111 lines
3.8 KiB
Java
111 lines
3.8 KiB
Java
//package org.gcube.data.spd.flora;
|
|
//
|
|
//import java.io.IOException;
|
|
//import java.net.ConnectException;
|
|
//import java.net.MalformedURLException;
|
|
//import java.sql.ResultSet;
|
|
//import java.sql.SQLException;
|
|
//import org.gcube.common.core.utils.logging.GCUBELog;
|
|
//import org.gcube.data.spd.flora.dbconnection.Database;
|
|
//
|
|
//public class refill {
|
|
// static GCUBELog logger = new GCUBELog(refill.class);
|
|
//
|
|
//
|
|
//
|
|
// /**
|
|
// * @param args
|
|
// * @throws Exception
|
|
// */
|
|
// public static void main(String[] args) throws Exception {
|
|
// try {
|
|
// fill();
|
|
// } catch (ConnectException e) {
|
|
// // TODO Auto-generated catch block
|
|
// e.printStackTrace();
|
|
// } catch (SQLException e) {
|
|
// // TODO Auto-generated catch block
|
|
// e.printStackTrace();
|
|
// }
|
|
//
|
|
//
|
|
// }
|
|
//
|
|
// /**
|
|
// * Parse every path looking for synonyms
|
|
// * @throws IOException
|
|
// * @throws MalformedURLException
|
|
// */
|
|
// protected static void fill() throws SQLException, MalformedURLException, IOException {
|
|
//
|
|
//
|
|
// ResultSet res = null;
|
|
// Database database = null;
|
|
//
|
|
// try {
|
|
// database = new Database();
|
|
// database.connect();
|
|
//
|
|
// // logger.trace("select id, name, id_parent, path from " + FloraPlugin.tableName + " where citation=''");
|
|
// // res = database.get("select id, name, id_parent, path from " + FloraPlugin.tableName + " where citation=''");
|
|
//
|
|
// logger.trace("select path, id, scientific_name from " + FloraPlugin.tableName + " where id_parent='32' and path > 'Angiospermas_/Loranthaceae_JUS' and path < 'Angiospermas_/Oleaceae_' order by path limit 24" );
|
|
// res = database.get("select path, id, scientific_name from " + FloraPlugin.tableName + " where id_parent='32' and path > 'Angiospermas_/Loranthaceae_JUS' and path < 'Angiospermas_/Oleaceae_' order by path limit 24" );
|
|
//
|
|
//
|
|
// // res = database.get("select a.id, a.name, a.rank, b.name, c.name, a.id_parent from " + FloraPlugin.tableName + " as a join flora as b on (a.rank = 'SubSpecies' or a.rank = 'Species' or a.rank = 'Genus') and a.id_parent = b.id join flora as c on b.id_parent=c.id where a.status = 'Accepted name' ORDER BY a.id");
|
|
//
|
|
// while(res.next()) {
|
|
//
|
|
// String path = res.getString(1);
|
|
// String id_parent = res.getString(2);
|
|
// // if (id_parent.equals(176))
|
|
// // System.exit(0);
|
|
// String sName = res.getString(3);
|
|
// // logger.trace("http://checklist.florabrasil.net/service/TREE/VERSION/2012/FORMAT/xml/LANG/en/PATH/" + path);
|
|
// Utils.discoverPath("http://checklist.florabrasil.net/service/TREE/VERSION/2012/FORMAT/xml/LANG/en/PATH/" + path, id_parent, sName, null, true);
|
|
//
|
|
// // String id = res.getString(1);
|
|
// // String name = res.getString(2);
|
|
// // String id_parent = res.getString(3);
|
|
// // String path = res.getString(4);
|
|
// //
|
|
// // Map<String, String> values = Utils.findTags(id);
|
|
// // ArrayList<String> terms = new ArrayList<String>();
|
|
// //
|
|
// // terms.add(id);
|
|
// // terms.add(values.get("rank"));
|
|
// // terms.add(name);
|
|
// // terms.add(values.get("plain_name"));
|
|
// // terms.add(id_parent);
|
|
// // terms.add(values.get("author"));
|
|
// // terms.add(values.get("status"));
|
|
// // terms.add(path);
|
|
// // terms.add(values.get("qualifier"));
|
|
// //
|
|
// // String stmt = "";
|
|
// // stmt = ("update "+ FloraPlugin.tableName + " set id = ?, rank = ?, name = ?, scientific_name = ?, id_parent = ?, citation = ?, status = ?, path = ?, qualifier = ? where id = '" + id + "'");
|
|
// //
|
|
// //
|
|
// // if (!database.preStatement(stmt, terms)){
|
|
// // logger.trace("error");
|
|
// // }
|
|
// // terms.clear();
|
|
// // values.clear();
|
|
//
|
|
//
|
|
// }
|
|
// } catch (SQLException sqlExcept) {
|
|
//
|
|
// logger.error("SQL Exception", sqlExcept);
|
|
// }finally{
|
|
// if (res != null)
|
|
// res.close();
|
|
//
|
|
// database.shutDown();
|
|
// }
|
|
//
|
|
// }
|
|
//
|
|
//}
|