConcessioniTests.java
View File

@ -44,9 +44,9 @@ public class ProfiledConcessioniTests extends AbstractProfiledDocumentsTests{
doc = upload(
new StorageUtils(),
doc.getId(),
"posizionamentoScavo",
"$.posizionamentoScavo",
"fileset",
"posizionamentoScavo."+ Field.CHILDREN+"[?(@.fileset)]",
"$.posizionamentoScavo."+ Field.CHILDREN+"[?(@.fileset)]",
null,
RegisterFileSetRequest.ClashOptions.MERGE_EXISTING,
"pos.shp");

2
sdi-plugins/src/main/java/org/gcube/application/cms/sdi/plugins/SDIMaterializerPlugin.java
View File

@ -206,7 +206,7 @@ public class SDIMaterializerPlugin extends AbstractPlugin implements Materializa
}
}
private static final PluginDescriptor DESCRIPTOR=new PluginDescriptor("SDI-Default-Materializer", MaterializerPluginDescriptor.MATERIALIZER);
static final PluginDescriptor DESCRIPTOR=new PluginDescriptor("SDI-Default-Materializer", MaterializerPluginDescriptor.MATERIALIZER);
static {
DESCRIPTOR.setDescription("SDI Materializer. " +
"This plugin materialize FileSets in gCube SDI.");

52
sdi-plugins/src/test/java/org/gcube/application/cms/sdi/plugins/MaterializerTests.java Normal file
View File

@ -0,0 +1,52 @@
package org.gcube.application.cms.sdi.plugins;
import com.fasterxml.jackson.core.JsonProcessingException;
import org.bson.Document;
import org.gcube.application.cms.plugins.faults.InvalidPluginRequestException;
import org.gcube.application.cms.plugins.faults.MaterializationException;
import org.gcube.application.cms.plugins.faults.PluginExecutionException;
import org.gcube.application.cms.plugins.reports.MaterializationReport;
import org.gcube.application.cms.plugins.reports.Report;
import org.gcube.application.cms.plugins.requests.MaterializationRequest;
import org.gcube.application.cms.serialization.Serialization;
import org.gcube.application.cms.tests.TestDocuments;
import org.gcube.application.cms.tests.TestProfiles;
import org.gcube.application.cms.tests.plugins.BasicPluginTest;
import org.gcube.application.geoportal.common.model.document.Project;
import org.gcube.application.geoportal.common.utils.tests.GCubeTest;
import org.junit.Test;
import static junit.framework.TestCase.assertTrue;
import static org.junit.Assume.assumeTrue;
public class MaterializerTests extends BasicPluginTest {
@Test
public void testShape() throws JsonProcessingException, PluginExecutionException {
assumeTrue(GCubeTest.isTestInfrastructureEnabled());
Project doc= TestDocuments.documentMap.get("registeredFile.json");
// doc.setProfileID("sdi-tests");
materialize(doc);
}
private MaterializationReport materialize(Project project) throws PluginExecutionException, JsonProcessingException {
MaterializationRequest req=new MaterializationRequest(
TestProfiles.profiles.get(project.getProfileID()),getCurrentUser(),getTestContext(),project);
Document parameters = new Document();
parameters.put("workspace", "tests_workspace");
req.setCallParameters(parameters);
SDIMaterializerPlugin p = (SDIMaterializerPlugin) plugins.get(SDIMaterializerPlugin.DESCRIPTOR.getId());
MaterializationReport toReturn = p.materialize(req);
assertTrue(toReturn!=null);
toReturn.validate();
System.out.println("Response is "+ Serialization.write(toReturn));
assertTrue(toReturn.getStatus().equals(Report.Status.OK));
return toReturn;
}
}

9
test-data/profiledDocuments/profiles/basicProfile.json
View File

@ -28,6 +28,15 @@
"_handlers" : [
{
"_id" : "DEFAULT-SINGLE-STEP",
"_type" : "LifecycleManagement",
"_configuration" : {
"step_access" : [
{"STEP" : "PUBLISH", "roles" :[]}
]
}
},
{
"_id" : "DEFAULT-SINGLE-STEP",
"_type" : "LifecycleManagement",

10
test-data/profiledDocuments/profiles/sdiTests.json
View File

@ -48,6 +48,16 @@
}
]
}
},
{
"_id" : "SDI-Default-Materializer",
"_type" : "Materializer",
"_configuration" : {
"registeredFileSetPaths" : [
{"schemaField" : "pianteFineScavo","documentPath" : "pianteFineScavo[*].fileset"},
{"schemaField" : "posizionamentoScavo","documentPath" : "posizionamentoScavo.fileset"}
]
}
}
]
}

703
test-data/profiledDocuments/registeredFile.json
View File

@ -1,26 +1,26 @@
{
"_id": "6218e799ac54d5164fa53156",
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@ -32,46 +32,687 @@
"_lifecycleInformation": {
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"Unable to trigger @@@INIT_DOCUMENT@@ cause : null"
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"_theDocument": {
"nome": "Forcello di Bagnolo San Vito",
"introduzione": "Le indagini dalla Missione archeologica dell'Università degli Studi di Milano presso il sito del Forcello di Bagnolo San Vito (MN) vengono condotte dal 1980 per la durata di circa un mese all'anno con lo scopo di indagare l’articolazione e le fasi di occupazione dell'antico insediamento etrusco-padano.",
"descrizioneContenuto": "Relazione di fine scavo e relativo abstract; selezione di immagini rappresentative; posizionamento topografico dell'area indagata, pianta di fine scavo.",
"authors": [
"Prof.ssa Marta Rapi, marta.rapi@unimi.it, direttrice di scavo",
"Dott.ssa Elena Barbieri, elenabarbieri@hotmail.it, responsabile della documentazione topografica e GIS",
"Dott. Tommaso Quirino, tommaso.quirino@beniculturali.it, responsabile della documentazione topografica e GIS",
"Dott.ssa Alfonsina Amato, amatoalfonsina@gmail.com, responsabile sul campo",
"Dott.ssa Elena Barbieri, responsabile sul campo",
"Dott.ssa Selene Busnelli, selene.busnelli@gmail.com, responsabile sul campo"
],
"contributore": "Prof.ssa Marta Rapi",
"titolari": [
"Prof.ssa Marta Rapi",
"Soprintendenza Archeologia, Belle Arti e Paesaggio per le province di Cremona, Lodi e Mantova"
],
"responsabile": "Prof.ssa Marta Rapi",
"editore": "Università degli Studi di Milano",
"fontiFinanziamento": [
"Fondi di Ateneo (bando scavi archeologici)"
],
"soggetto": [
"Research Excavation"
],
"risorseCorrelate": [
"Rapi M., Quirino T., Castellano L., Hirose M., Amato A., Barbieri E., Busnelli S., Per scaldare, per cuocere e per produrre. Le strutture da fuoco dell’abitato etrusco del Forcello di Bagnolo S.Vito (MN): aspetti tipologici e funzionali, Atti VI Incontro Annuale di Preistoria e Protostoria – Focolari, forni e fornaci tra Neolitico ed età del Ferro, Bologna, 29 marzo 2019, IpoTESI, vol. 11: 225-250.",
"Castellano L., Ravazzi C., Furlanetto G., Pini R., Saliu F., Lasagni M., Orlandi M., Perego R., Degano I., Valoti F. De Marinis R.C., Casini S., Quirino T., Rapi M. 2017, “Charred honeycombs discovered in Iron Age Northern Italy. A new light on boat beekeeping and bee pollination in pre-modern world”, Journal of Archaeological Science 83 (2017) 26-40.",
"de Marinis R.C. 2016, “La datazione della fase F del Forcello di Bagnolo San Vito”, in S. Lusuardi Siena, C. Perassi, F. Sacchi, M. Sannazaro, a c. di, Archeologia classica e post-classica tra Italia e Mediterraneo. Studi in onore di Maria Pia Rossignani, Milano 2016, pp. 159-172.",
"de Marinis R.C., 2015, “Una residenza aristocratica etrusca al Forcello di Bagnolo San Vito (MN)”, in Casini S., a c. di, Food, Archeologia del cibo dalla Preistoria all’Antichità, Bergamo 2015, pp. 127-132.",
"Depellegrin V., Tecchiati U. 2015, “I resti faunistici della casa FI del villaggio etrusco del Forcello”, in S. Casini, a c. di, Food, Archeologia del cibo dalla Preistoria all’Antichità, Bergamo 2015, pp. J3 134-135.",
"Quirino T. 2013, “Forcello di Bagnolo San Vito (MN): dalle strutture abitative alla forma urbana. Alcune riflessioni sull’architettura etrusca della pianura padana”, in Padusa XLVIII, 2012 (2013), 89-107.",
"Quirino T. 2011, “Le case F I e F II del Forcello di Bagnolo S. Vito (MN): analisi preliminare di due abitazioni etrusche di fine VI secolo a.C.”, Notizie Archeologiche Bergomensi, 19, 2011, pp. 379-390.",
"de Marinis R.C., Rapi M., a cura di, 2007, L’abitato etrusco del Forcello di Bagnolo S. Vito (Mantova). Le fasi di età arcaica, Seconda edizione con aggiunte e correzioni, Firenze 2007."
],
"dataInizioProgetto": {
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"year": 2019,
"month": "SEPTEMBER",
"dayOfYear": 253,
"dayOfWeek": "TUESDAY",
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"dataFineProgetto": {
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"year": 2019,
"month": "SEPTEMBER",
"dayOfYear": 270,
"dayOfWeek": "FRIDAY",
"dayOfMonth": 27,
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"minute": 0,
"chronology": {
"calendarType": "iso8601",
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"titolareLicenza": [
"Prof.ssa Marta Rapi"
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"titolareCopyright": [
"Prof.ssa Marta Rapi"
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"paroleChiaveLibere": [
"Forcello",
"Etruschi",
"abitato",
"Etruria-Padana",
"commercio",
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"focolare"
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"paroleChiaveICCD": [
"età del ferro",
"VI secolo a.C.",
"V secolo a.C."
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"relazioneScavo": {
"title": "My Title",
"titolo": "Forcello di Bagnolo San Vito relazione di scavo",
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"Prof.ssa Marta Rapi"
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"Research Excavation"
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"abstractRelazione": {
"titolo": "Forcello di Bagnolo San Vito abstract relazione di scavo",
"abstractEng": "Forcello (Bagnolo S. Vito, MN) has been investigated since 1980. Excavations carried out by the “Statale” University of Milan, Dip.to di Beni culturali e ambientali, brought to light the main Etruscan Po Valley site, founded shortly after the mid-6th century BC on the banks of a former lake formed by the Mincio river near Mantua. The settlement flourished as a fluvial port of trade, until its abandonment around 375 BC, thanks to the strategic position on the inland waterways that enabled shipping connections to Adria and Spina, the Upper Adriatic harbors at the end of the sea route from Greece. The key role of the settlement in trade networks is attested by the impressive amount of Attic pottery and Greek transport amphorae discovered at the site, as well as by other materials highlighting contacts with central European Celts and non-Etruscan cultures of Northern Italy .\nAfter the recent campaigns carried out in the southern part of the core settlement area (sector R-S 17-18), it was decided to resume researches on the archaic period buildings F I and F II in sectors R18-19. The two houses, dating around 510-495 BC, were destroyed by a fire and sealed by a thick clay level, that has preserved in a primary status the remains of a large aristocratic oikos. The units related to the fire and the collapse has already been excavated between 1992 and 2010.\nThe 2019 campaign aimed at exhausting the investigation of the F phase horizon with the dismantling of the structural elements: hearths, floor layers and levels connected to the buildings foundation and construction, so as to recover all the data necessary for the study and the complete edition of the context, which has been already the subject of numerous preliminary publications. Moreover, the project aims to acquire further elements relating to the structures of the archaic period, in particular about the relationship between the phase F and phase G buildings and, more generally, to dig completely the archaeological deposit in sectors R 18-19.",
"abstractIta": "Il sito del Forcello (Bagnolo S. Vito, MN) è oggetto di scavi dal 1980. Le indagini condotte da parte della Statale di Milano, Dip.to di Beni culturali e ambientali, interessano il maggiore insediamento etrusco padano a nord del Po. L’insediamento, esteso circa 12 ettari, fu fondato sulla riva di un lago formato dal fiume Mincio poco dopo la metà del VI secolo a.C. Il Forcello fiorì come emporio fluviale fino all’abbandono verso il 375 a.C. grazie alla posizione strategica sulle vie navigabili interne, che consentiva collegamenti marittimi con Adria e Spina, i porti dell'Alto Adriatico alla fine della rotta marittima dalla Grecia. Il ruolo chiave dell'insediamento nelle reti commerciali è attestato dall'impressionante quantità di ceramiche attiche e anfore di trasporto greche scoperte nel sito, nonché da altri materiali che evidenziano i contatti con i Celti dell'Europa centrale e le culture non etrusche del Nord Italia.\nGli scavi in corso interessano il nucleo centrale dell’abitato. Dopo le ultime campagne dedicate all’indagine nella zona meridionale dell’area di scavo (settore R-S 17-18), si è deciso di riprendere le ricerche sugli edifici di fase arcaica F I e F II nei settori R18-19. Le due strutture, databili intorno al 510-495 a.C., furono distrutte da un incendio e sigillate con un riporto di argilla che ha preservato in uno status primario i resti di un grande oikos aristocratico il cui livello di crollo era già stato scavato tra gli anni 1992 e 2010. Le attività della campagna 2019 rientrano in un programma volto ad esaurire l’indagine di questo orizzonte con lo smantellamento degli elementi strutturali: focolari, piani pavimentali e i livelli connessi alla fondazione e alla costruzione degli edifici, in modo da recuperare tutti i dati necessari per lo studio e la edizione integrale del contesto, oggetto peraltro di numerose pubblicazioni preliminari o su tematiche specifiche. Le ricerche intendono acquisire ulteriori elementi relativi alle strutture di età arcaica e in particolare a chiarire la relazione tra gli edifici di fase F e di fase G e in termini più generali ad esaurire lo scavo del deposito stratificato nei settori R 18-19.",
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"Archivio Missione Archeologica Forcello di Bagnolo San Vito"
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"titolo": "Forcello di Bagnolo San Vito pianta fine scavo",
"responsabile": "Prof.ssa Marta Rapi",
"authors": [
"Dott.ssa Elena Barbieri",
"Dott. Tommaso Quirino"
],
"paroleChiaveICCD": [
"età del ferro",
"VI secolo a.C.",
"V secolo a.C."
],
"paroleChiaveLibere": [
"Forcello",
"Etruschi",
"abitato",
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"topicCategory": "Society",
"subTopic": "Archeology",
"metodoRaccoltaDati": "Rilievo indiretto mediante stazione elettronica totale, realizzazione di ortofotopiani e digitalizzazione a video tramite software GIS. Per la verifica di alcune aree indagate in passato, digitalizzazione a video della scansione di planimetrie cartacee realizzate tramite rilievo diretto.",
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