forked from D-Net/dnet-hadoop
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16 Commits
Author | SHA1 | Date |
---|---|---|
Claudio Atzori | a5f23d8a4c | |
Claudio Atzori | cce21eafc2 | |
Claudio Atzori | fde8738ed2 | |
Claudio Atzori | 3be0e5c2cd | |
Claudio Atzori | f3ce97ecf9 | |
Claudio Atzori | 771bf8bcc4 | |
Claudio Atzori | 0da1d2c0c9 | |
Claudio Atzori | 1fcc28968e | |
Claudio Atzori | da2f8af72d | |
Claudio Atzori | 4ff184973b | |
Claudio Atzori | 9e594cf4c2 | |
Claudio Atzori | ee0b2191f8 | |
Claudio Atzori | fd289d389c | |
Claudio Atzori | 2dbac631c9 | |
Claudio Atzori | 91811ab43a | |
Claudio Atzori | b0b6c6bd47 |
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@ -7,8 +7,6 @@
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*.iws
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*.iws
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*~
|
*~
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.vscode
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.vscode
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.metals
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.bloop
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||||||
.classpath
|
.classpath
|
||||||
/*/.classpath
|
/*/.classpath
|
||||||
/*/*/.classpath
|
/*/*/.classpath
|
||||||
|
@ -26,5 +24,4 @@
|
||||||
spark-warehouse
|
spark-warehouse
|
||||||
/**/job-override.properties
|
/**/job-override.properties
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||||||
/**/*.log
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/**/*.log
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||||||
/**/.factorypath
|
|
||||||
|
|
||||||
|
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@ -15,12 +15,12 @@
|
||||||
<snapshotRepository>
|
<snapshotRepository>
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||||||
<id>dnet45-snapshots</id>
|
<id>dnet45-snapshots</id>
|
||||||
<name>DNet45 Snapshots</name>
|
<name>DNet45 Snapshots</name>
|
||||||
<url>https://maven.d4science.org/nexus/content/repositories/dnet45-snapshots</url>
|
<url>http://maven.research-infrastructures.eu/nexus/content/repositories/dnet45-snapshots</url>
|
||||||
<layout>default</layout>
|
<layout>default</layout>
|
||||||
</snapshotRepository>
|
</snapshotRepository>
|
||||||
<repository>
|
<repository>
|
||||||
<id>dnet45-releases</id>
|
<id>dnet45-releases</id>
|
||||||
<url>https://maven.d4science.org/nexus/content/repositories/dnet45-releases</url>
|
<url>http://maven.research-infrastructures.eu/nexus/content/repositories/dnet45-releases</url>
|
||||||
</repository>
|
</repository>
|
||||||
</distributionManagement>
|
</distributionManagement>
|
||||||
|
|
||||||
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@ -19,7 +19,7 @@
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||||||
<setting id="org.eclipse.jdt.core.formatter.insert_space_between_empty_parens_in_annotation_type_member_declaration" value="do not insert"/>
|
<setting id="org.eclipse.jdt.core.formatter.insert_space_between_empty_parens_in_annotation_type_member_declaration" value="do not insert"/>
|
||||||
<setting id="org.eclipse.jdt.core.formatter.insert_space_before_comma_in_method_declaration_throws" value="do not insert"/>
|
<setting id="org.eclipse.jdt.core.formatter.insert_space_before_comma_in_method_declaration_throws" value="do not insert"/>
|
||||||
<setting id="org.eclipse.jdt.core.formatter.parentheses_positions_in_switch_statement" value="common_lines"/>
|
<setting id="org.eclipse.jdt.core.formatter.parentheses_positions_in_switch_statement" value="common_lines"/>
|
||||||
<setting id="org.eclipse.jdt.core.formatter.comment.format_javadoc_comments" value="false"/>
|
<setting id="org.eclipse.jdt.core.formatter.comment.format_javadoc_comments" value="true"/>
|
||||||
<setting id="org.eclipse.jdt.core.formatter.indentation.size" value="4"/>
|
<setting id="org.eclipse.jdt.core.formatter.indentation.size" value="4"/>
|
||||||
<setting id="org.eclipse.jdt.core.formatter.insert_space_after_postfix_operator" value="do not insert"/>
|
<setting id="org.eclipse.jdt.core.formatter.insert_space_after_postfix_operator" value="do not insert"/>
|
||||||
<setting id="org.eclipse.jdt.core.formatter.parentheses_positions_in_enum_constant_declaration" value="common_lines"/>
|
<setting id="org.eclipse.jdt.core.formatter.parentheses_positions_in_enum_constant_declaration" value="common_lines"/>
|
||||||
|
|
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@ -6,8 +6,7 @@
|
||||||
<groupId>eu.dnetlib.dhp</groupId>
|
<groupId>eu.dnetlib.dhp</groupId>
|
||||||
<artifactId>dhp</artifactId>
|
<artifactId>dhp</artifactId>
|
||||||
<version>1.2.4-SNAPSHOT</version>
|
<version>1.2.4-SNAPSHOT</version>
|
||||||
<relativePath>../pom.xml</relativePath>
|
<relativePath>../</relativePath>
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||||||
|
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||||||
</parent>
|
</parent>
|
||||||
|
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||||||
<artifactId>dhp-common</artifactId>
|
<artifactId>dhp-common</artifactId>
|
||||||
|
@ -21,10 +20,6 @@
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||||||
<groupId>org.apache.hadoop</groupId>
|
<groupId>org.apache.hadoop</groupId>
|
||||||
<artifactId>hadoop-common</artifactId>
|
<artifactId>hadoop-common</artifactId>
|
||||||
</dependency>
|
</dependency>
|
||||||
<dependency>
|
|
||||||
<groupId>com.github.sisyphsu</groupId>
|
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||||||
<artifactId>dateparser</artifactId>
|
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||||||
</dependency>
|
|
||||||
<dependency>
|
<dependency>
|
||||||
<groupId>org.apache.spark</groupId>
|
<groupId>org.apache.spark</groupId>
|
||||||
<artifactId>spark-core_2.11</artifactId>
|
<artifactId>spark-core_2.11</artifactId>
|
||||||
|
@ -58,6 +53,11 @@
|
||||||
<groupId>com.fasterxml.jackson.core</groupId>
|
<groupId>com.fasterxml.jackson.core</groupId>
|
||||||
<artifactId>jackson-databind</artifactId>
|
<artifactId>jackson-databind</artifactId>
|
||||||
</dependency>
|
</dependency>
|
||||||
|
<!-- https://mvnrepository.com/artifact/com.rabbitmq/amqp-client -->
|
||||||
|
<dependency>
|
||||||
|
<groupId>com.rabbitmq</groupId>
|
||||||
|
<artifactId>amqp-client</artifactId>
|
||||||
|
</dependency>
|
||||||
<dependency>
|
<dependency>
|
||||||
<groupId>net.sf.saxon</groupId>
|
<groupId>net.sf.saxon</groupId>
|
||||||
<artifactId>Saxon-HE</artifactId>
|
<artifactId>Saxon-HE</artifactId>
|
||||||
|
@ -87,31 +87,6 @@
|
||||||
<groupId>org.postgresql</groupId>
|
<groupId>org.postgresql</groupId>
|
||||||
<artifactId>postgresql</artifactId>
|
<artifactId>postgresql</artifactId>
|
||||||
</dependency>
|
</dependency>
|
||||||
|
|
||||||
<dependency>
|
|
||||||
<groupId>com.squareup.okhttp3</groupId>
|
|
||||||
<artifactId>okhttp</artifactId>
|
|
||||||
</dependency>
|
|
||||||
|
|
||||||
<dependency>
|
|
||||||
<groupId>eu.dnetlib</groupId>
|
|
||||||
<artifactId>dnet-pace-core</artifactId>
|
|
||||||
</dependency>
|
|
||||||
|
|
||||||
<dependency>
|
|
||||||
<groupId>org.apache.httpcomponents</groupId>
|
|
||||||
<artifactId>httpclient</artifactId>
|
|
||||||
</dependency>
|
|
||||||
|
|
||||||
<dependency>
|
|
||||||
<groupId>org.mongodb</groupId>
|
|
||||||
<artifactId>mongo-java-driver</artifactId>
|
|
||||||
</dependency>
|
|
||||||
|
|
||||||
<dependency>
|
|
||||||
<groupId>eu.dnetlib.dhp</groupId>
|
|
||||||
<artifactId>dhp-schemas</artifactId>
|
|
||||||
</dependency>
|
|
||||||
</dependencies>
|
</dependencies>
|
||||||
|
|
||||||
</project>
|
</project>
|
||||||
|
|
|
@ -1,5 +1,5 @@
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||||||
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||||||
package eu.dnetlib.dhp.collection;
|
package eu.dnetlib.collector.worker.model;
|
||||||
|
|
||||||
import java.util.HashMap;
|
import java.util.HashMap;
|
||||||
import java.util.Map;
|
import java.util.Map;
|
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@ -0,0 +1,119 @@
|
||||||
|
|
||||||
|
package eu.dnetlib.data.mdstore.manager.common.model;
|
||||||
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||||||
|
import java.io.Serializable;
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|
import java.util.UUID;
|
||||||
|
|
||||||
|
import javax.persistence.Column;
|
||||||
|
import javax.persistence.Entity;
|
||||||
|
import javax.persistence.Id;
|
||||||
|
import javax.persistence.Table;
|
||||||
|
|
||||||
|
@Entity
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||||||
|
@Table(name = "mdstores")
|
||||||
|
public class MDStore implements Serializable {
|
||||||
|
|
||||||
|
/** */
|
||||||
|
private static final long serialVersionUID = 3160530489149700055L;
|
||||||
|
|
||||||
|
@Id
|
||||||
|
@Column(name = "id")
|
||||||
|
private String id;
|
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|
|
||||||
|
@Column(name = "format")
|
||||||
|
private String format;
|
||||||
|
|
||||||
|
@Column(name = "layout")
|
||||||
|
private String layout;
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||||||
|
|
||||||
|
@Column(name = "interpretation")
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||||||
|
private String interpretation;
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||||||
|
@Column(name = "datasource_name")
|
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|
private String datasourceName;
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||||||
|
@Column(name = "datasource_id")
|
||||||
|
private String datasourceId;
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||||||
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@Column(name = "api_id")
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|
private String apiId;
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public String getId() {
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return id;
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}
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public void setId(final String id) {
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|
this.id = id;
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}
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|
public String getFormat() {
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|
return format;
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|
}
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|
public void setFormat(final String format) {
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|
this.format = format;
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|
}
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|
public String getLayout() {
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|
return layout;
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||||||
|
}
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|
public void setLayout(final String layout) {
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|
this.layout = layout;
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|
}
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|
public String getInterpretation() {
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return interpretation;
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}
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|
public void setInterpretation(final String interpretation) {
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|
this.interpretation = interpretation;
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|
}
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|
public String getDatasourceName() {
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return datasourceName;
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}
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|
public void setDatasourceName(final String datasourceName) {
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|
this.datasourceName = datasourceName;
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}
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|
public String getDatasourceId() {
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|
return datasourceId;
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}
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|
public void setDatasourceId(final String datasourceId) {
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|
this.datasourceId = datasourceId;
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}
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|
public String getApiId() {
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return apiId;
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}
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|
public void setApiId(final String apiId) {
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|
this.apiId = apiId;
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}
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|
public static MDStore newInstance(
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|
final String format, final String layout, final String interpretation) {
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return newInstance(format, layout, interpretation, null, null, null);
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|
}
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|
public static MDStore newInstance(
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|
final String format,
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|
final String layout,
|
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|
final String interpretation,
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|
final String dsName,
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|
final String dsId,
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|
final String apiId) {
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final MDStore md = new MDStore();
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md.setId("md-" + UUID.randomUUID());
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|
md.setFormat(format);
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|
md.setLayout(layout);
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|
md.setInterpretation(interpretation);
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md.setDatasourceName(dsName);
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|
md.setDatasourceId(dsId);
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|
md.setApiId(apiId);
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|
return md;
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|
}
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||||||
|
}
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|
@ -0,0 +1,51 @@
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|
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||||||
|
package eu.dnetlib.data.mdstore.manager.common.model;
|
||||||
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|
import java.io.Serializable;
|
||||||
|
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||||||
|
import javax.persistence.Column;
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|
import javax.persistence.Entity;
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||||||
|
import javax.persistence.Id;
|
||||||
|
import javax.persistence.Table;
|
||||||
|
|
||||||
|
@Entity
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||||||
|
@Table(name = "mdstore_current_versions")
|
||||||
|
public class MDStoreCurrentVersion implements Serializable {
|
||||||
|
|
||||||
|
/** */
|
||||||
|
private static final long serialVersionUID = -4757725888593745773L;
|
||||||
|
|
||||||
|
@Id
|
||||||
|
@Column(name = "mdstore")
|
||||||
|
private String mdstore;
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||||||
|
@Column(name = "current_version")
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||||||
|
private String currentVersion;
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public String getMdstore() {
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|
return mdstore;
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|
}
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|
public void setMdstore(final String mdstore) {
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|
this.mdstore = mdstore;
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|
}
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|
public String getCurrentVersion() {
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|
return currentVersion;
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|
}
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|
public void setCurrentVersion(final String currentVersion) {
|
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|
this.currentVersion = currentVersion;
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|
}
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|
public static MDStoreCurrentVersion newInstance(final String mdId, final String versionId) {
|
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|
final MDStoreCurrentVersion cv = new MDStoreCurrentVersion();
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|
cv.setMdstore(mdId);
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|
cv.setCurrentVersion(versionId);
|
||||||
|
return cv;
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|
}
|
||||||
|
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||||||
|
public static MDStoreCurrentVersion newInstance(final MDStoreVersion v) {
|
||||||
|
return newInstance(v.getMdstore(), v.getId());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
|
@ -0,0 +1,99 @@
|
||||||
|
|
||||||
|
package eu.dnetlib.data.mdstore.manager.common.model;
|
||||||
|
|
||||||
|
import java.io.Serializable;
|
||||||
|
import java.util.Date;
|
||||||
|
|
||||||
|
import javax.persistence.Column;
|
||||||
|
import javax.persistence.Entity;
|
||||||
|
import javax.persistence.Id;
|
||||||
|
import javax.persistence.Table;
|
||||||
|
import javax.persistence.Temporal;
|
||||||
|
import javax.persistence.TemporalType;
|
||||||
|
|
||||||
|
@Entity
|
||||||
|
@Table(name = "mdstore_versions")
|
||||||
|
public class MDStoreVersion implements Serializable {
|
||||||
|
|
||||||
|
/** */
|
||||||
|
private static final long serialVersionUID = -4763494442274298339L;
|
||||||
|
|
||||||
|
@Id
|
||||||
|
@Column(name = "id")
|
||||||
|
private String id;
|
||||||
|
|
||||||
|
@Column(name = "mdstore")
|
||||||
|
private String mdstore;
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||||||
|
|
||||||
|
@Column(name = "writing")
|
||||||
|
private boolean writing;
|
||||||
|
|
||||||
|
@Column(name = "readcount")
|
||||||
|
private int readCount = 0;
|
||||||
|
|
||||||
|
@Column(name = "lastupdate")
|
||||||
|
@Temporal(TemporalType.TIMESTAMP)
|
||||||
|
private Date lastUpdate;
|
||||||
|
|
||||||
|
@Column(name = "size")
|
||||||
|
private long size = 0;
|
||||||
|
|
||||||
|
public static MDStoreVersion newInstance(final String mdId, final boolean writing) {
|
||||||
|
final MDStoreVersion t = new MDStoreVersion();
|
||||||
|
t.setId(mdId + "-" + new Date().getTime());
|
||||||
|
t.setMdstore(mdId);
|
||||||
|
t.setLastUpdate(null);
|
||||||
|
t.setWriting(writing);
|
||||||
|
t.setReadCount(0);
|
||||||
|
t.setSize(0);
|
||||||
|
return t;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public String getId() {
|
||||||
|
return id;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setId(final String id) {
|
||||||
|
this.id = id;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
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||||||
|
public String getMdstore() {
|
||||||
|
return mdstore;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setMdstore(final String mdstore) {
|
||||||
|
this.mdstore = mdstore;
|
||||||
|
}
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||||||
|
|
||||||
|
public boolean isWriting() {
|
||||||
|
return writing;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setWriting(final boolean writing) {
|
||||||
|
this.writing = writing;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public int getReadCount() {
|
||||||
|
return readCount;
|
||||||
|
}
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||||||
|
|
||||||
|
public void setReadCount(final int readCount) {
|
||||||
|
this.readCount = readCount;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Date getLastUpdate() {
|
||||||
|
return lastUpdate;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setLastUpdate(final Date lastUpdate) {
|
||||||
|
this.lastUpdate = lastUpdate;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public long getSize() {
|
||||||
|
return size;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setSize(final long size) {
|
||||||
|
this.size = size;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
|
@ -0,0 +1,143 @@
|
||||||
|
|
||||||
|
package eu.dnetlib.data.mdstore.manager.common.model;
|
||||||
|
|
||||||
|
import java.io.Serializable;
|
||||||
|
import java.util.Date;
|
||||||
|
|
||||||
|
import javax.persistence.Column;
|
||||||
|
import javax.persistence.Entity;
|
||||||
|
import javax.persistence.Id;
|
||||||
|
import javax.persistence.Table;
|
||||||
|
import javax.persistence.Temporal;
|
||||||
|
import javax.persistence.TemporalType;
|
||||||
|
|
||||||
|
@Entity
|
||||||
|
@Table(name = "mdstores_with_info")
|
||||||
|
public class MDStoreWithInfo implements Serializable {
|
||||||
|
|
||||||
|
/** */
|
||||||
|
private static final long serialVersionUID = -8445784770687571492L;
|
||||||
|
|
||||||
|
@Id
|
||||||
|
@Column(name = "id")
|
||||||
|
private String id;
|
||||||
|
|
||||||
|
@Column(name = "format")
|
||||||
|
private String format;
|
||||||
|
|
||||||
|
@Column(name = "layout")
|
||||||
|
private String layout;
|
||||||
|
|
||||||
|
@Column(name = "interpretation")
|
||||||
|
private String interpretation;
|
||||||
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||||||
|
@Column(name = "datasource_name")
|
||||||
|
private String datasourceName;
|
||||||
|
|
||||||
|
@Column(name = "datasource_id")
|
||||||
|
private String datasourceId;
|
||||||
|
|
||||||
|
@Column(name = "api_id")
|
||||||
|
private String apiId;
|
||||||
|
|
||||||
|
@Column(name = "current_version")
|
||||||
|
private String currentVersion;
|
||||||
|
|
||||||
|
@Column(name = "lastupdate")
|
||||||
|
@Temporal(TemporalType.TIMESTAMP)
|
||||||
|
private Date lastUpdate;
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||||||
|
|
||||||
|
@Column(name = "size")
|
||||||
|
private long size = 0;
|
||||||
|
|
||||||
|
@Column(name = "n_versions")
|
||||||
|
private long numberOfVersions = 0;
|
||||||
|
|
||||||
|
public String getId() {
|
||||||
|
return id;
|
||||||
|
}
|
||||||
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|
public void setId(final String id) {
|
||||||
|
this.id = id;
|
||||||
|
}
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||||||
|
public String getFormat() {
|
||||||
|
return format;
|
||||||
|
}
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|
public void setFormat(final String format) {
|
||||||
|
this.format = format;
|
||||||
|
}
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||||||
|
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||||||
|
public String getLayout() {
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||||||
|
return layout;
|
||||||
|
}
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||||||
|
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|
public void setLayout(final String layout) {
|
||||||
|
this.layout = layout;
|
||||||
|
}
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|
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||||||
|
public String getInterpretation() {
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|
return interpretation;
|
||||||
|
}
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||||||
|
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|
public void setInterpretation(final String interpretation) {
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|
this.interpretation = interpretation;
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|
}
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|
public String getDatasourceName() {
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|
return datasourceName;
|
||||||
|
}
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||||||
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||||||
|
public void setDatasourceName(final String datasourceName) {
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||||||
|
this.datasourceName = datasourceName;
|
||||||
|
}
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|
||||||
|
public String getDatasourceId() {
|
||||||
|
return datasourceId;
|
||||||
|
}
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||||||
|
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||||||
|
public void setDatasourceId(final String datasourceId) {
|
||||||
|
this.datasourceId = datasourceId;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public String getApiId() {
|
||||||
|
return apiId;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setApiId(final String apiId) {
|
||||||
|
this.apiId = apiId;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public String getCurrentVersion() {
|
||||||
|
return currentVersion;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setCurrentVersion(final String currentVersion) {
|
||||||
|
this.currentVersion = currentVersion;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Date getLastUpdate() {
|
||||||
|
return lastUpdate;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setLastUpdate(final Date lastUpdate) {
|
||||||
|
this.lastUpdate = lastUpdate;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public long getSize() {
|
||||||
|
return size;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setSize(final long size) {
|
||||||
|
this.size = size;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public long getNumberOfVersions() {
|
||||||
|
return numberOfVersions;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setNumberOfVersions(final long numberOfVersions) {
|
||||||
|
this.numberOfVersions = numberOfVersions;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
|
@ -1,14 +0,0 @@
|
||||||
|
|
||||||
package eu.dnetlib.dhp.application;
|
|
||||||
|
|
||||||
import java.io.*;
|
|
||||||
import java.util.Map;
|
|
||||||
import java.util.Properties;
|
|
||||||
|
|
||||||
import org.apache.hadoop.conf.Configuration;
|
|
||||||
|
|
||||||
import com.google.common.collect.Maps;
|
|
||||||
|
|
||||||
public class ApplicationUtils {
|
|
||||||
|
|
||||||
}
|
|
|
@ -1,7 +1,10 @@
|
||||||
|
|
||||||
package eu.dnetlib.dhp.application;
|
package eu.dnetlib.dhp.application;
|
||||||
|
|
||||||
import java.io.*;
|
import java.io.ByteArrayInputStream;
|
||||||
|
import java.io.ByteArrayOutputStream;
|
||||||
|
import java.io.Serializable;
|
||||||
|
import java.io.StringWriter;
|
||||||
import java.util.*;
|
import java.util.*;
|
||||||
import java.util.zip.GZIPInputStream;
|
import java.util.zip.GZIPInputStream;
|
||||||
import java.util.zip.GZIPOutputStream;
|
import java.util.zip.GZIPOutputStream;
|
||||||
|
@ -9,21 +12,17 @@ import java.util.zip.GZIPOutputStream;
|
||||||
import org.apache.commons.cli.*;
|
import org.apache.commons.cli.*;
|
||||||
import org.apache.commons.codec.binary.Base64;
|
import org.apache.commons.codec.binary.Base64;
|
||||||
import org.apache.commons.io.IOUtils;
|
import org.apache.commons.io.IOUtils;
|
||||||
import org.slf4j.Logger;
|
|
||||||
import org.slf4j.LoggerFactory;
|
|
||||||
|
|
||||||
import com.fasterxml.jackson.databind.ObjectMapper;
|
import com.fasterxml.jackson.databind.ObjectMapper;
|
||||||
|
|
||||||
public class ArgumentApplicationParser implements Serializable {
|
public class ArgumentApplicationParser implements Serializable {
|
||||||
|
|
||||||
private static final Logger log = LoggerFactory.getLogger(ArgumentApplicationParser.class);
|
|
||||||
|
|
||||||
private final Options options = new Options();
|
private final Options options = new Options();
|
||||||
private final Map<String, String> objectMap = new HashMap<>();
|
private final Map<String, String> objectMap = new HashMap<>();
|
||||||
|
|
||||||
private final List<String> compressedValues = new ArrayList<>();
|
private final List<String> compressedValues = new ArrayList<>();
|
||||||
|
|
||||||
public ArgumentApplicationParser(final String json_configuration) throws IOException {
|
public ArgumentApplicationParser(final String json_configuration) throws Exception {
|
||||||
final ObjectMapper mapper = new ObjectMapper();
|
final ObjectMapper mapper = new ObjectMapper();
|
||||||
final OptionsParameter[] configuration = mapper.readValue(json_configuration, OptionsParameter[].class);
|
final OptionsParameter[] configuration = mapper.readValue(json_configuration, OptionsParameter[].class);
|
||||||
createOptionMap(configuration);
|
createOptionMap(configuration);
|
||||||
|
@ -34,6 +33,7 @@ public class ArgumentApplicationParser implements Serializable {
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
private void createOptionMap(final OptionsParameter[] configuration) {
|
private void createOptionMap(final OptionsParameter[] configuration) {
|
||||||
|
|
||||||
Arrays
|
Arrays
|
||||||
.stream(configuration)
|
.stream(configuration)
|
||||||
.map(
|
.map(
|
||||||
|
@ -47,6 +47,10 @@ public class ArgumentApplicationParser implements Serializable {
|
||||||
return o;
|
return o;
|
||||||
})
|
})
|
||||||
.forEach(options::addOption);
|
.forEach(options::addOption);
|
||||||
|
|
||||||
|
// HelpFormatter formatter = new HelpFormatter();
|
||||||
|
// formatter.printHelp("myapp", null, options, null, true);
|
||||||
|
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
public static String decompressValue(final String abstractCompressed) {
|
public static String decompressValue(final String abstractCompressed) {
|
||||||
|
@ -57,7 +61,7 @@ public class ArgumentApplicationParser implements Serializable {
|
||||||
IOUtils.copy(gis, stringWriter);
|
IOUtils.copy(gis, stringWriter);
|
||||||
return stringWriter.toString();
|
return stringWriter.toString();
|
||||||
} catch (Throwable e) {
|
} catch (Throwable e) {
|
||||||
log.error("Wrong value to decompress:" + abstractCompressed);
|
System.out.println("Wrong value to decompress:" + abstractCompressed);
|
||||||
throw new RuntimeException(e);
|
throw new RuntimeException(e);
|
||||||
}
|
}
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
@ -70,7 +74,7 @@ public class ArgumentApplicationParser implements Serializable {
|
||||||
return java.util.Base64.getEncoder().encodeToString(out.toByteArray());
|
return java.util.Base64.getEncoder().encodeToString(out.toByteArray());
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
public void parseArgument(final String[] args) throws ParseException {
|
public void parseArgument(final String[] args) throws Exception {
|
||||||
CommandLineParser parser = new BasicParser();
|
CommandLineParser parser = new BasicParser();
|
||||||
CommandLine cmd = parser.parse(options, args);
|
CommandLine cmd = parser.parse(options, args);
|
||||||
Arrays
|
Arrays
|
||||||
|
|
|
@ -1,52 +0,0 @@
|
||||||
|
|
||||||
package eu.dnetlib.dhp.common;
|
|
||||||
|
|
||||||
import java.util.Map;
|
|
||||||
|
|
||||||
import com.google.common.collect.Maps;
|
|
||||||
|
|
||||||
public class Constants {
|
|
||||||
|
|
||||||
public static final Map<String, String> accessRightsCoarMap = Maps.newHashMap();
|
|
||||||
public static final Map<String, String> coarCodeLabelMap = Maps.newHashMap();
|
|
||||||
|
|
||||||
public static String COAR_ACCESS_RIGHT_SCHEMA = "http://vocabularies.coar-repositories.org/documentation/access_rights/";
|
|
||||||
|
|
||||||
static {
|
|
||||||
accessRightsCoarMap.put("OPEN", "c_abf2");
|
|
||||||
accessRightsCoarMap.put("RESTRICTED", "c_16ec");
|
|
||||||
accessRightsCoarMap.put("OPEN SOURCE", "c_abf2");
|
|
||||||
accessRightsCoarMap.put("CLOSED", "c_14cb");
|
|
||||||
accessRightsCoarMap.put("EMBARGO", "c_f1cf");
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
static {
|
|
||||||
coarCodeLabelMap.put("c_abf2", "OPEN");
|
|
||||||
coarCodeLabelMap.put("c_16ec", "RESTRICTED");
|
|
||||||
coarCodeLabelMap.put("c_14cb", "CLOSED");
|
|
||||||
coarCodeLabelMap.put("c_f1cf", "EMBARGO");
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public static final String SEQUENCE_FILE_NAME = "/sequence_file";
|
|
||||||
public static final String REPORT_FILE_NAME = "/report";
|
|
||||||
public static final String MDSTORE_DATA_PATH = "/store";
|
|
||||||
public static final String MDSTORE_SIZE_PATH = "/size";
|
|
||||||
|
|
||||||
public static final String COLLECTION_MODE = "collectionMode";
|
|
||||||
public static final String METADATA_ENCODING = "metadataEncoding";
|
|
||||||
public static final String OOZIE_WF_PATH = "oozieWfPath";
|
|
||||||
public static final String DNET_MESSAGE_MGR_URL = "dnetMessageManagerURL";
|
|
||||||
|
|
||||||
public static final String MAX_NUMBER_OF_RETRY = "maxNumberOfRetry";
|
|
||||||
public static final String REQUEST_DELAY = "requestDelay";
|
|
||||||
public static final String RETRY_DELAY = "retryDelay";
|
|
||||||
public static final String CONNECT_TIMEOUT = "connectTimeOut";
|
|
||||||
public static final String READ_TIMEOUT = "readTimeOut";
|
|
||||||
public static final String FROM_DATE_OVERRIDE = "fromDateOverride";
|
|
||||||
public static final String UNTIL_DATE_OVERRIDE = "untilDateOverride";
|
|
||||||
|
|
||||||
public static final String CONTENT_TOTALITEMS = "TotalItems";
|
|
||||||
public static final String CONTENT_INVALIDRECORDS = "InvalidRecords";
|
|
||||||
public static final String CONTENT_TRANSFORMEDRECORDS = "transformedItems";
|
|
||||||
|
|
||||||
}
|
|
|
@ -14,7 +14,7 @@ public class DbClient implements Closeable {
|
||||||
|
|
||||||
private static final Log log = LogFactory.getLog(DbClient.class);
|
private static final Log log = LogFactory.getLog(DbClient.class);
|
||||||
|
|
||||||
private final Connection connection;
|
private Connection connection;
|
||||||
|
|
||||||
public DbClient(final String address, final String login, final String password) {
|
public DbClient(final String address, final String login, final String password) {
|
||||||
|
|
||||||
|
|
|
@ -1,412 +0,0 @@
|
||||||
|
|
||||||
package eu.dnetlib.dhp.common;
|
|
||||||
|
|
||||||
import java.io.Serializable;
|
|
||||||
import java.util.*;
|
|
||||||
import java.util.stream.Collectors;
|
|
||||||
|
|
||||||
import eu.dnetlib.dhp.schema.common.ModelConstants;
|
|
||||||
import eu.dnetlib.dhp.schema.dump.oaf.*;
|
|
||||||
import eu.dnetlib.dhp.schema.dump.oaf.community.CommunityInstance;
|
|
||||||
import eu.dnetlib.dhp.schema.dump.oaf.community.CommunityResult;
|
|
||||||
import eu.dnetlib.dhp.schema.oaf.DataInfo;
|
|
||||||
import eu.dnetlib.dhp.schema.oaf.Field;
|
|
||||||
import eu.dnetlib.dhp.schema.oaf.Journal;
|
|
||||||
import eu.dnetlib.dhp.schema.oaf.StructuredProperty;
|
|
||||||
|
|
||||||
public class GraphResultMapper implements Serializable {
|
|
||||||
|
|
||||||
public static <E extends eu.dnetlib.dhp.schema.oaf.OafEntity> Result map(
|
|
||||||
E in) {
|
|
||||||
|
|
||||||
CommunityResult out = new CommunityResult();
|
|
||||||
|
|
||||||
eu.dnetlib.dhp.schema.oaf.Result input = (eu.dnetlib.dhp.schema.oaf.Result) in;
|
|
||||||
Optional<eu.dnetlib.dhp.schema.oaf.Qualifier> ort = Optional.ofNullable(input.getResulttype());
|
|
||||||
if (ort.isPresent()) {
|
|
||||||
switch (ort.get().getClassid()) {
|
|
||||||
case "publication":
|
|
||||||
Optional<Journal> journal = Optional
|
|
||||||
.ofNullable(((eu.dnetlib.dhp.schema.oaf.Publication) input).getJournal());
|
|
||||||
if (journal.isPresent()) {
|
|
||||||
Journal j = journal.get();
|
|
||||||
Container c = new Container();
|
|
||||||
c.setConferencedate(j.getConferencedate());
|
|
||||||
c.setConferenceplace(j.getConferenceplace());
|
|
||||||
c.setEdition(j.getEdition());
|
|
||||||
c.setEp(j.getEp());
|
|
||||||
c.setIss(j.getIss());
|
|
||||||
c.setIssnLinking(j.getIssnLinking());
|
|
||||||
c.setIssnOnline(j.getIssnOnline());
|
|
||||||
c.setIssnPrinted(j.getIssnPrinted());
|
|
||||||
c.setName(j.getName());
|
|
||||||
c.setSp(j.getSp());
|
|
||||||
c.setVol(j.getVol());
|
|
||||||
out.setContainer(c);
|
|
||||||
out.setType(ModelConstants.PUBLICATION_DEFAULT_RESULTTYPE.getClassname());
|
|
||||||
}
|
|
||||||
break;
|
|
||||||
case "dataset":
|
|
||||||
eu.dnetlib.dhp.schema.oaf.Dataset id = (eu.dnetlib.dhp.schema.oaf.Dataset) input;
|
|
||||||
Optional.ofNullable(id.getSize()).ifPresent(v -> out.setSize(v.getValue()));
|
|
||||||
Optional.ofNullable(id.getVersion()).ifPresent(v -> out.setVersion(v.getValue()));
|
|
||||||
|
|
||||||
out
|
|
||||||
.setGeolocation(
|
|
||||||
Optional
|
|
||||||
.ofNullable(id.getGeolocation())
|
|
||||||
.map(
|
|
||||||
igl -> igl
|
|
||||||
.stream()
|
|
||||||
.filter(Objects::nonNull)
|
|
||||||
.map(gli -> {
|
|
||||||
GeoLocation gl = new GeoLocation();
|
|
||||||
gl.setBox(gli.getBox());
|
|
||||||
gl.setPlace(gli.getPlace());
|
|
||||||
gl.setPoint(gli.getPoint());
|
|
||||||
return gl;
|
|
||||||
})
|
|
||||||
.collect(Collectors.toList()))
|
|
||||||
.orElse(null));
|
|
||||||
|
|
||||||
out.setType(ModelConstants.DATASET_DEFAULT_RESULTTYPE.getClassname());
|
|
||||||
break;
|
|
||||||
case "software":
|
|
||||||
|
|
||||||
eu.dnetlib.dhp.schema.oaf.Software is = (eu.dnetlib.dhp.schema.oaf.Software) input;
|
|
||||||
Optional
|
|
||||||
.ofNullable(is.getCodeRepositoryUrl())
|
|
||||||
.ifPresent(value -> out.setCodeRepositoryUrl(value.getValue()));
|
|
||||||
Optional
|
|
||||||
.ofNullable(is.getDocumentationUrl())
|
|
||||||
.ifPresent(
|
|
||||||
value -> out
|
|
||||||
.setDocumentationUrl(
|
|
||||||
value
|
|
||||||
.stream()
|
|
||||||
.map(v -> v.getValue())
|
|
||||||
.collect(Collectors.toList())));
|
|
||||||
|
|
||||||
Optional
|
|
||||||
.ofNullable(is.getProgrammingLanguage())
|
|
||||||
.ifPresent(value -> out.setProgrammingLanguage(value.getClassid()));
|
|
||||||
|
|
||||||
out.setType(ModelConstants.SOFTWARE_DEFAULT_RESULTTYPE.getClassname());
|
|
||||||
break;
|
|
||||||
case "other":
|
|
||||||
|
|
||||||
eu.dnetlib.dhp.schema.oaf.OtherResearchProduct ir = (eu.dnetlib.dhp.schema.oaf.OtherResearchProduct) input;
|
|
||||||
out
|
|
||||||
.setContactgroup(
|
|
||||||
Optional
|
|
||||||
.ofNullable(ir.getContactgroup())
|
|
||||||
.map(value -> value.stream().map(cg -> cg.getValue()).collect(Collectors.toList()))
|
|
||||||
.orElse(null));
|
|
||||||
|
|
||||||
out
|
|
||||||
.setContactperson(
|
|
||||||
Optional
|
|
||||||
.ofNullable(ir.getContactperson())
|
|
||||||
.map(value -> value.stream().map(cp -> cp.getValue()).collect(Collectors.toList()))
|
|
||||||
.orElse(null));
|
|
||||||
out
|
|
||||||
.setTool(
|
|
||||||
Optional
|
|
||||||
.ofNullable(ir.getTool())
|
|
||||||
.map(value -> value.stream().map(t -> t.getValue()).collect(Collectors.toList()))
|
|
||||||
.orElse(null));
|
|
||||||
|
|
||||||
out.setType(ModelConstants.ORP_DEFAULT_RESULTTYPE.getClassname());
|
|
||||||
|
|
||||||
break;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
Optional
|
|
||||||
.ofNullable(input.getAuthor())
|
|
||||||
.ifPresent(ats -> out.setAuthor(ats.stream().map(at -> getAuthor(at)).collect(Collectors.toList())));
|
|
||||||
|
|
||||||
// I do not map Access Right UNKNOWN or OTHER
|
|
||||||
|
|
||||||
Optional<eu.dnetlib.dhp.schema.oaf.Qualifier> oar = Optional.ofNullable(input.getBestaccessright());
|
|
||||||
if (oar.isPresent()) {
|
|
||||||
if (Constants.accessRightsCoarMap.containsKey(oar.get().getClassid())) {
|
|
||||||
String code = Constants.accessRightsCoarMap.get(oar.get().getClassid());
|
|
||||||
out
|
|
||||||
.setBestaccessright(
|
|
||||||
AccessRight
|
|
||||||
.newInstance(
|
|
||||||
code,
|
|
||||||
Constants.coarCodeLabelMap.get(code),
|
|
||||||
Constants.COAR_ACCESS_RIGHT_SCHEMA));
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
final List<String> contributorList = new ArrayList<>();
|
|
||||||
Optional
|
|
||||||
.ofNullable(input.getContributor())
|
|
||||||
.ifPresent(value -> value.stream().forEach(c -> contributorList.add(c.getValue())));
|
|
||||||
out.setContributor(contributorList);
|
|
||||||
|
|
||||||
Optional
|
|
||||||
.ofNullable(input.getCountry())
|
|
||||||
.ifPresent(
|
|
||||||
value -> out
|
|
||||||
.setCountry(
|
|
||||||
value
|
|
||||||
.stream()
|
|
||||||
.map(
|
|
||||||
c -> {
|
|
||||||
if (c.getClassid().equals((ModelConstants.UNKNOWN))) {
|
|
||||||
return null;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
Country country = new Country();
|
|
||||||
country.setCode(c.getClassid());
|
|
||||||
country.setLabel(c.getClassname());
|
|
||||||
Optional
|
|
||||||
.ofNullable(c.getDataInfo())
|
|
||||||
.ifPresent(
|
|
||||||
provenance -> country
|
|
||||||
.setProvenance(
|
|
||||||
Provenance
|
|
||||||
.newInstance(
|
|
||||||
provenance
|
|
||||||
.getProvenanceaction()
|
|
||||||
.getClassname(),
|
|
||||||
c.getDataInfo().getTrust())));
|
|
||||||
return country;
|
|
||||||
})
|
|
||||||
.filter(Objects::nonNull)
|
|
||||||
.collect(Collectors.toList())));
|
|
||||||
|
|
||||||
final List<String> coverageList = new ArrayList<>();
|
|
||||||
Optional
|
|
||||||
.ofNullable(input.getCoverage())
|
|
||||||
.ifPresent(value -> value.stream().forEach(c -> coverageList.add(c.getValue())));
|
|
||||||
out.setCoverage(coverageList);
|
|
||||||
|
|
||||||
out.setDateofcollection(input.getDateofcollection());
|
|
||||||
|
|
||||||
final List<String> descriptionList = new ArrayList<>();
|
|
||||||
Optional
|
|
||||||
.ofNullable(input.getDescription())
|
|
||||||
.ifPresent(value -> value.forEach(d -> descriptionList.add(d.getValue())));
|
|
||||||
out.setDescription(descriptionList);
|
|
||||||
Optional<Field<String>> oStr = Optional.ofNullable(input.getEmbargoenddate());
|
|
||||||
if (oStr.isPresent()) {
|
|
||||||
out.setEmbargoenddate(oStr.get().getValue());
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
final List<String> formatList = new ArrayList<>();
|
|
||||||
Optional
|
|
||||||
.ofNullable(input.getFormat())
|
|
||||||
.ifPresent(value -> value.stream().forEach(f -> formatList.add(f.getValue())));
|
|
||||||
out.setFormat(formatList);
|
|
||||||
out.setId(input.getId());
|
|
||||||
out.setOriginalId(input.getOriginalId());
|
|
||||||
|
|
||||||
Optional<List<eu.dnetlib.dhp.schema.oaf.Instance>> oInst = Optional
|
|
||||||
.ofNullable(input.getInstance());
|
|
||||||
|
|
||||||
if (oInst.isPresent()) {
|
|
||||||
out
|
|
||||||
.setInstance(
|
|
||||||
oInst.get().stream().map(i -> getInstance(i)).collect(Collectors.toList()));
|
|
||||||
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
Optional<eu.dnetlib.dhp.schema.oaf.Qualifier> oL = Optional.ofNullable(input.getLanguage());
|
|
||||||
if (oL.isPresent()) {
|
|
||||||
eu.dnetlib.dhp.schema.oaf.Qualifier language = oL.get();
|
|
||||||
out.setLanguage(Qualifier.newInstance(language.getClassid(), language.getClassname()));
|
|
||||||
}
|
|
||||||
Optional<Long> oLong = Optional.ofNullable(input.getLastupdatetimestamp());
|
|
||||||
if (oLong.isPresent()) {
|
|
||||||
out.setLastupdatetimestamp(oLong.get());
|
|
||||||
}
|
|
||||||
Optional<List<StructuredProperty>> otitle = Optional.ofNullable(input.getTitle());
|
|
||||||
if (otitle.isPresent()) {
|
|
||||||
List<StructuredProperty> iTitle = otitle
|
|
||||||
.get()
|
|
||||||
.stream()
|
|
||||||
.filter(t -> t.getQualifier().getClassid().equalsIgnoreCase("main title"))
|
|
||||||
.collect(Collectors.toList());
|
|
||||||
if (iTitle.size() > 0) {
|
|
||||||
out.setMaintitle(iTitle.get(0).getValue());
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
iTitle = otitle
|
|
||||||
.get()
|
|
||||||
.stream()
|
|
||||||
.filter(t -> t.getQualifier().getClassid().equalsIgnoreCase("subtitle"))
|
|
||||||
.collect(Collectors.toList());
|
|
||||||
if (iTitle.size() > 0) {
|
|
||||||
out.setSubtitle(iTitle.get(0).getValue());
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
List<ControlledField> pids = new ArrayList<>();
|
|
||||||
Optional
|
|
||||||
.ofNullable(input.getPid())
|
|
||||||
.ifPresent(
|
|
||||||
value -> value
|
|
||||||
.stream()
|
|
||||||
.forEach(
|
|
||||||
p -> pids
|
|
||||||
.add(
|
|
||||||
ControlledField
|
|
||||||
.newInstance(p.getQualifier().getClassid(), p.getValue()))));
|
|
||||||
out.setPid(pids);
|
|
||||||
oStr = Optional.ofNullable(input.getDateofacceptance());
|
|
||||||
if (oStr.isPresent()) {
|
|
||||||
out.setPublicationdate(oStr.get().getValue());
|
|
||||||
}
|
|
||||||
oStr = Optional.ofNullable(input.getPublisher());
|
|
||||||
if (oStr.isPresent()) {
|
|
||||||
out.setPublisher(oStr.get().getValue());
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
List<String> sourceList = new ArrayList<>();
|
|
||||||
Optional
|
|
||||||
.ofNullable(input.getSource())
|
|
||||||
.ifPresent(value -> value.stream().forEach(s -> sourceList.add(s.getValue())));
|
|
||||||
// out.setSource(input.getSource().stream().map(s -> s.getValue()).collect(Collectors.toList()));
|
|
||||||
List<Subject> subjectList = new ArrayList<>();
|
|
||||||
Optional
|
|
||||||
.ofNullable(input.getSubject())
|
|
||||||
.ifPresent(
|
|
||||||
value -> value
|
|
||||||
.forEach(s -> subjectList.add(getSubject(s))));
|
|
||||||
|
|
||||||
out.setSubjects(subjectList);
|
|
||||||
|
|
||||||
out.setType(input.getResulttype().getClassid());
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
out
|
|
||||||
.setCollectedfrom(
|
|
||||||
input
|
|
||||||
.getCollectedfrom()
|
|
||||||
.stream()
|
|
||||||
.map(cf -> KeyValue.newInstance(cf.getKey(), cf.getValue()))
|
|
||||||
.collect(Collectors.toList()));
|
|
||||||
|
|
||||||
return out;
|
|
||||||
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
private static CommunityInstance getInstance(eu.dnetlib.dhp.schema.oaf.Instance i) {
|
|
||||||
CommunityInstance instance = new CommunityInstance();
|
|
||||||
|
|
||||||
setCommonValue(i, instance);
|
|
||||||
|
|
||||||
instance
|
|
||||||
.setCollectedfrom(
|
|
||||||
KeyValue
|
|
||||||
.newInstance(i.getCollectedfrom().getKey(), i.getCollectedfrom().getValue()));
|
|
||||||
|
|
||||||
instance
|
|
||||||
.setHostedby(
|
|
||||||
KeyValue.newInstance(i.getHostedby().getKey(), i.getHostedby().getValue()));
|
|
||||||
|
|
||||||
return instance;
|
|
||||||
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
private static <I extends Instance> void setCommonValue(eu.dnetlib.dhp.schema.oaf.Instance i, I instance) {
|
|
||||||
Optional<eu.dnetlib.dhp.schema.oaf.Qualifier> opAr = Optional
|
|
||||||
.ofNullable(i.getAccessright());
|
|
||||||
if (opAr.isPresent()) {
|
|
||||||
if (Constants.accessRightsCoarMap.containsKey(opAr.get().getClassid())) {
|
|
||||||
String code = Constants.accessRightsCoarMap.get(opAr.get().getClassid());
|
|
||||||
instance
|
|
||||||
.setAccessright(
|
|
||||||
AccessRight
|
|
||||||
.newInstance(
|
|
||||||
code,
|
|
||||||
Constants.coarCodeLabelMap.get(code),
|
|
||||||
Constants.COAR_ACCESS_RIGHT_SCHEMA));
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
Optional
|
|
||||||
.ofNullable(i.getLicense())
|
|
||||||
.ifPresent(value -> instance.setLicense(value.getValue()));
|
|
||||||
Optional
|
|
||||||
.ofNullable(i.getDateofacceptance())
|
|
||||||
.ifPresent(value -> instance.setPublicationdate(value.getValue()));
|
|
||||||
Optional
|
|
||||||
.ofNullable(i.getRefereed())
|
|
||||||
.ifPresent(value -> instance.setRefereed(value.getClassname()));
|
|
||||||
Optional
|
|
||||||
.ofNullable(i.getInstancetype())
|
|
||||||
.ifPresent(value -> instance.setType(value.getClassname()));
|
|
||||||
Optional.ofNullable(i.getUrl()).ifPresent(value -> instance.setUrl(value));
|
|
||||||
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
private static Subject getSubject(StructuredProperty s) {
|
|
||||||
Subject subject = new Subject();
|
|
||||||
subject.setSubject(ControlledField.newInstance(s.getQualifier().getClassid(), s.getValue()));
|
|
||||||
Optional<DataInfo> di = Optional.ofNullable(s.getDataInfo());
|
|
||||||
if (di.isPresent()) {
|
|
||||||
Provenance p = new Provenance();
|
|
||||||
p.setProvenance(di.get().getProvenanceaction().getClassname());
|
|
||||||
p.setTrust(di.get().getTrust());
|
|
||||||
subject.setProvenance(p);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
return subject;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
private static Author getAuthor(eu.dnetlib.dhp.schema.oaf.Author oa) {
|
|
||||||
Author a = new Author();
|
|
||||||
a.setFullname(oa.getFullname());
|
|
||||||
a.setName(oa.getName());
|
|
||||||
a.setSurname(oa.getSurname());
|
|
||||||
a.setRank(oa.getRank());
|
|
||||||
|
|
||||||
Optional<List<StructuredProperty>> oPids = Optional
|
|
||||||
.ofNullable(oa.getPid());
|
|
||||||
if (oPids.isPresent()) {
|
|
||||||
Pid pid = getOrcid(oPids.get());
|
|
||||||
if (pid != null) {
|
|
||||||
a.setPid(pid);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
return a;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
private static Pid getOrcid(List<StructuredProperty> p) {
|
|
||||||
for (StructuredProperty pid : p) {
|
|
||||||
if (pid.getQualifier().getClassid().equals(ModelConstants.ORCID)) {
|
|
||||||
Optional<DataInfo> di = Optional.ofNullable(pid.getDataInfo());
|
|
||||||
if (di.isPresent()) {
|
|
||||||
return Pid
|
|
||||||
.newInstance(
|
|
||||||
ControlledField
|
|
||||||
.newInstance(
|
|
||||||
pid.getQualifier().getClassid(),
|
|
||||||
pid.getValue()),
|
|
||||||
Provenance
|
|
||||||
.newInstance(
|
|
||||||
di.get().getProvenanceaction().getClassname(),
|
|
||||||
di.get().getTrust()));
|
|
||||||
} else {
|
|
||||||
return Pid
|
|
||||||
.newInstance(
|
|
||||||
ControlledField
|
|
||||||
.newInstance(
|
|
||||||
pid.getQualifier().getClassid(),
|
|
||||||
pid.getValue())
|
|
||||||
|
|
||||||
);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
return null;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
}
|
|
|
@ -1,114 +0,0 @@
|
||||||
|
|
||||||
package eu.dnetlib.dhp.common;
|
|
||||||
|
|
||||||
import java.io.BufferedInputStream;
|
|
||||||
import java.io.IOException;
|
|
||||||
import java.io.InputStream;
|
|
||||||
import java.io.Serializable;
|
|
||||||
|
|
||||||
import org.apache.commons.compress.archivers.tar.TarArchiveEntry;
|
|
||||||
import org.apache.commons.compress.archivers.tar.TarArchiveOutputStream;
|
|
||||||
import org.apache.hadoop.fs.*;
|
|
||||||
|
|
||||||
public class MakeTarArchive implements Serializable {
|
|
||||||
|
|
||||||
private static TarArchiveOutputStream getTar(FileSystem fileSystem, String outputPath) throws IOException {
|
|
||||||
Path hdfsWritePath = new Path(outputPath);
|
|
||||||
FSDataOutputStream fsDataOutputStream = null;
|
|
||||||
if (fileSystem.exists(hdfsWritePath)) {
|
|
||||||
fileSystem.delete(hdfsWritePath, true);
|
|
||||||
|
|
||||||
}
|
|
||||||
fsDataOutputStream = fileSystem.create(hdfsWritePath);
|
|
||||||
|
|
||||||
return new TarArchiveOutputStream(fsDataOutputStream.getWrappedStream());
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
private static void write(FileSystem fileSystem, String inputPath, String outputPath, String dir_name)
|
|
||||||
throws IOException {
|
|
||||||
|
|
||||||
Path hdfsWritePath = new Path(outputPath);
|
|
||||||
FSDataOutputStream fsDataOutputStream = null;
|
|
||||||
if (fileSystem.exists(hdfsWritePath)) {
|
|
||||||
fileSystem.delete(hdfsWritePath, true);
|
|
||||||
|
|
||||||
}
|
|
||||||
fsDataOutputStream = fileSystem.create(hdfsWritePath);
|
|
||||||
|
|
||||||
TarArchiveOutputStream ar = new TarArchiveOutputStream(fsDataOutputStream.getWrappedStream());
|
|
||||||
|
|
||||||
RemoteIterator<LocatedFileStatus> fileStatusListIterator = fileSystem
|
|
||||||
.listFiles(
|
|
||||||
new Path(inputPath), true);
|
|
||||||
|
|
||||||
while (fileStatusListIterator.hasNext()) {
|
|
||||||
writeCurrentFile(fileSystem, dir_name, fileStatusListIterator, ar, 0);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
ar.close();
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public static void tarMaxSize(FileSystem fileSystem, String inputPath, String outputPath, String dir_name,
|
|
||||||
int gBperSplit) throws IOException {
|
|
||||||
final long bytesPerSplit = 1024L * 1024L * 1024L * gBperSplit;
|
|
||||||
|
|
||||||
long sourceSize = fileSystem.getContentSummary(new Path(inputPath)).getSpaceConsumed();
|
|
||||||
|
|
||||||
if (sourceSize < bytesPerSplit) {
|
|
||||||
write(fileSystem, inputPath, outputPath + ".tar", dir_name);
|
|
||||||
} else {
|
|
||||||
int partNum = 0;
|
|
||||||
|
|
||||||
RemoteIterator<LocatedFileStatus> fileStatusListIterator = fileSystem
|
|
||||||
.listFiles(
|
|
||||||
new Path(inputPath), true);
|
|
||||||
boolean next = fileStatusListIterator.hasNext();
|
|
||||||
while (next) {
|
|
||||||
TarArchiveOutputStream ar = getTar(fileSystem, outputPath + "_" + (partNum + 1) + ".tar");
|
|
||||||
|
|
||||||
long current_size = 0;
|
|
||||||
while (next && current_size < bytesPerSplit) {
|
|
||||||
current_size = writeCurrentFile(fileSystem, dir_name, fileStatusListIterator, ar, current_size);
|
|
||||||
next = fileStatusListIterator.hasNext();
|
|
||||||
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
partNum += 1;
|
|
||||||
ar.close();
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
private static long writeCurrentFile(FileSystem fileSystem, String dir_name,
|
|
||||||
RemoteIterator<LocatedFileStatus> fileStatusListIterator,
|
|
||||||
TarArchiveOutputStream ar, long current_size) throws IOException {
|
|
||||||
LocatedFileStatus fileStatus = fileStatusListIterator.next();
|
|
||||||
|
|
||||||
Path p = fileStatus.getPath();
|
|
||||||
String p_string = p.toString();
|
|
||||||
if (!p_string.endsWith("_SUCCESS")) {
|
|
||||||
String name = p_string.substring(p_string.lastIndexOf("/") + 1);
|
|
||||||
TarArchiveEntry entry = new TarArchiveEntry(dir_name + "/" + name);
|
|
||||||
entry.setSize(fileStatus.getLen());
|
|
||||||
current_size += fileStatus.getLen();
|
|
||||||
ar.putArchiveEntry(entry);
|
|
||||||
|
|
||||||
InputStream is = fileSystem.open(fileStatus.getPath());
|
|
||||||
|
|
||||||
BufferedInputStream bis = new BufferedInputStream(is);
|
|
||||||
|
|
||||||
int count;
|
|
||||||
byte[] data = new byte[1024];
|
|
||||||
while ((count = bis.read(data, 0, data.length)) != -1) {
|
|
||||||
ar.write(data, 0, count);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
bis.close();
|
|
||||||
ar.closeArchiveEntry();
|
|
||||||
|
|
||||||
}
|
|
||||||
return current_size;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
}
|
|
|
@ -1,53 +0,0 @@
|
||||||
|
|
||||||
package eu.dnetlib.dhp.common.api;
|
|
||||||
|
|
||||||
import java.io.IOException;
|
|
||||||
import java.io.InputStream;
|
|
||||||
|
|
||||||
import okhttp3.MediaType;
|
|
||||||
import okhttp3.RequestBody;
|
|
||||||
import okhttp3.internal.Util;
|
|
||||||
import okio.BufferedSink;
|
|
||||||
import okio.Okio;
|
|
||||||
import okio.Source;
|
|
||||||
|
|
||||||
public class InputStreamRequestBody extends RequestBody {
|
|
||||||
|
|
||||||
private final InputStream inputStream;
|
|
||||||
private final MediaType mediaType;
|
|
||||||
private final long lenght;
|
|
||||||
|
|
||||||
public static RequestBody create(final MediaType mediaType, final InputStream inputStream, final long len) {
|
|
||||||
|
|
||||||
return new InputStreamRequestBody(inputStream, mediaType, len);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
private InputStreamRequestBody(InputStream inputStream, MediaType mediaType, long len) {
|
|
||||||
this.inputStream = inputStream;
|
|
||||||
this.mediaType = mediaType;
|
|
||||||
this.lenght = len;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
@Override
|
|
||||||
public MediaType contentType() {
|
|
||||||
return mediaType;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
@Override
|
|
||||||
public long contentLength() {
|
|
||||||
|
|
||||||
return lenght;
|
|
||||||
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
@Override
|
|
||||||
public void writeTo(BufferedSink sink) throws IOException {
|
|
||||||
Source source = null;
|
|
||||||
try {
|
|
||||||
source = Okio.source(inputStream);
|
|
||||||
sink.writeAll(source);
|
|
||||||
} finally {
|
|
||||||
Util.closeQuietly(source);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
|
@ -1,8 +0,0 @@
|
||||||
|
|
||||||
package eu.dnetlib.dhp.common.api;
|
|
||||||
|
|
||||||
public class MissingConceptDoiException extends Throwable {
|
|
||||||
public MissingConceptDoiException(String message) {
|
|
||||||
super(message);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
|
@ -1,315 +0,0 @@
|
||||||
|
|
||||||
package eu.dnetlib.dhp.common.api;
|
|
||||||
|
|
||||||
import java.io.*;
|
|
||||||
import java.io.IOException;
|
|
||||||
import java.util.concurrent.TimeUnit;
|
|
||||||
|
|
||||||
import com.google.gson.Gson;
|
|
||||||
|
|
||||||
import eu.dnetlib.dhp.common.api.zenodo.ZenodoModel;
|
|
||||||
import eu.dnetlib.dhp.common.api.zenodo.ZenodoModelList;
|
|
||||||
import okhttp3.*;
|
|
||||||
|
|
||||||
public class ZenodoAPIClient implements Serializable {
|
|
||||||
|
|
||||||
String urlString;
|
|
||||||
String bucket;
|
|
||||||
|
|
||||||
String deposition_id;
|
|
||||||
String access_token;
|
|
||||||
|
|
||||||
public static final MediaType MEDIA_TYPE_JSON = MediaType.parse("application/json; charset=utf-8");
|
|
||||||
|
|
||||||
private static final MediaType MEDIA_TYPE_ZIP = MediaType.parse("application/zip");
|
|
||||||
|
|
||||||
public String getUrlString() {
|
|
||||||
return urlString;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public void setUrlString(String urlString) {
|
|
||||||
this.urlString = urlString;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public String getBucket() {
|
|
||||||
return bucket;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public void setBucket(String bucket) {
|
|
||||||
this.bucket = bucket;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public void setDeposition_id(String deposition_id) {
|
|
||||||
this.deposition_id = deposition_id;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public ZenodoAPIClient(String urlString, String access_token) throws IOException {
|
|
||||||
|
|
||||||
this.urlString = urlString;
|
|
||||||
this.access_token = access_token;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
/**
|
|
||||||
* Brand new deposition in Zenodo. It sets the deposition_id and the bucket where to store the files to upload
|
|
||||||
*
|
|
||||||
* @return response code
|
|
||||||
* @throws IOException
|
|
||||||
*/
|
|
||||||
public int newDeposition() throws IOException {
|
|
||||||
String json = "{}";
|
|
||||||
OkHttpClient httpClient = new OkHttpClient.Builder().connectTimeout(600, TimeUnit.SECONDS).build();
|
|
||||||
|
|
||||||
RequestBody body = RequestBody.create(json, MEDIA_TYPE_JSON);
|
|
||||||
|
|
||||||
Request request = new Request.Builder()
|
|
||||||
.url(urlString)
|
|
||||||
.addHeader("Content-Type", "application/json") // add request headers
|
|
||||||
.addHeader("Authorization", "Bearer " + access_token)
|
|
||||||
.post(body)
|
|
||||||
.build();
|
|
||||||
|
|
||||||
try (Response response = httpClient.newCall(request).execute()) {
|
|
||||||
|
|
||||||
if (!response.isSuccessful())
|
|
||||||
throw new IOException("Unexpected code " + response + response.body().string());
|
|
||||||
|
|
||||||
// Get response body
|
|
||||||
json = response.body().string();
|
|
||||||
|
|
||||||
ZenodoModel newSubmission = new Gson().fromJson(json, ZenodoModel.class);
|
|
||||||
this.bucket = newSubmission.getLinks().getBucket();
|
|
||||||
this.deposition_id = newSubmission.getId();
|
|
||||||
|
|
||||||
return response.code();
|
|
||||||
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
/**
|
|
||||||
* Upload files in Zenodo.
|
|
||||||
*
|
|
||||||
* @param is the inputStream for the file to upload
|
|
||||||
* @param file_name the name of the file as it will appear on Zenodo
|
|
||||||
* @param len the size of the file
|
|
||||||
* @return the response code
|
|
||||||
*/
|
|
||||||
public int uploadIS(InputStream is, String file_name, long len) throws IOException {
|
|
||||||
OkHttpClient httpClient = new OkHttpClient.Builder()
|
|
||||||
.writeTimeout(600, TimeUnit.SECONDS)
|
|
||||||
.readTimeout(600, TimeUnit.SECONDS)
|
|
||||||
.connectTimeout(600, TimeUnit.SECONDS)
|
|
||||||
.build();
|
|
||||||
|
|
||||||
Request request = new Request.Builder()
|
|
||||||
.url(bucket + "/" + file_name)
|
|
||||||
.addHeader("Content-Type", "application/zip") // add request headers
|
|
||||||
.addHeader("Authorization", "Bearer " + access_token)
|
|
||||||
.put(InputStreamRequestBody.create(MEDIA_TYPE_ZIP, is, len))
|
|
||||||
.build();
|
|
||||||
|
|
||||||
try (Response response = httpClient.newCall(request).execute()) {
|
|
||||||
if (!response.isSuccessful())
|
|
||||||
throw new IOException("Unexpected code " + response + response.body().string());
|
|
||||||
return response.code();
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
/**
|
|
||||||
* Associates metadata information to the current deposition
|
|
||||||
*
|
|
||||||
* @param metadata the metadata
|
|
||||||
* @return response code
|
|
||||||
* @throws IOException
|
|
||||||
*/
|
|
||||||
public int sendMretadata(String metadata) throws IOException {
|
|
||||||
|
|
||||||
OkHttpClient httpClient = new OkHttpClient.Builder().connectTimeout(600, TimeUnit.SECONDS).build();
|
|
||||||
|
|
||||||
RequestBody body = RequestBody.create(metadata, MEDIA_TYPE_JSON);
|
|
||||||
|
|
||||||
Request request = new Request.Builder()
|
|
||||||
.url(urlString + "/" + deposition_id)
|
|
||||||
.addHeader("Content-Type", "application/json") // add request headers
|
|
||||||
.addHeader("Authorization", "Bearer " + access_token)
|
|
||||||
.put(body)
|
|
||||||
.build();
|
|
||||||
|
|
||||||
try (Response response = httpClient.newCall(request).execute()) {
|
|
||||||
|
|
||||||
if (!response.isSuccessful())
|
|
||||||
throw new IOException("Unexpected code " + response + response.body().string());
|
|
||||||
|
|
||||||
return response.code();
|
|
||||||
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
/**
|
|
||||||
* To publish the current deposition. It works for both new deposition or new version of an old deposition
|
|
||||||
*
|
|
||||||
* @return response code
|
|
||||||
* @throws IOException
|
|
||||||
*/
|
|
||||||
public int publish() throws IOException {
|
|
||||||
|
|
||||||
String json = "{}";
|
|
||||||
|
|
||||||
OkHttpClient httpClient = new OkHttpClient.Builder().connectTimeout(600, TimeUnit.SECONDS).build();
|
|
||||||
|
|
||||||
RequestBody body = RequestBody.create(json, MEDIA_TYPE_JSON);
|
|
||||||
|
|
||||||
Request request = new Request.Builder()
|
|
||||||
.url(urlString + "/" + deposition_id + "/actions/publish")
|
|
||||||
.addHeader("Authorization", "Bearer " + access_token)
|
|
||||||
.post(body)
|
|
||||||
.build();
|
|
||||||
|
|
||||||
try (Response response = httpClient.newCall(request).execute()) {
|
|
||||||
|
|
||||||
if (!response.isSuccessful())
|
|
||||||
throw new IOException("Unexpected code " + response + response.body().string());
|
|
||||||
|
|
||||||
return response.code();
|
|
||||||
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
/**
|
|
||||||
* To create a new version of an already published deposition. It sets the deposition_id and the bucket to be used
|
|
||||||
* for the new version.
|
|
||||||
*
|
|
||||||
* @param concept_rec_id the concept record id of the deposition for which to create a new version. It is the last
|
|
||||||
* part of the url for the DOI Zenodo suggests to use to cite all versions: DOI: 10.xxx/zenodo.656930
|
|
||||||
* concept_rec_id = 656930
|
|
||||||
* @return response code
|
|
||||||
* @throws IOException
|
|
||||||
* @throws MissingConceptDoiException
|
|
||||||
*/
|
|
||||||
public int newVersion(String concept_rec_id) throws IOException, MissingConceptDoiException {
|
|
||||||
setDepositionId(concept_rec_id);
|
|
||||||
String json = "{}";
|
|
||||||
|
|
||||||
OkHttpClient httpClient = new OkHttpClient.Builder().connectTimeout(600, TimeUnit.SECONDS).build();
|
|
||||||
|
|
||||||
RequestBody body = RequestBody.create(json, MEDIA_TYPE_JSON);
|
|
||||||
|
|
||||||
Request request = new Request.Builder()
|
|
||||||
.url(urlString + "/" + deposition_id + "/actions/newversion")
|
|
||||||
.addHeader("Authorization", "Bearer " + access_token)
|
|
||||||
.post(body)
|
|
||||||
.build();
|
|
||||||
|
|
||||||
try (Response response = httpClient.newCall(request).execute()) {
|
|
||||||
|
|
||||||
if (!response.isSuccessful())
|
|
||||||
throw new IOException("Unexpected code " + response + response.body().string());
|
|
||||||
|
|
||||||
ZenodoModel zenodoModel = new Gson().fromJson(response.body().string(), ZenodoModel.class);
|
|
||||||
String latest_draft = zenodoModel.getLinks().getLatest_draft();
|
|
||||||
deposition_id = latest_draft.substring(latest_draft.lastIndexOf("/") + 1);
|
|
||||||
bucket = getBucket(latest_draft);
|
|
||||||
return response.code();
|
|
||||||
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
/**
|
|
||||||
* To finish uploading a version or new deposition not published
|
|
||||||
* It sets the deposition_id and the bucket to be used
|
|
||||||
*
|
|
||||||
*
|
|
||||||
* @param deposition_id the deposition id of the not yet published upload
|
|
||||||
* concept_rec_id = 656930
|
|
||||||
* @return response code
|
|
||||||
* @throws IOException
|
|
||||||
* @throws MissingConceptDoiException
|
|
||||||
*/
|
|
||||||
public int uploadOpenDeposition(String deposition_id) throws IOException, MissingConceptDoiException {
|
|
||||||
|
|
||||||
this.deposition_id = deposition_id;
|
|
||||||
|
|
||||||
OkHttpClient httpClient = new OkHttpClient.Builder().connectTimeout(600, TimeUnit.SECONDS).build();
|
|
||||||
|
|
||||||
Request request = new Request.Builder()
|
|
||||||
.url(urlString + "/" + deposition_id)
|
|
||||||
.addHeader("Authorization", "Bearer " + access_token)
|
|
||||||
.build();
|
|
||||||
|
|
||||||
try (Response response = httpClient.newCall(request).execute()) {
|
|
||||||
|
|
||||||
if (!response.isSuccessful())
|
|
||||||
throw new IOException("Unexpected code " + response + response.body().string());
|
|
||||||
|
|
||||||
ZenodoModel zenodoModel = new Gson().fromJson(response.body().string(), ZenodoModel.class);
|
|
||||||
bucket = zenodoModel.getLinks().getBucket();
|
|
||||||
return response.code();
|
|
||||||
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
private void setDepositionId(String concept_rec_id) throws IOException, MissingConceptDoiException {
|
|
||||||
|
|
||||||
ZenodoModelList zenodoModelList = new Gson().fromJson(getPrevDepositions(), ZenodoModelList.class);
|
|
||||||
|
|
||||||
for (ZenodoModel zm : zenodoModelList) {
|
|
||||||
if (zm.getConceptrecid().equals(concept_rec_id)) {
|
|
||||||
deposition_id = zm.getId();
|
|
||||||
return;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
throw new MissingConceptDoiException("The concept record id specified was missing in the list of depositions");
|
|
||||||
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
private String getPrevDepositions() throws IOException {
|
|
||||||
OkHttpClient httpClient = new OkHttpClient.Builder().connectTimeout(600, TimeUnit.SECONDS).build();
|
|
||||||
|
|
||||||
Request request = new Request.Builder()
|
|
||||||
.url(urlString)
|
|
||||||
.addHeader("Content-Type", "application/json") // add request headers
|
|
||||||
.addHeader("Authorization", "Bearer " + access_token)
|
|
||||||
.get()
|
|
||||||
.build();
|
|
||||||
|
|
||||||
try (Response response = httpClient.newCall(request).execute()) {
|
|
||||||
|
|
||||||
if (!response.isSuccessful())
|
|
||||||
throw new IOException("Unexpected code " + response + response.body().string());
|
|
||||||
|
|
||||||
return response.body().string();
|
|
||||||
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
private String getBucket(String url) throws IOException {
|
|
||||||
OkHttpClient httpClient = new OkHttpClient.Builder()
|
|
||||||
.connectTimeout(600, TimeUnit.SECONDS)
|
|
||||||
.build();
|
|
||||||
|
|
||||||
Request request = new Request.Builder()
|
|
||||||
.url(url)
|
|
||||||
.addHeader("Content-Type", "application/json") // add request headers
|
|
||||||
.addHeader("Authorization", "Bearer " + access_token)
|
|
||||||
.get()
|
|
||||||
.build();
|
|
||||||
|
|
||||||
try (Response response = httpClient.newCall(request).execute()) {
|
|
||||||
|
|
||||||
if (!response.isSuccessful())
|
|
||||||
throw new IOException("Unexpected code " + response + response.body().string());
|
|
||||||
|
|
||||||
// Get response body
|
|
||||||
ZenodoModel zenodoModel = new Gson().fromJson(response.body().string(), ZenodoModel.class);
|
|
||||||
|
|
||||||
return zenodoModel.getLinks().getBucket();
|
|
||||||
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
}
|
|
|
@ -1,14 +0,0 @@
|
||||||
|
|
||||||
package eu.dnetlib.dhp.common.api.zenodo;
|
|
||||||
|
|
||||||
public class Community {
|
|
||||||
private String identifier;
|
|
||||||
|
|
||||||
public String getIdentifier() {
|
|
||||||
return identifier;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public void setIdentifier(String identifier) {
|
|
||||||
this.identifier = identifier;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
|
@ -1,47 +0,0 @@
|
||||||
|
|
||||||
package eu.dnetlib.dhp.common.api.zenodo;
|
|
||||||
|
|
||||||
public class Creator {
|
|
||||||
private String affiliation;
|
|
||||||
private String name;
|
|
||||||
private String orcid;
|
|
||||||
|
|
||||||
public String getAffiliation() {
|
|
||||||
return affiliation;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public void setAffiliation(String affiliation) {
|
|
||||||
this.affiliation = affiliation;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public String getName() {
|
|
||||||
return name;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public void setName(String name) {
|
|
||||||
this.name = name;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public String getOrcid() {
|
|
||||||
return orcid;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public void setOrcid(String orcid) {
|
|
||||||
this.orcid = orcid;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public static Creator newInstance(String name, String affiliation, String orcid) {
|
|
||||||
Creator c = new Creator();
|
|
||||||
if (!(name == null)) {
|
|
||||||
c.name = name;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
if (!(affiliation == null)) {
|
|
||||||
c.affiliation = affiliation;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
if (!(orcid == null)) {
|
|
||||||
c.orcid = orcid;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
return c;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
|
@ -1,58 +0,0 @@
|
||||||
|
|
||||||
package eu.dnetlib.dhp.common.api.zenodo;
|
|
||||||
|
|
||||||
import java.io.Serializable;
|
|
||||||
|
|
||||||
import net.minidev.json.annotate.JsonIgnore;
|
|
||||||
|
|
||||||
public class File implements Serializable {
|
|
||||||
private String checksum;
|
|
||||||
private String filename;
|
|
||||||
private long filesize;
|
|
||||||
private String id;
|
|
||||||
|
|
||||||
@JsonIgnore
|
|
||||||
// private Links links;
|
|
||||||
|
|
||||||
public String getChecksum() {
|
|
||||||
return checksum;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public void setChecksum(String checksum) {
|
|
||||||
this.checksum = checksum;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public String getFilename() {
|
|
||||||
return filename;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public void setFilename(String filename) {
|
|
||||||
this.filename = filename;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public long getFilesize() {
|
|
||||||
return filesize;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public void setFilesize(long filesize) {
|
|
||||||
this.filesize = filesize;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public String getId() {
|
|
||||||
return id;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public void setId(String id) {
|
|
||||||
this.id = id;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
// @JsonIgnore
|
|
||||||
// public Links getLinks() {
|
|
||||||
// return links;
|
|
||||||
// }
|
|
||||||
//
|
|
||||||
// @JsonIgnore
|
|
||||||
// public void setLinks(Links links) {
|
|
||||||
// this.links = links;
|
|
||||||
// }
|
|
||||||
}
|
|
|
@ -1,23 +0,0 @@
|
||||||
|
|
||||||
package eu.dnetlib.dhp.common.api.zenodo;
|
|
||||||
|
|
||||||
import java.io.Serializable;
|
|
||||||
|
|
||||||
public class Grant implements Serializable {
|
|
||||||
private String id;
|
|
||||||
|
|
||||||
public String getId() {
|
|
||||||
return id;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public void setId(String id) {
|
|
||||||
this.id = id;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public static Grant newInstance(String id) {
|
|
||||||
Grant g = new Grant();
|
|
||||||
g.id = id;
|
|
||||||
|
|
||||||
return g;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
|
@ -1,92 +0,0 @@
|
||||||
|
|
||||||
package eu.dnetlib.dhp.common.api.zenodo;
|
|
||||||
|
|
||||||
import java.io.Serializable;
|
|
||||||
|
|
||||||
public class Links implements Serializable {
|
|
||||||
|
|
||||||
private String bucket;
|
|
||||||
|
|
||||||
private String discard;
|
|
||||||
|
|
||||||
private String edit;
|
|
||||||
private String files;
|
|
||||||
private String html;
|
|
||||||
private String latest_draft;
|
|
||||||
private String latest_draft_html;
|
|
||||||
private String publish;
|
|
||||||
|
|
||||||
private String self;
|
|
||||||
|
|
||||||
public String getBucket() {
|
|
||||||
return bucket;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public void setBucket(String bucket) {
|
|
||||||
this.bucket = bucket;
|
|
||||||
}
|
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||||||
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||||||
public String getDiscard() {
|
|
||||||
return discard;
|
|
||||||
}
|
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||||||
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|
||||||
public void setDiscard(String discard) {
|
|
||||||
this.discard = discard;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public String getEdit() {
|
|
||||||
return edit;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public void setEdit(String edit) {
|
|
||||||
this.edit = edit;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
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||||||
public String getFiles() {
|
|
||||||
return files;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
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||||||
public void setFiles(String files) {
|
|
||||||
this.files = files;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public String getHtml() {
|
|
||||||
return html;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public void setHtml(String html) {
|
|
||||||
this.html = html;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
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|
||||||
public String getLatest_draft() {
|
|
||||||
return latest_draft;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public void setLatest_draft(String latest_draft) {
|
|
||||||
this.latest_draft = latest_draft;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public String getLatest_draft_html() {
|
|
||||||
return latest_draft_html;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public void setLatest_draft_html(String latest_draft_html) {
|
|
||||||
this.latest_draft_html = latest_draft_html;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public String getPublish() {
|
|
||||||
return publish;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public void setPublish(String publish) {
|
|
||||||
this.publish = publish;
|
|
||||||
}
|
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||||||
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||||||
public String getSelf() {
|
|
||||||
return self;
|
|
||||||
}
|
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||||||
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||||||
public void setSelf(String self) {
|
|
||||||
this.self = self;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
|
@ -1,153 +0,0 @@
|
||||||
|
|
||||||
package eu.dnetlib.dhp.common.api.zenodo;
|
|
||||||
|
|
||||||
import java.io.Serializable;
|
|
||||||
import java.util.List;
|
|
||||||
|
|
||||||
public class Metadata implements Serializable {
|
|
||||||
|
|
||||||
private String access_right;
|
|
||||||
private List<Community> communities;
|
|
||||||
private List<Creator> creators;
|
|
||||||
private String description;
|
|
||||||
private String doi;
|
|
||||||
private List<Grant> grants;
|
|
||||||
private List<String> keywords;
|
|
||||||
private String language;
|
|
||||||
private String license;
|
|
||||||
private PrereserveDoi prereserve_doi;
|
|
||||||
private String publication_date;
|
|
||||||
private List<String> references;
|
|
||||||
private List<RelatedIdentifier> related_identifiers;
|
|
||||||
private String title;
|
|
||||||
private String upload_type;
|
|
||||||
private String version;
|
|
||||||
|
|
||||||
public String getUpload_type() {
|
|
||||||
return upload_type;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public void setUpload_type(String upload_type) {
|
|
||||||
this.upload_type = upload_type;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public String getVersion() {
|
|
||||||
return version;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public void setVersion(String version) {
|
|
||||||
this.version = version;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public String getAccess_right() {
|
|
||||||
return access_right;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public void setAccess_right(String access_right) {
|
|
||||||
this.access_right = access_right;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public List<Community> getCommunities() {
|
|
||||||
return communities;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public void setCommunities(List<Community> communities) {
|
|
||||||
this.communities = communities;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
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|
||||||
public List<Creator> getCreators() {
|
|
||||||
return creators;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public void setCreators(List<Creator> creators) {
|
|
||||||
this.creators = creators;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public String getDescription() {
|
|
||||||
return description;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public void setDescription(String description) {
|
|
||||||
this.description = description;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public String getDoi() {
|
|
||||||
return doi;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
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|
||||||
public void setDoi(String doi) {
|
|
||||||
this.doi = doi;
|
|
||||||
}
|
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||||||
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||||||
public List<Grant> getGrants() {
|
|
||||||
return grants;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
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||||||
public void setGrants(List<Grant> grants) {
|
|
||||||
this.grants = grants;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public List<String> getKeywords() {
|
|
||||||
return keywords;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public void setKeywords(List<String> keywords) {
|
|
||||||
this.keywords = keywords;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public String getLanguage() {
|
|
||||||
return language;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public void setLanguage(String language) {
|
|
||||||
this.language = language;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public String getLicense() {
|
|
||||||
return license;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public void setLicense(String license) {
|
|
||||||
this.license = license;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public PrereserveDoi getPrereserve_doi() {
|
|
||||||
return prereserve_doi;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public void setPrereserve_doi(PrereserveDoi prereserve_doi) {
|
|
||||||
this.prereserve_doi = prereserve_doi;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public String getPublication_date() {
|
|
||||||
return publication_date;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public void setPublication_date(String publication_date) {
|
|
||||||
this.publication_date = publication_date;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public List<String> getReferences() {
|
|
||||||
return references;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public void setReferences(List<String> references) {
|
|
||||||
this.references = references;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public List<RelatedIdentifier> getRelated_identifiers() {
|
|
||||||
return related_identifiers;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public void setRelated_identifiers(List<RelatedIdentifier> related_identifiers) {
|
|
||||||
this.related_identifiers = related_identifiers;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public String getTitle() {
|
|
||||||
return title;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public void setTitle(String title) {
|
|
||||||
this.title = title;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
|
@ -1,25 +0,0 @@
|
||||||
|
|
||||||
package eu.dnetlib.dhp.common.api.zenodo;
|
|
||||||
|
|
||||||
import java.io.Serializable;
|
|
||||||
|
|
||||||
public class PrereserveDoi implements Serializable {
|
|
||||||
private String doi;
|
|
||||||
private String recid;
|
|
||||||
|
|
||||||
public String getDoi() {
|
|
||||||
return doi;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public void setDoi(String doi) {
|
|
||||||
this.doi = doi;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public String getRecid() {
|
|
||||||
return recid;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public void setRecid(String recid) {
|
|
||||||
this.recid = recid;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
|
@ -1,43 +0,0 @@
|
||||||
|
|
||||||
package eu.dnetlib.dhp.common.api.zenodo;
|
|
||||||
|
|
||||||
import java.io.Serializable;
|
|
||||||
|
|
||||||
public class RelatedIdentifier implements Serializable {
|
|
||||||
private String identifier;
|
|
||||||
private String relation;
|
|
||||||
private String resource_type;
|
|
||||||
private String scheme;
|
|
||||||
|
|
||||||
public String getIdentifier() {
|
|
||||||
return identifier;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public void setIdentifier(String identifier) {
|
|
||||||
this.identifier = identifier;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public String getRelation() {
|
|
||||||
return relation;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public void setRelation(String relation) {
|
|
||||||
this.relation = relation;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public String getResource_type() {
|
|
||||||
return resource_type;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public void setResource_type(String resource_type) {
|
|
||||||
this.resource_type = resource_type;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public String getScheme() {
|
|
||||||
return scheme;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public void setScheme(String scheme) {
|
|
||||||
this.scheme = scheme;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
|
@ -1,118 +0,0 @@
|
||||||
|
|
||||||
package eu.dnetlib.dhp.common.api.zenodo;
|
|
||||||
|
|
||||||
import java.io.Serializable;
|
|
||||||
import java.util.List;
|
|
||||||
|
|
||||||
public class ZenodoModel implements Serializable {
|
|
||||||
|
|
||||||
private String conceptrecid;
|
|
||||||
private String created;
|
|
||||||
|
|
||||||
private List<File> files;
|
|
||||||
private String id;
|
|
||||||
private Links links;
|
|
||||||
private Metadata metadata;
|
|
||||||
private String modified;
|
|
||||||
private String owner;
|
|
||||||
private String record_id;
|
|
||||||
private String state;
|
|
||||||
private boolean submitted;
|
|
||||||
private String title;
|
|
||||||
|
|
||||||
public String getConceptrecid() {
|
|
||||||
return conceptrecid;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public void setConceptrecid(String conceptrecid) {
|
|
||||||
this.conceptrecid = conceptrecid;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public String getCreated() {
|
|
||||||
return created;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public void setCreated(String created) {
|
|
||||||
this.created = created;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public List<File> getFiles() {
|
|
||||||
return files;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public void setFiles(List<File> files) {
|
|
||||||
this.files = files;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public String getId() {
|
|
||||||
return id;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public void setId(String id) {
|
|
||||||
this.id = id;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public Links getLinks() {
|
|
||||||
return links;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public void setLinks(Links links) {
|
|
||||||
this.links = links;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public Metadata getMetadata() {
|
|
||||||
return metadata;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public void setMetadata(Metadata metadata) {
|
|
||||||
this.metadata = metadata;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public String getModified() {
|
|
||||||
return modified;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public void setModified(String modified) {
|
|
||||||
this.modified = modified;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public String getOwner() {
|
|
||||||
return owner;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public void setOwner(String owner) {
|
|
||||||
this.owner = owner;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public String getRecord_id() {
|
|
||||||
return record_id;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public void setRecord_id(String record_id) {
|
|
||||||
this.record_id = record_id;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public String getState() {
|
|
||||||
return state;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public void setState(String state) {
|
|
||||||
this.state = state;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public boolean isSubmitted() {
|
|
||||||
return submitted;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public void setSubmitted(boolean submitted) {
|
|
||||||
this.submitted = submitted;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public String getTitle() {
|
|
||||||
return title;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public void setTitle(String title) {
|
|
||||||
this.title = title;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
|
@ -1,7 +0,0 @@
|
||||||
|
|
||||||
package eu.dnetlib.dhp.common.api.zenodo;
|
|
||||||
|
|
||||||
import java.util.ArrayList;
|
|
||||||
|
|
||||||
public class ZenodoModelList extends ArrayList<ZenodoModel> {
|
|
||||||
}
|
|
|
@ -1,72 +0,0 @@
|
||||||
|
|
||||||
package eu.dnetlib.dhp.common.rest;
|
|
||||||
|
|
||||||
import java.util.Arrays;
|
|
||||||
import java.util.stream.Collectors;
|
|
||||||
|
|
||||||
import org.apache.commons.io.IOUtils;
|
|
||||||
import org.apache.http.client.methods.CloseableHttpResponse;
|
|
||||||
import org.apache.http.client.methods.HttpGet;
|
|
||||||
import org.apache.http.client.methods.HttpPost;
|
|
||||||
import org.apache.http.client.methods.HttpUriRequest;
|
|
||||||
import org.apache.http.entity.StringEntity;
|
|
||||||
import org.apache.http.impl.client.CloseableHttpClient;
|
|
||||||
import org.apache.http.impl.client.HttpClients;
|
|
||||||
import org.slf4j.Logger;
|
|
||||||
import org.slf4j.LoggerFactory;
|
|
||||||
|
|
||||||
import com.fasterxml.jackson.databind.ObjectMapper;
|
|
||||||
|
|
||||||
public class DNetRestClient {
|
|
||||||
|
|
||||||
private static final Logger log = LoggerFactory.getLogger(DNetRestClient.class);
|
|
||||||
|
|
||||||
private static final ObjectMapper mapper = new ObjectMapper();
|
|
||||||
|
|
||||||
public static <T> T doGET(final String url, Class<T> clazz) throws Exception {
|
|
||||||
final HttpGet httpGet = new HttpGet(url);
|
|
||||||
return doHTTPRequest(httpGet, clazz);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public static String doGET(final String url) throws Exception {
|
|
||||||
final HttpGet httpGet = new HttpGet(url);
|
|
||||||
return doHTTPRequest(httpGet);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public static <V> String doPOST(final String url, V objParam) throws Exception {
|
|
||||||
final HttpPost httpPost = new HttpPost(url);
|
|
||||||
|
|
||||||
if (objParam != null) {
|
|
||||||
final StringEntity entity = new StringEntity(mapper.writeValueAsString(objParam));
|
|
||||||
httpPost.setEntity(entity);
|
|
||||||
httpPost.setHeader("Accept", "application/json");
|
|
||||||
httpPost.setHeader("Content-type", "application/json");
|
|
||||||
}
|
|
||||||
return doHTTPRequest(httpPost);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public static <T, V> T doPOST(final String url, V objParam, Class<T> clazz) throws Exception {
|
|
||||||
return mapper.readValue(doPOST(url, objParam), clazz);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
private static String doHTTPRequest(final HttpUriRequest r) throws Exception {
|
|
||||||
CloseableHttpClient client = HttpClients.createDefault();
|
|
||||||
|
|
||||||
log.info("performing HTTP request, method {} on URI {}", r.getMethod(), r.getURI().toString());
|
|
||||||
log
|
|
||||||
.info(
|
|
||||||
"request headers: {}",
|
|
||||||
Arrays
|
|
||||||
.asList(r.getAllHeaders())
|
|
||||||
.stream()
|
|
||||||
.map(h -> h.getName() + ":" + h.getValue())
|
|
||||||
.collect(Collectors.joining(",")));
|
|
||||||
|
|
||||||
CloseableHttpResponse response = client.execute(r);
|
|
||||||
return IOUtils.toString(response.getEntity().getContent());
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
private static <T> T doHTTPRequest(final HttpUriRequest r, Class<T> clazz) throws Exception {
|
|
||||||
return mapper.readValue(doHTTPRequest(r), clazz);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
|
@ -1,64 +0,0 @@
|
||||||
|
|
||||||
package eu.dnetlib.dhp.message;
|
|
||||||
|
|
||||||
import java.io.Serializable;
|
|
||||||
import java.util.HashMap;
|
|
||||||
import java.util.LinkedHashMap;
|
|
||||||
import java.util.Map;
|
|
||||||
|
|
||||||
public class Message implements Serializable {
|
|
||||||
|
|
||||||
private static final long serialVersionUID = 401753881204524893L;
|
|
||||||
|
|
||||||
public static String CURRENT_PARAM = "current";
|
|
||||||
public static String TOTAL_PARAM = "total";
|
|
||||||
|
|
||||||
private MessageType messageType;
|
|
||||||
|
|
||||||
private String workflowId;
|
|
||||||
|
|
||||||
private Map<String, String> body;
|
|
||||||
|
|
||||||
public Message() {
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public Message(final MessageType messageType, final String workflowId) {
|
|
||||||
this(messageType, workflowId, new LinkedHashMap<>());
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public Message(final MessageType messageType, final String workflowId, final Map<String, String> body) {
|
|
||||||
this.messageType = messageType;
|
|
||||||
this.workflowId = workflowId;
|
|
||||||
this.body = body;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public MessageType getMessageType() {
|
|
||||||
return messageType;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public void setMessageType(MessageType messageType) {
|
|
||||||
this.messageType = messageType;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public String getWorkflowId() {
|
|
||||||
return workflowId;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public void setWorkflowId(final String workflowId) {
|
|
||||||
this.workflowId = workflowId;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public Map<String, String> getBody() {
|
|
||||||
return body;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public void setBody(final Map<String, String> body) {
|
|
||||||
this.body = body;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
@Override
|
|
||||||
public String toString() {
|
|
||||||
return String.format("Message [type=%s, workflowId=%s, body=%s]", messageType, workflowId, body);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
}
|
|
|
@ -1,94 +0,0 @@
|
||||||
|
|
||||||
package eu.dnetlib.dhp.message;
|
|
||||||
|
|
||||||
import java.util.Map;
|
|
||||||
import java.util.concurrent.ExecutorService;
|
|
||||||
import java.util.concurrent.Executors;
|
|
||||||
|
|
||||||
import org.apache.http.client.config.RequestConfig;
|
|
||||||
import org.apache.http.client.methods.CloseableHttpResponse;
|
|
||||||
import org.apache.http.client.methods.HttpPut;
|
|
||||||
import org.apache.http.entity.ContentType;
|
|
||||||
import org.apache.http.entity.StringEntity;
|
|
||||||
import org.apache.http.impl.client.CloseableHttpClient;
|
|
||||||
import org.apache.http.impl.client.HttpClients;
|
|
||||||
import org.slf4j.Logger;
|
|
||||||
import org.slf4j.LoggerFactory;
|
|
||||||
|
|
||||||
import com.fasterxml.jackson.core.JsonProcessingException;
|
|
||||||
import com.fasterxml.jackson.databind.ObjectMapper;
|
|
||||||
|
|
||||||
public class MessageSender {
|
|
||||||
|
|
||||||
private static final Logger log = LoggerFactory.getLogger(MessageSender.class);
|
|
||||||
|
|
||||||
private static final int SOCKET_TIMEOUT_MS = 2000;
|
|
||||||
|
|
||||||
private static final int CONNECTION_REQUEST_TIMEOUT_MS = 2000;
|
|
||||||
|
|
||||||
private static final int CONNTECTION_TIMEOUT_MS = 2000;
|
|
||||||
|
|
||||||
private final ObjectMapper objectMapper = new ObjectMapper();
|
|
||||||
|
|
||||||
private final String dnetMessageEndpoint;
|
|
||||||
|
|
||||||
private final String workflowId;
|
|
||||||
|
|
||||||
private final ExecutorService executorService = Executors.newCachedThreadPool();
|
|
||||||
|
|
||||||
public MessageSender(final String dnetMessageEndpoint, final String workflowId) {
|
|
||||||
this.workflowId = workflowId;
|
|
||||||
this.dnetMessageEndpoint = dnetMessageEndpoint;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public void sendMessage(final Message message) {
|
|
||||||
executorService.submit(() -> _sendMessage(message));
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public void sendMessage(final Long current, final Long total) {
|
|
||||||
sendMessage(createOngoingMessage(current, total));
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public void sendReport(final Map<String, String> report) {
|
|
||||||
sendMessage(new Message(MessageType.REPORT, workflowId, report));
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
private Message createOngoingMessage(final Long current, final Long total) {
|
|
||||||
final Message m = new Message(MessageType.ONGOING, workflowId);
|
|
||||||
m.getBody().put(Message.CURRENT_PARAM, current.toString());
|
|
||||||
if (total != null) {
|
|
||||||
m.getBody().put(Message.TOTAL_PARAM, total.toString());
|
|
||||||
}
|
|
||||||
return m;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
private void _sendMessage(final Message message) {
|
|
||||||
try {
|
|
||||||
final String json = objectMapper.writeValueAsString(message);
|
|
||||||
|
|
||||||
final HttpPut req = new HttpPut(dnetMessageEndpoint);
|
|
||||||
req.setEntity(new StringEntity(json, ContentType.APPLICATION_JSON));
|
|
||||||
|
|
||||||
final RequestConfig requestConfig = RequestConfig
|
|
||||||
.custom()
|
|
||||||
.setConnectTimeout(CONNTECTION_TIMEOUT_MS)
|
|
||||||
.setConnectionRequestTimeout(CONNECTION_REQUEST_TIMEOUT_MS)
|
|
||||||
.setSocketTimeout(SOCKET_TIMEOUT_MS)
|
|
||||||
.build();
|
|
||||||
|
|
||||||
try (final CloseableHttpClient client = HttpClients
|
|
||||||
.custom()
|
|
||||||
.setDefaultRequestConfig(requestConfig)
|
|
||||||
.build();
|
|
||||||
final CloseableHttpResponse response = client.execute(req)) {
|
|
||||||
log.debug("Sent Message to " + dnetMessageEndpoint);
|
|
||||||
log.debug("MESSAGE:" + message);
|
|
||||||
} catch (final Throwable e) {
|
|
||||||
log.error("Error sending message to " + dnetMessageEndpoint + ", message content: " + message, e);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
} catch (final JsonProcessingException e) {
|
|
||||||
log.error("Error sending message to " + dnetMessageEndpoint + ", message content: " + message, e);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
}
|
|
|
@ -1,21 +0,0 @@
|
||||||
|
|
||||||
package eu.dnetlib.dhp.message;
|
|
||||||
|
|
||||||
import java.io.Serializable;
|
|
||||||
import java.util.Optional;
|
|
||||||
|
|
||||||
import org.apache.commons.lang3.StringUtils;
|
|
||||||
|
|
||||||
public enum MessageType implements Serializable {
|
|
||||||
|
|
||||||
ONGOING, REPORT;
|
|
||||||
|
|
||||||
public MessageType from(String value) {
|
|
||||||
return Optional
|
|
||||||
.ofNullable(value)
|
|
||||||
.map(StringUtils::upperCase)
|
|
||||||
.map(MessageType::valueOf)
|
|
||||||
.orElseThrow(() -> new IllegalArgumentException("unknown message type: " + value));
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
}
|
|
|
@ -0,0 +1,121 @@
|
||||||
|
|
||||||
|
package eu.dnetlib.dhp.model.mdstore;
|
||||||
|
|
||||||
|
import java.io.Serializable;
|
||||||
|
|
||||||
|
import eu.dnetlib.dhp.utils.DHPUtils;
|
||||||
|
|
||||||
|
/** This class models a record inside the new Metadata store collection on HDFS * */
|
||||||
|
public class MetadataRecord implements Serializable {
|
||||||
|
|
||||||
|
/** The D-Net Identifier associated to the record */
|
||||||
|
private String id;
|
||||||
|
|
||||||
|
/** The original Identifier of the record */
|
||||||
|
private String originalId;
|
||||||
|
|
||||||
|
/** The encoding of the record, should be JSON or XML */
|
||||||
|
private String encoding;
|
||||||
|
|
||||||
|
/**
|
||||||
|
* The information about the provenance of the record see @{@link Provenance} for the model of this information
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
private Provenance provenance;
|
||||||
|
|
||||||
|
/** The content of the metadata */
|
||||||
|
private String body;
|
||||||
|
|
||||||
|
/** the date when the record has been stored */
|
||||||
|
private long dateOfCollection;
|
||||||
|
|
||||||
|
/** the date when the record has been stored */
|
||||||
|
private long dateOfTransformation;
|
||||||
|
|
||||||
|
public MetadataRecord() {
|
||||||
|
this.dateOfCollection = System.currentTimeMillis();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public MetadataRecord(
|
||||||
|
String originalId,
|
||||||
|
String encoding,
|
||||||
|
Provenance provenance,
|
||||||
|
String body,
|
||||||
|
long dateOfCollection) {
|
||||||
|
|
||||||
|
this.originalId = originalId;
|
||||||
|
this.encoding = encoding;
|
||||||
|
this.provenance = provenance;
|
||||||
|
this.body = body;
|
||||||
|
this.dateOfCollection = dateOfCollection;
|
||||||
|
this.id = DHPUtils.generateIdentifier(originalId, this.provenance.getNsPrefix());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public String getId() {
|
||||||
|
return id;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setId(String id) {
|
||||||
|
this.id = id;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public String getOriginalId() {
|
||||||
|
return originalId;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setOriginalId(String originalId) {
|
||||||
|
this.originalId = originalId;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public String getEncoding() {
|
||||||
|
return encoding;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setEncoding(String encoding) {
|
||||||
|
this.encoding = encoding;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Provenance getProvenance() {
|
||||||
|
return provenance;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setProvenance(Provenance provenance) {
|
||||||
|
this.provenance = provenance;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public String getBody() {
|
||||||
|
return body;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setBody(String body) {
|
||||||
|
this.body = body;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public long getDateOfCollection() {
|
||||||
|
return dateOfCollection;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setDateOfCollection(long dateOfCollection) {
|
||||||
|
this.dateOfCollection = dateOfCollection;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public long getDateOfTransformation() {
|
||||||
|
return dateOfTransformation;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setDateOfTransformation(long dateOfTransformation) {
|
||||||
|
this.dateOfTransformation = dateOfTransformation;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
@Override
|
||||||
|
public boolean equals(Object o) {
|
||||||
|
if (!(o instanceof MetadataRecord)) {
|
||||||
|
return false;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return ((MetadataRecord) o).getId().equalsIgnoreCase(id);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
@Override
|
||||||
|
public int hashCode() {
|
||||||
|
return id.hashCode();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
|
@ -0,0 +1,52 @@
|
||||||
|
|
||||||
|
package eu.dnetlib.dhp.model.mdstore;
|
||||||
|
|
||||||
|
import java.io.Serializable;
|
||||||
|
|
||||||
|
/**
|
||||||
|
* @author Sandro La Bruzzo
|
||||||
|
* <p>
|
||||||
|
* Provenace class models the provenance of the record in the metadataStore It contains the identifier and the
|
||||||
|
* name of the datasource that gives the record
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
public class Provenance implements Serializable {
|
||||||
|
|
||||||
|
private String datasourceId;
|
||||||
|
|
||||||
|
private String datasourceName;
|
||||||
|
|
||||||
|
private String nsPrefix;
|
||||||
|
|
||||||
|
public Provenance() {
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Provenance(String datasourceId, String datasourceName, String nsPrefix) {
|
||||||
|
this.datasourceId = datasourceId;
|
||||||
|
this.datasourceName = datasourceName;
|
||||||
|
this.nsPrefix = nsPrefix;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public String getDatasourceId() {
|
||||||
|
return datasourceId;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setDatasourceId(String datasourceId) {
|
||||||
|
this.datasourceId = datasourceId;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public String getDatasourceName() {
|
||||||
|
return datasourceName;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setDatasourceName(String datasourceName) {
|
||||||
|
this.datasourceName = datasourceName;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public String getNsPrefix() {
|
||||||
|
return nsPrefix;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setNsPrefix(String nsPrefix) {
|
||||||
|
this.nsPrefix = nsPrefix;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
|
@ -1,459 +0,0 @@
|
||||||
|
|
||||||
package eu.dnetlib.dhp.schema.oaf.utils;
|
|
||||||
|
|
||||||
import java.time.LocalDate;
|
|
||||||
import java.time.ZoneId;
|
|
||||||
import java.time.format.DateTimeFormatter;
|
|
||||||
import java.time.format.DateTimeParseException;
|
|
||||||
import java.util.*;
|
|
||||||
import java.util.function.Function;
|
|
||||||
import java.util.regex.Matcher;
|
|
||||||
import java.util.regex.Pattern;
|
|
||||||
import java.util.stream.Collectors;
|
|
||||||
import java.util.stream.Stream;
|
|
||||||
|
|
||||||
import org.apache.commons.lang3.StringUtils;
|
|
||||||
import org.jetbrains.annotations.NotNull;
|
|
||||||
|
|
||||||
import com.github.sisyphsu.dateparser.DateParserUtils;
|
|
||||||
import com.google.common.collect.Lists;
|
|
||||||
import com.google.common.collect.Maps;
|
|
||||||
import com.google.common.collect.Sets;
|
|
||||||
|
|
||||||
import eu.dnetlib.dhp.schema.common.ModelConstants;
|
|
||||||
import eu.dnetlib.dhp.schema.common.ModelSupport;
|
|
||||||
import eu.dnetlib.dhp.schema.oaf.*;
|
|
||||||
|
|
||||||
public class GraphCleaningFunctions extends CleaningFunctions {
|
|
||||||
|
|
||||||
public static final String ORCID_CLEANING_REGEX = ".*([0-9]{4}).*[-–—−=].*([0-9]{4}).*[-–—−=].*([0-9]{4}).*[-–—−=].*([0-9x]{4})";
|
|
||||||
public static final int ORCID_LEN = 19;
|
|
||||||
public static final String CLEANING_REGEX = "(?:\\n|\\r|\\t)";
|
|
||||||
public static final String INVALID_AUTHOR_REGEX = ".*deactivated.*";
|
|
||||||
public static final String TITLE_FILTER_REGEX = "[.*test.*\\W\\d]";
|
|
||||||
public static final int TITLE_FILTER_RESIDUAL_LENGTH = 10;
|
|
||||||
|
|
||||||
public static <T extends Oaf> T fixVocabularyNames(T value) {
|
|
||||||
if (value instanceof Datasource) {
|
|
||||||
// nothing to clean here
|
|
||||||
} else if (value instanceof Project) {
|
|
||||||
// nothing to clean here
|
|
||||||
} else if (value instanceof Organization) {
|
|
||||||
Organization o = (Organization) value;
|
|
||||||
if (Objects.nonNull(o.getCountry())) {
|
|
||||||
fixVocabName(o.getCountry(), ModelConstants.DNET_COUNTRY_TYPE);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
} else if (value instanceof Relation) {
|
|
||||||
// nothing to clean here
|
|
||||||
} else if (value instanceof Result) {
|
|
||||||
|
|
||||||
Result r = (Result) value;
|
|
||||||
|
|
||||||
fixVocabName(r.getLanguage(), ModelConstants.DNET_LANGUAGES);
|
|
||||||
fixVocabName(r.getResourcetype(), ModelConstants.DNET_DATA_CITE_RESOURCE);
|
|
||||||
fixVocabName(r.getBestaccessright(), ModelConstants.DNET_ACCESS_MODES);
|
|
||||||
|
|
||||||
if (Objects.nonNull(r.getSubject())) {
|
|
||||||
r.getSubject().forEach(s -> fixVocabName(s.getQualifier(), ModelConstants.DNET_SUBJECT_TYPOLOGIES));
|
|
||||||
}
|
|
||||||
if (Objects.nonNull(r.getInstance())) {
|
|
||||||
for (Instance i : r.getInstance()) {
|
|
||||||
fixVocabName(i.getAccessright(), ModelConstants.DNET_ACCESS_MODES);
|
|
||||||
fixVocabName(i.getRefereed(), ModelConstants.DNET_REVIEW_LEVELS);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
if (Objects.nonNull(r.getAuthor())) {
|
|
||||||
r.getAuthor().stream().filter(Objects::nonNull).forEach(a -> {
|
|
||||||
if (Objects.nonNull(a.getPid())) {
|
|
||||||
a.getPid().stream().filter(Objects::nonNull).forEach(p -> {
|
|
||||||
fixVocabName(p.getQualifier(), ModelConstants.DNET_PID_TYPES);
|
|
||||||
});
|
|
||||||
}
|
|
||||||
});
|
|
||||||
}
|
|
||||||
if (value instanceof Publication) {
|
|
||||||
|
|
||||||
} else if (value instanceof Dataset) {
|
|
||||||
|
|
||||||
} else if (value instanceof OtherResearchProduct) {
|
|
||||||
|
|
||||||
} else if (value instanceof Software) {
|
|
||||||
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
return value;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public static <T extends Oaf> boolean filter(T value) {
|
|
||||||
if (value instanceof Datasource) {
|
|
||||||
// nothing to evaluate here
|
|
||||||
} else if (value instanceof Project) {
|
|
||||||
// nothing to evaluate here
|
|
||||||
} else if (value instanceof Organization) {
|
|
||||||
// nothing to evaluate here
|
|
||||||
} else if (value instanceof Relation) {
|
|
||||||
// nothing to clean here
|
|
||||||
} else if (value instanceof Result) {
|
|
||||||
|
|
||||||
Result r = (Result) value;
|
|
||||||
|
|
||||||
if (Objects.isNull(r.getTitle()) || r.getTitle().isEmpty()) {
|
|
||||||
return false;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
if (value instanceof Publication) {
|
|
||||||
|
|
||||||
} else if (value instanceof Dataset) {
|
|
||||||
|
|
||||||
} else if (value instanceof OtherResearchProduct) {
|
|
||||||
|
|
||||||
} else if (value instanceof Software) {
|
|
||||||
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
return true;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public static <T extends Oaf> T cleanup(T value) {
|
|
||||||
if (value instanceof Datasource) {
|
|
||||||
// nothing to clean here
|
|
||||||
} else if (value instanceof Project) {
|
|
||||||
// nothing to clean here
|
|
||||||
} else if (value instanceof Organization) {
|
|
||||||
Organization o = (Organization) value;
|
|
||||||
if (Objects.isNull(o.getCountry()) || StringUtils.isBlank(o.getCountry().getClassid())) {
|
|
||||||
o.setCountry(ModelConstants.UNKNOWN_COUNTRY);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
} else if (value instanceof Relation) {
|
|
||||||
Relation r = (Relation) value;
|
|
||||||
|
|
||||||
Optional<String> validationDate = doCleanDate(r.getValidationDate());
|
|
||||||
if (validationDate.isPresent()) {
|
|
||||||
r.setValidationDate(validationDate.get());
|
|
||||||
r.setValidated(true);
|
|
||||||
} else {
|
|
||||||
r.setValidationDate(null);
|
|
||||||
r.setValidated(false);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
} else if (value instanceof Result) {
|
|
||||||
|
|
||||||
Result r = (Result) value;
|
|
||||||
|
|
||||||
if (Objects.nonNull(r.getDateofacceptance())) {
|
|
||||||
Optional<String> date = cleanDateField(r.getDateofacceptance());
|
|
||||||
if (date.isPresent()) {
|
|
||||||
r.getDateofacceptance().setValue(date.get());
|
|
||||||
} else {
|
|
||||||
r.setDateofacceptance(null);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
if (Objects.nonNull(r.getRelevantdate())) {
|
|
||||||
r
|
|
||||||
.setRelevantdate(
|
|
||||||
r
|
|
||||||
.getRelevantdate()
|
|
||||||
.stream()
|
|
||||||
.filter(Objects::nonNull)
|
|
||||||
.filter(sp -> Objects.nonNull(sp.getQualifier()))
|
|
||||||
.filter(sp -> StringUtils.isNotBlank(sp.getQualifier().getClassid()))
|
|
||||||
.map(sp -> {
|
|
||||||
sp.setValue(GraphCleaningFunctions.cleanDate(sp.getValue()));
|
|
||||||
return sp;
|
|
||||||
})
|
|
||||||
.filter(sp -> StringUtils.isNotBlank(sp.getValue()))
|
|
||||||
.collect(Collectors.toList()));
|
|
||||||
}
|
|
||||||
if (Objects.nonNull(r.getPublisher()) && StringUtils.isBlank(r.getPublisher().getValue())) {
|
|
||||||
r.setPublisher(null);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
if (Objects.isNull(r.getLanguage()) || StringUtils.isBlank(r.getLanguage().getClassid())) {
|
|
||||||
r
|
|
||||||
.setLanguage(
|
|
||||||
qualifier("und", "Undetermined", ModelConstants.DNET_LANGUAGES));
|
|
||||||
}
|
|
||||||
if (Objects.nonNull(r.getSubject())) {
|
|
||||||
r
|
|
||||||
.setSubject(
|
|
||||||
r
|
|
||||||
.getSubject()
|
|
||||||
.stream()
|
|
||||||
.filter(Objects::nonNull)
|
|
||||||
.filter(sp -> StringUtils.isNotBlank(sp.getValue()))
|
|
||||||
.filter(sp -> Objects.nonNull(sp.getQualifier()))
|
|
||||||
.filter(sp -> StringUtils.isNotBlank(sp.getQualifier().getClassid()))
|
|
||||||
.map(GraphCleaningFunctions::cleanValue)
|
|
||||||
.collect(Collectors.toList()));
|
|
||||||
}
|
|
||||||
if (Objects.nonNull(r.getTitle())) {
|
|
||||||
r
|
|
||||||
.setTitle(
|
|
||||||
r
|
|
||||||
.getTitle()
|
|
||||||
.stream()
|
|
||||||
.filter(Objects::nonNull)
|
|
||||||
.filter(sp -> StringUtils.isNotBlank(sp.getValue()))
|
|
||||||
.filter(
|
|
||||||
sp -> sp
|
|
||||||
.getValue()
|
|
||||||
.toLowerCase()
|
|
||||||
.replaceAll(TITLE_FILTER_REGEX, "")
|
|
||||||
.length() > TITLE_FILTER_RESIDUAL_LENGTH)
|
|
||||||
.map(GraphCleaningFunctions::cleanValue)
|
|
||||||
.collect(Collectors.toList()));
|
|
||||||
}
|
|
||||||
if (Objects.nonNull(r.getDescription())) {
|
|
||||||
r
|
|
||||||
.setDescription(
|
|
||||||
r
|
|
||||||
.getDescription()
|
|
||||||
.stream()
|
|
||||||
.filter(Objects::nonNull)
|
|
||||||
.filter(sp -> StringUtils.isNotBlank(sp.getValue()))
|
|
||||||
.map(GraphCleaningFunctions::cleanValue)
|
|
||||||
.collect(Collectors.toList()));
|
|
||||||
}
|
|
||||||
if (Objects.nonNull(r.getPid())) {
|
|
||||||
r.setPid(processPidCleaning(r.getPid()));
|
|
||||||
}
|
|
||||||
if (Objects.isNull(r.getResourcetype()) || StringUtils.isBlank(r.getResourcetype().getClassid())) {
|
|
||||||
r
|
|
||||||
.setResourcetype(
|
|
||||||
qualifier(ModelConstants.UNKNOWN, "Unknown", ModelConstants.DNET_DATA_CITE_RESOURCE));
|
|
||||||
}
|
|
||||||
if (Objects.nonNull(r.getInstance())) {
|
|
||||||
|
|
||||||
for (Instance i : r.getInstance()) {
|
|
||||||
if (Objects.nonNull(i.getPid())) {
|
|
||||||
i.setPid(processPidCleaning(i.getPid()));
|
|
||||||
}
|
|
||||||
if (Objects.nonNull(i.getAlternateIdentifier())) {
|
|
||||||
i.setAlternateIdentifier(processPidCleaning(i.getAlternateIdentifier()));
|
|
||||||
}
|
|
||||||
Optional
|
|
||||||
.ofNullable(i.getPid())
|
|
||||||
.ifPresent(pid -> {
|
|
||||||
final Set<StructuredProperty> pids = Sets.newHashSet(pid);
|
|
||||||
Optional
|
|
||||||
.ofNullable(i.getAlternateIdentifier())
|
|
||||||
.ifPresent(altId -> {
|
|
||||||
final Set<StructuredProperty> altIds = Sets.newHashSet(altId);
|
|
||||||
i.setAlternateIdentifier(Lists.newArrayList(Sets.difference(altIds, pids)));
|
|
||||||
});
|
|
||||||
});
|
|
||||||
|
|
||||||
if (Objects.isNull(i.getAccessright()) || StringUtils.isBlank(i.getAccessright().getClassid())) {
|
|
||||||
i
|
|
||||||
.setAccessright(
|
|
||||||
accessRight(
|
|
||||||
ModelConstants.UNKNOWN, ModelConstants.NOT_AVAILABLE,
|
|
||||||
ModelConstants.DNET_ACCESS_MODES));
|
|
||||||
}
|
|
||||||
if (Objects.isNull(i.getHostedby()) || StringUtils.isBlank(i.getHostedby().getKey())) {
|
|
||||||
i.setHostedby(ModelConstants.UNKNOWN_REPOSITORY);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
if (Objects.isNull(i.getRefereed())) {
|
|
||||||
i.setRefereed(qualifier("0000", "Unknown", ModelConstants.DNET_REVIEW_LEVELS));
|
|
||||||
}
|
|
||||||
if (Objects.nonNull(i.getDateofacceptance())) {
|
|
||||||
Optional<String> date = cleanDateField(i.getDateofacceptance());
|
|
||||||
if (date.isPresent()) {
|
|
||||||
i.getDateofacceptance().setValue(date.get());
|
|
||||||
} else {
|
|
||||||
i.setDateofacceptance(null);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
if (Objects.isNull(r.getBestaccessright()) || StringUtils.isBlank(r.getBestaccessright().getClassid())) {
|
|
||||||
Qualifier bestaccessrights = OafMapperUtils.createBestAccessRights(r.getInstance());
|
|
||||||
if (Objects.isNull(bestaccessrights)) {
|
|
||||||
r
|
|
||||||
.setBestaccessright(
|
|
||||||
qualifier(
|
|
||||||
ModelConstants.UNKNOWN, ModelConstants.NOT_AVAILABLE,
|
|
||||||
ModelConstants.DNET_ACCESS_MODES));
|
|
||||||
} else {
|
|
||||||
r.setBestaccessright(bestaccessrights);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
if (Objects.nonNull(r.getAuthor())) {
|
|
||||||
r
|
|
||||||
.setAuthor(
|
|
||||||
r
|
|
||||||
.getAuthor()
|
|
||||||
.stream()
|
|
||||||
.filter(a -> Objects.nonNull(a))
|
|
||||||
.filter(a -> StringUtils.isNotBlank(a.getFullname()))
|
|
||||||
.filter(a -> StringUtils.isNotBlank(a.getFullname().replaceAll("[\\W]", "")))
|
|
||||||
.collect(Collectors.toList()));
|
|
||||||
|
|
||||||
boolean nullRank = r
|
|
||||||
.getAuthor()
|
|
||||||
.stream()
|
|
||||||
.anyMatch(a -> Objects.isNull(a.getRank()));
|
|
||||||
if (nullRank) {
|
|
||||||
int i = 1;
|
|
||||||
for (Author author : r.getAuthor()) {
|
|
||||||
author.setRank(i++);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
for (Author a : r.getAuthor()) {
|
|
||||||
if (Objects.isNull(a.getPid())) {
|
|
||||||
a.setPid(Lists.newArrayList());
|
|
||||||
} else {
|
|
||||||
a
|
|
||||||
.setPid(
|
|
||||||
a
|
|
||||||
.getPid()
|
|
||||||
.stream()
|
|
||||||
.filter(Objects::nonNull)
|
|
||||||
.filter(p -> Objects.nonNull(p.getQualifier()))
|
|
||||||
.filter(p -> StringUtils.isNotBlank(p.getValue()))
|
|
||||||
.map(p -> {
|
|
||||||
// hack to distinguish orcid from orcid_pending
|
|
||||||
String pidProvenance = Optional
|
|
||||||
.ofNullable(p.getDataInfo())
|
|
||||||
.map(
|
|
||||||
d -> Optional
|
|
||||||
.ofNullable(d.getProvenanceaction())
|
|
||||||
.map(Qualifier::getClassid)
|
|
||||||
.orElse(""))
|
|
||||||
.orElse("");
|
|
||||||
if (p
|
|
||||||
.getQualifier()
|
|
||||||
.getClassid()
|
|
||||||
.toLowerCase()
|
|
||||||
.contains(ModelConstants.ORCID)) {
|
|
||||||
if (pidProvenance
|
|
||||||
.equals(ModelConstants.SYSIMPORT_CROSSWALK_ENTITYREGISTRY)) {
|
|
||||||
p.getQualifier().setClassid(ModelConstants.ORCID);
|
|
||||||
} else {
|
|
||||||
p.getQualifier().setClassid(ModelConstants.ORCID_PENDING);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
final String orcid = p
|
|
||||||
.getValue()
|
|
||||||
.trim()
|
|
||||||
.toLowerCase()
|
|
||||||
.replaceAll(ORCID_CLEANING_REGEX, "$1-$2-$3-$4");
|
|
||||||
if (orcid.length() == ORCID_LEN) {
|
|
||||||
p.setValue(orcid);
|
|
||||||
} else {
|
|
||||||
p.setValue("");
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
return p;
|
|
||||||
})
|
|
||||||
.filter(p -> StringUtils.isNotBlank(p.getValue()))
|
|
||||||
.collect(
|
|
||||||
Collectors
|
|
||||||
.toMap(
|
|
||||||
p -> p.getQualifier().getClassid() + p.getValue(),
|
|
||||||
Function.identity(),
|
|
||||||
(p1, p2) -> p1,
|
|
||||||
LinkedHashMap::new))
|
|
||||||
.values()
|
|
||||||
.stream()
|
|
||||||
.collect(Collectors.toList()));
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
if (value instanceof Publication) {
|
|
||||||
|
|
||||||
} else if (value instanceof Dataset) {
|
|
||||||
|
|
||||||
} else if (value instanceof OtherResearchProduct) {
|
|
||||||
|
|
||||||
} else if (value instanceof Software) {
|
|
||||||
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
return value;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
private static Optional<String> cleanDateField(Field<String> dateofacceptance) {
|
|
||||||
return Optional
|
|
||||||
.ofNullable(dateofacceptance)
|
|
||||||
.map(Field::getValue)
|
|
||||||
.map(GraphCleaningFunctions::cleanDate)
|
|
||||||
.filter(Objects::nonNull);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
protected static Optional<String> doCleanDate(String date) {
|
|
||||||
return Optional.ofNullable(cleanDate(date));
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public static String cleanDate(final String inputDate) {
|
|
||||||
|
|
||||||
if (StringUtils.isBlank(inputDate)) {
|
|
||||||
return null;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
try {
|
|
||||||
final LocalDate date = DateParserUtils
|
|
||||||
.parseDate(inputDate.trim())
|
|
||||||
.toInstant()
|
|
||||||
.atZone(ZoneId.systemDefault())
|
|
||||||
.toLocalDate();
|
|
||||||
return DateTimeFormatter.ofPattern(ModelSupport.DATE_FORMAT).format(date);
|
|
||||||
} catch (DateTimeParseException e) {
|
|
||||||
return null;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
// HELPERS
|
|
||||||
|
|
||||||
private static boolean isValidAuthorName(Author a) {
|
|
||||||
return !Stream
|
|
||||||
.of(a.getFullname(), a.getName(), a.getSurname())
|
|
||||||
.filter(s -> s != null && !s.isEmpty())
|
|
||||||
.collect(Collectors.joining(""))
|
|
||||||
.toLowerCase()
|
|
||||||
.matches(INVALID_AUTHOR_REGEX);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
private static List<StructuredProperty> processPidCleaning(List<StructuredProperty> pids) {
|
|
||||||
return pids
|
|
||||||
.stream()
|
|
||||||
.filter(Objects::nonNull)
|
|
||||||
.filter(sp -> StringUtils.isNotBlank(StringUtils.trim(sp.getValue())))
|
|
||||||
.filter(sp -> !PID_BLACKLIST.contains(sp.getValue().trim().toLowerCase()))
|
|
||||||
.filter(sp -> Objects.nonNull(sp.getQualifier()))
|
|
||||||
.filter(sp -> StringUtils.isNotBlank(sp.getQualifier().getClassid()))
|
|
||||||
.map(CleaningFunctions::normalizePidValue)
|
|
||||||
.filter(CleaningFunctions::pidFilter)
|
|
||||||
.collect(Collectors.toList());
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
private static void fixVocabName(Qualifier q, String vocabularyName) {
|
|
||||||
if (Objects.nonNull(q) && StringUtils.isBlank(q.getSchemeid())) {
|
|
||||||
q.setSchemeid(vocabularyName);
|
|
||||||
q.setSchemename(vocabularyName);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
private static AccessRight accessRight(String classid, String classname, String scheme) {
|
|
||||||
return OafMapperUtils
|
|
||||||
.accessRight(
|
|
||||||
classid, classname, scheme, scheme);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
private static Qualifier qualifier(String classid, String classname, String scheme) {
|
|
||||||
return OafMapperUtils
|
|
||||||
.qualifier(
|
|
||||||
classid, classname, scheme, scheme);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
protected static StructuredProperty cleanValue(StructuredProperty s) {
|
|
||||||
s.setValue(s.getValue().replaceAll(CLEANING_REGEX, " "));
|
|
||||||
return s;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
protected static Field<String> cleanValue(Field<String> s) {
|
|
||||||
s.setValue(s.getValue().replaceAll(CLEANING_REGEX, " "));
|
|
||||||
return s;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
}
|
|
|
@ -1,43 +1,23 @@
|
||||||
|
|
||||||
package eu.dnetlib.dhp.utils;
|
package eu.dnetlib.dhp.utils;
|
||||||
|
|
||||||
import java.io.*;
|
import java.io.ByteArrayInputStream;
|
||||||
|
import java.io.ByteArrayOutputStream;
|
||||||
import java.nio.charset.StandardCharsets;
|
import java.nio.charset.StandardCharsets;
|
||||||
import java.security.MessageDigest;
|
import java.security.MessageDigest;
|
||||||
import java.util.List;
|
|
||||||
import java.util.Map;
|
|
||||||
import java.util.Properties;
|
|
||||||
import java.util.zip.GZIPInputStream;
|
import java.util.zip.GZIPInputStream;
|
||||||
import java.util.zip.GZIPOutputStream;
|
import java.util.zip.GZIPOutputStream;
|
||||||
|
|
||||||
import org.apache.commons.codec.binary.Base64;
|
import org.apache.commons.codec.binary.Base64;
|
||||||
import org.apache.commons.codec.binary.Base64OutputStream;
|
import org.apache.commons.codec.binary.Base64OutputStream;
|
||||||
import org.apache.commons.codec.binary.Hex;
|
import org.apache.commons.codec.binary.Hex;
|
||||||
import org.apache.commons.io.IOUtils;
|
|
||||||
import org.apache.hadoop.conf.Configuration;
|
|
||||||
import org.apache.hadoop.fs.FileSystem;
|
|
||||||
import org.apache.hadoop.fs.Path;
|
|
||||||
import org.apache.spark.sql.Dataset;
|
|
||||||
import org.apache.spark.sql.SaveMode;
|
|
||||||
import org.slf4j.Logger;
|
|
||||||
import org.slf4j.LoggerFactory;
|
|
||||||
|
|
||||||
import com.fasterxml.jackson.databind.ObjectMapper;
|
|
||||||
import com.google.common.collect.Maps;
|
|
||||||
import com.jayway.jsonpath.JsonPath;
|
import com.jayway.jsonpath.JsonPath;
|
||||||
|
|
||||||
import net.minidev.json.JSONArray;
|
import net.minidev.json.JSONArray;
|
||||||
import scala.collection.JavaConverters;
|
|
||||||
import scala.collection.Seq;
|
|
||||||
|
|
||||||
public class DHPUtils {
|
public class DHPUtils {
|
||||||
|
|
||||||
private static final Logger log = LoggerFactory.getLogger(DHPUtils.class);
|
|
||||||
|
|
||||||
public static Seq<String> toSeq(List<String> list) {
|
|
||||||
return JavaConverters.asScalaIteratorConverter(list.iterator()).asScala().toSeq();
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public static String md5(final String s) {
|
public static String md5(final String s) {
|
||||||
try {
|
try {
|
||||||
final MessageDigest md = MessageDigest.getInstance("MD5");
|
final MessageDigest md = MessageDigest.getInstance("MD5");
|
||||||
|
@ -92,72 +72,4 @@ public class DHPUtils {
|
||||||
return "";
|
return "";
|
||||||
}
|
}
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
public static final ObjectMapper MAPPER = new ObjectMapper();
|
|
||||||
|
|
||||||
public static void writeHdfsFile(final Configuration conf, final String content, final String path)
|
|
||||||
throws IOException {
|
|
||||||
|
|
||||||
log.info("writing file {}, size {}", path, content.length());
|
|
||||||
try (FileSystem fs = FileSystem.get(conf);
|
|
||||||
BufferedOutputStream os = new BufferedOutputStream(fs.create(new Path(path)))) {
|
|
||||||
os.write(content.getBytes(StandardCharsets.UTF_8));
|
|
||||||
os.flush();
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public static String readHdfsFile(Configuration conf, String path) throws IOException {
|
|
||||||
log.info("reading file {}", path);
|
|
||||||
|
|
||||||
try (FileSystem fs = FileSystem.get(conf)) {
|
|
||||||
final Path p = new Path(path);
|
|
||||||
if (!fs.exists(p)) {
|
|
||||||
throw new FileNotFoundException(path);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
return IOUtils.toString(fs.open(p));
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public static <T> T readHdfsFileAs(Configuration conf, String path, Class<T> clazz) throws IOException {
|
|
||||||
return MAPPER.readValue(readHdfsFile(conf, path), clazz);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public static <T> void saveDataset(final Dataset<T> mdstore, final String targetPath) {
|
|
||||||
log.info("saving dataset in: {}", targetPath);
|
|
||||||
mdstore
|
|
||||||
.write()
|
|
||||||
.mode(SaveMode.Overwrite)
|
|
||||||
.format("parquet")
|
|
||||||
.save(targetPath);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public static Configuration getHadoopConfiguration(String nameNode) {
|
|
||||||
// ====== Init HDFS File System Object
|
|
||||||
Configuration conf = new Configuration();
|
|
||||||
// Set FileSystem URI
|
|
||||||
conf.set("fs.defaultFS", nameNode);
|
|
||||||
// Because of Maven
|
|
||||||
conf.set("fs.hdfs.impl", org.apache.hadoop.hdfs.DistributedFileSystem.class.getName());
|
|
||||||
conf.set("fs.file.impl", org.apache.hadoop.fs.LocalFileSystem.class.getName());
|
|
||||||
|
|
||||||
System.setProperty("hadoop.home.dir", "/");
|
|
||||||
return conf;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public static void populateOOZIEEnv(final Map<String, String> report) throws IOException {
|
|
||||||
File file = new File(System.getProperty("oozie.action.output.properties"));
|
|
||||||
Properties props = new Properties();
|
|
||||||
report.forEach((k, v) -> props.setProperty(k, v));
|
|
||||||
|
|
||||||
try (OutputStream os = new FileOutputStream(file)) {
|
|
||||||
props.store(os, "");
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public static void populateOOZIEEnv(final String paramName, String value) throws IOException {
|
|
||||||
Map<String, String> report = Maps.newHashMap();
|
|
||||||
report.put(paramName, value);
|
|
||||||
|
|
||||||
populateOOZIEEnv(report);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
|
@ -1,11 +1,11 @@
|
||||||
|
|
||||||
package eu.dnetlib.dhp.utils;
|
package eu.dnetlib.dhp.utils;
|
||||||
|
|
||||||
import org.apache.cxf.endpoint.Client;
|
import java.util.Map;
|
||||||
import org.apache.cxf.frontend.ClientProxy;
|
|
||||||
|
import javax.xml.ws.BindingProvider;
|
||||||
|
|
||||||
import org.apache.cxf.jaxws.JaxWsProxyFactoryBean;
|
import org.apache.cxf.jaxws.JaxWsProxyFactoryBean;
|
||||||
import org.apache.cxf.transport.http.HTTPConduit;
|
|
||||||
import org.apache.cxf.transports.http.configuration.HTTPClientPolicy;
|
|
||||||
import org.slf4j.Logger;
|
import org.slf4j.Logger;
|
||||||
import org.slf4j.LoggerFactory;
|
import org.slf4j.LoggerFactory;
|
||||||
|
|
||||||
|
@ -15,8 +15,8 @@ public class ISLookupClientFactory {
|
||||||
|
|
||||||
private static final Logger log = LoggerFactory.getLogger(ISLookupClientFactory.class);
|
private static final Logger log = LoggerFactory.getLogger(ISLookupClientFactory.class);
|
||||||
|
|
||||||
private static final int requestTimeout = 60000 * 10;
|
private static int requestTimeout = 60000 * 10;
|
||||||
private static final int connectTimeout = 60000 * 10;
|
private static int connectTimeout = 60000 * 10;
|
||||||
|
|
||||||
public static ISLookUpService getLookUpService(final String isLookupUrl) {
|
public static ISLookUpService getLookUpService(final String isLookupUrl) {
|
||||||
return getServiceStub(ISLookUpService.class, isLookupUrl);
|
return getServiceStub(ISLookUpService.class, isLookupUrl);
|
||||||
|
@ -31,23 +31,20 @@ public class ISLookupClientFactory {
|
||||||
|
|
||||||
final T service = (T) jaxWsProxyFactory.create();
|
final T service = (T) jaxWsProxyFactory.create();
|
||||||
|
|
||||||
Client client = ClientProxy.getClient(service);
|
if (service instanceof BindingProvider) {
|
||||||
if (client != null) {
|
|
||||||
HTTPConduit conduit = (HTTPConduit) client.getConduit();
|
|
||||||
HTTPClientPolicy policy = new HTTPClientPolicy();
|
|
||||||
|
|
||||||
log
|
log
|
||||||
.info(
|
.info(
|
||||||
String
|
"setting timeouts for {} to requestTimeout: {}, connectTimeout: {}",
|
||||||
.format(
|
BindingProvider.class.getName(), requestTimeout, connectTimeout);
|
||||||
"setting connectTimeout to %s, requestTimeout to %s for service %s",
|
|
||||||
connectTimeout,
|
|
||||||
requestTimeout,
|
|
||||||
clazz.getCanonicalName()));
|
|
||||||
|
|
||||||
policy.setConnectionTimeout(connectTimeout);
|
Map<String, Object> requestContext = ((BindingProvider) service).getRequestContext();
|
||||||
policy.setReceiveTimeout(requestTimeout);
|
|
||||||
conduit.setClient(policy);
|
requestContext.put("com.sun.xml.internal.ws.request.timeout", requestTimeout);
|
||||||
|
requestContext.put("com.sun.xml.internal.ws.connect.timeout", connectTimeout);
|
||||||
|
requestContext.put("com.sun.xml.ws.request.timeout", requestTimeout);
|
||||||
|
requestContext.put("com.sun.xml.ws.connect.timeout", connectTimeout);
|
||||||
|
requestContext.put("javax.xml.ws.client.receiveTimeout", requestTimeout);
|
||||||
|
requestContext.put("javax.xml.ws.client.connectionTimeout", connectTimeout);
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
return service;
|
return service;
|
||||||
|
|
|
@ -5,8 +5,6 @@ import java.text.ParseException;
|
||||||
import java.text.SimpleDateFormat;
|
import java.text.SimpleDateFormat;
|
||||||
import java.util.Date;
|
import java.util.Date;
|
||||||
|
|
||||||
import org.apache.commons.lang3.StringUtils;
|
|
||||||
|
|
||||||
import net.sf.saxon.expr.XPathContext;
|
import net.sf.saxon.expr.XPathContext;
|
||||||
import net.sf.saxon.om.Sequence;
|
import net.sf.saxon.om.Sequence;
|
||||||
import net.sf.saxon.trans.XPathException;
|
import net.sf.saxon.trans.XPathException;
|
||||||
|
@ -21,8 +19,6 @@ public class NormalizeDate extends AbstractExtensionFunction {
|
||||||
|
|
||||||
private static final String normalizeOutFormat = "yyyy-MM-dd'T'hh:mm:ss'Z'";
|
private static final String normalizeOutFormat = "yyyy-MM-dd'T'hh:mm:ss'Z'";
|
||||||
|
|
||||||
public static final String BLANK = "";
|
|
||||||
|
|
||||||
@Override
|
@Override
|
||||||
public String getName() {
|
public String getName() {
|
||||||
return "normalizeDate";
|
return "normalizeDate";
|
||||||
|
@ -31,10 +27,10 @@ public class NormalizeDate extends AbstractExtensionFunction {
|
||||||
@Override
|
@Override
|
||||||
public Sequence doCall(XPathContext context, Sequence[] arguments) throws XPathException {
|
public Sequence doCall(XPathContext context, Sequence[] arguments) throws XPathException {
|
||||||
if (arguments == null | arguments.length == 0) {
|
if (arguments == null | arguments.length == 0) {
|
||||||
return new StringValue(BLANK);
|
return new StringValue("");
|
||||||
}
|
}
|
||||||
String s = arguments[0].head().getStringValue();
|
String s = arguments[0].head().getStringValue();
|
||||||
return new StringValue(_normalizeDate(s));
|
return new StringValue(_year(s));
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
@Override
|
@Override
|
||||||
|
@ -59,8 +55,8 @@ public class NormalizeDate extends AbstractExtensionFunction {
|
||||||
return SequenceType.SINGLE_STRING;
|
return SequenceType.SINGLE_STRING;
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
private String _normalizeDate(String s) {
|
private String _year(String s) {
|
||||||
final String date = StringUtils.isNotBlank(s) ? s.trim() : BLANK;
|
final String date = s != null ? s.trim() : "";
|
||||||
|
|
||||||
for (String format : normalizeDateFormats) {
|
for (String format : normalizeDateFormats) {
|
||||||
try {
|
try {
|
||||||
|
@ -70,6 +66,6 @@ public class NormalizeDate extends AbstractExtensionFunction {
|
||||||
} catch (ParseException e) {
|
} catch (ParseException e) {
|
||||||
}
|
}
|
||||||
}
|
}
|
||||||
return BLANK;
|
return "";
|
||||||
}
|
}
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
|
@ -0,0 +1,76 @@
|
||||||
|
|
||||||
|
package eu.dnetlib.message;
|
||||||
|
|
||||||
|
import java.io.IOException;
|
||||||
|
import java.util.Map;
|
||||||
|
|
||||||
|
import com.fasterxml.jackson.core.JsonProcessingException;
|
||||||
|
import com.fasterxml.jackson.databind.ObjectMapper;
|
||||||
|
|
||||||
|
public class Message {
|
||||||
|
|
||||||
|
private String workflowId;
|
||||||
|
|
||||||
|
private String jobName;
|
||||||
|
|
||||||
|
private MessageType type;
|
||||||
|
|
||||||
|
private Map<String, String> body;
|
||||||
|
|
||||||
|
public static Message fromJson(final String json) throws IOException {
|
||||||
|
final ObjectMapper jsonMapper = new ObjectMapper();
|
||||||
|
return jsonMapper.readValue(json, Message.class);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Message() {
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Message(String workflowId, String jobName, MessageType type, Map<String, String> body) {
|
||||||
|
this.workflowId = workflowId;
|
||||||
|
this.jobName = jobName;
|
||||||
|
this.type = type;
|
||||||
|
this.body = body;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public String getWorkflowId() {
|
||||||
|
return workflowId;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setWorkflowId(String workflowId) {
|
||||||
|
this.workflowId = workflowId;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public String getJobName() {
|
||||||
|
return jobName;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setJobName(String jobName) {
|
||||||
|
this.jobName = jobName;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public MessageType getType() {
|
||||||
|
return type;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setType(MessageType type) {
|
||||||
|
this.type = type;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Map<String, String> getBody() {
|
||||||
|
return body;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setBody(Map<String, String> body) {
|
||||||
|
this.body = body;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
@Override
|
||||||
|
public String toString() {
|
||||||
|
final ObjectMapper jsonMapper = new ObjectMapper();
|
||||||
|
try {
|
||||||
|
return jsonMapper.writeValueAsString(this);
|
||||||
|
} catch (JsonProcessingException e) {
|
||||||
|
return null;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
|
@ -0,0 +1,47 @@
|
||||||
|
|
||||||
|
package eu.dnetlib.message;
|
||||||
|
|
||||||
|
import java.io.IOException;
|
||||||
|
import java.nio.charset.StandardCharsets;
|
||||||
|
import java.util.concurrent.LinkedBlockingQueue;
|
||||||
|
|
||||||
|
import com.rabbitmq.client.AMQP;
|
||||||
|
import com.rabbitmq.client.Channel;
|
||||||
|
import com.rabbitmq.client.DefaultConsumer;
|
||||||
|
import com.rabbitmq.client.Envelope;
|
||||||
|
|
||||||
|
public class MessageConsumer extends DefaultConsumer {
|
||||||
|
|
||||||
|
final LinkedBlockingQueue<Message> queueMessages;
|
||||||
|
|
||||||
|
/**
|
||||||
|
* Constructs a new instance and records its association to the passed-in channel.
|
||||||
|
*
|
||||||
|
* @param channel the channel to which this consumer is attached
|
||||||
|
* @param queueMessages
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
public MessageConsumer(Channel channel, LinkedBlockingQueue<Message> queueMessages) {
|
||||||
|
super(channel);
|
||||||
|
this.queueMessages = queueMessages;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
@Override
|
||||||
|
public void handleDelivery(
|
||||||
|
String consumerTag, Envelope envelope, AMQP.BasicProperties properties, byte[] body)
|
||||||
|
throws IOException {
|
||||||
|
final String json = new String(body, StandardCharsets.UTF_8);
|
||||||
|
Message message = Message.fromJson(json);
|
||||||
|
try {
|
||||||
|
this.queueMessages.put(message);
|
||||||
|
System.out.println("Receiving Message " + message);
|
||||||
|
} catch (InterruptedException e) {
|
||||||
|
if (message.getType() == MessageType.REPORT)
|
||||||
|
throw new RuntimeException("Error on sending message");
|
||||||
|
else {
|
||||||
|
// TODO LOGGING EXCEPTION
|
||||||
|
}
|
||||||
|
} finally {
|
||||||
|
getChannel().basicAck(envelope.getDeliveryTag(), false);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
|
@ -0,0 +1,136 @@
|
||||||
|
|
||||||
|
package eu.dnetlib.message;
|
||||||
|
|
||||||
|
import java.io.IOException;
|
||||||
|
import java.util.HashMap;
|
||||||
|
import java.util.Map;
|
||||||
|
import java.util.concurrent.LinkedBlockingQueue;
|
||||||
|
import java.util.concurrent.TimeoutException;
|
||||||
|
|
||||||
|
import com.rabbitmq.client.Channel;
|
||||||
|
import com.rabbitmq.client.Connection;
|
||||||
|
import com.rabbitmq.client.ConnectionFactory;
|
||||||
|
|
||||||
|
public class MessageManager {
|
||||||
|
|
||||||
|
private final String messageHost;
|
||||||
|
|
||||||
|
private final String username;
|
||||||
|
|
||||||
|
private final String password;
|
||||||
|
|
||||||
|
private Connection connection;
|
||||||
|
|
||||||
|
private final Map<String, Channel> channels = new HashMap<>();
|
||||||
|
|
||||||
|
private boolean durable;
|
||||||
|
|
||||||
|
private boolean autodelete;
|
||||||
|
|
||||||
|
private final LinkedBlockingQueue<Message> queueMessages;
|
||||||
|
|
||||||
|
public MessageManager(
|
||||||
|
String messageHost,
|
||||||
|
String username,
|
||||||
|
String password,
|
||||||
|
final LinkedBlockingQueue<Message> queueMessages) {
|
||||||
|
this.queueMessages = queueMessages;
|
||||||
|
this.messageHost = messageHost;
|
||||||
|
this.username = username;
|
||||||
|
this.password = password;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public MessageManager(
|
||||||
|
String messageHost,
|
||||||
|
String username,
|
||||||
|
String password,
|
||||||
|
boolean durable,
|
||||||
|
boolean autodelete,
|
||||||
|
final LinkedBlockingQueue<Message> queueMessages) {
|
||||||
|
this.queueMessages = queueMessages;
|
||||||
|
this.messageHost = messageHost;
|
||||||
|
this.username = username;
|
||||||
|
this.password = password;
|
||||||
|
|
||||||
|
this.durable = durable;
|
||||||
|
this.autodelete = autodelete;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
private Connection createConnection() throws IOException, TimeoutException {
|
||||||
|
ConnectionFactory factory = new ConnectionFactory();
|
||||||
|
factory.setHost(this.messageHost);
|
||||||
|
factory.setUsername(this.username);
|
||||||
|
factory.setPassword(this.password);
|
||||||
|
return factory.newConnection();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
private Channel createChannel(
|
||||||
|
final Connection connection,
|
||||||
|
final String queueName,
|
||||||
|
final boolean durable,
|
||||||
|
final boolean autodelete)
|
||||||
|
throws Exception {
|
||||||
|
Map<String, Object> args = new HashMap<>();
|
||||||
|
args.put("x-message-ttl", 10000);
|
||||||
|
Channel channel = connection.createChannel();
|
||||||
|
channel.queueDeclare(queueName, durable, false, this.autodelete, args);
|
||||||
|
return channel;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
private Channel getOrCreateChannel(final String queueName, boolean durable, boolean autodelete)
|
||||||
|
throws Exception {
|
||||||
|
if (channels.containsKey(queueName)) {
|
||||||
|
return channels.get(queueName);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
if (this.connection == null) {
|
||||||
|
this.connection = createConnection();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
channels.put(queueName, createChannel(this.connection, queueName, durable, autodelete));
|
||||||
|
return channels.get(queueName);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void close() throws IOException {
|
||||||
|
channels
|
||||||
|
.values()
|
||||||
|
.forEach(
|
||||||
|
ch -> {
|
||||||
|
try {
|
||||||
|
ch.close();
|
||||||
|
} catch (Exception e) {
|
||||||
|
// TODO LOG
|
||||||
|
}
|
||||||
|
});
|
||||||
|
|
||||||
|
this.connection.close();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public boolean sendMessage(final Message message, String queueName) throws Exception {
|
||||||
|
try {
|
||||||
|
Channel channel = getOrCreateChannel(queueName, this.durable, this.autodelete);
|
||||||
|
channel.basicPublish("", queueName, null, message.toString().getBytes());
|
||||||
|
return true;
|
||||||
|
} catch (Throwable e) {
|
||||||
|
throw new RuntimeException(e);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public boolean sendMessage(
|
||||||
|
final Message message, String queueName, boolean durable_var, boolean autodelete_var)
|
||||||
|
throws Exception {
|
||||||
|
try {
|
||||||
|
Channel channel = getOrCreateChannel(queueName, durable_var, autodelete_var);
|
||||||
|
channel.basicPublish("", queueName, null, message.toString().getBytes());
|
||||||
|
return true;
|
||||||
|
} catch (Throwable e) {
|
||||||
|
throw new RuntimeException(e);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void startConsumingMessage(
|
||||||
|
final String queueName, final boolean durable, final boolean autodelete) throws Exception {
|
||||||
|
|
||||||
|
Channel channel = createChannel(createConnection(), queueName, durable, autodelete);
|
||||||
|
channel.basicConsume(queueName, false, new MessageConsumer(channel, queueMessages));
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
|
@ -0,0 +1,6 @@
|
||||||
|
|
||||||
|
package eu.dnetlib.message;
|
||||||
|
|
||||||
|
public enum MessageType {
|
||||||
|
ONGOING, REPORT
|
||||||
|
}
|
File diff suppressed because one or more lines are too long
|
@ -1,109 +0,0 @@
|
||||||
|
|
||||||
package eu.dnetlib.dhp.common.api;
|
|
||||||
|
|
||||||
import java.io.File;
|
|
||||||
import java.io.FileInputStream;
|
|
||||||
import java.io.IOException;
|
|
||||||
import java.io.InputStream;
|
|
||||||
|
|
||||||
import org.apache.commons.io.IOUtils;
|
|
||||||
import org.junit.jupiter.api.Assertions;
|
|
||||||
import org.junit.jupiter.api.Disabled;
|
|
||||||
import org.junit.jupiter.api.Test;
|
|
||||||
|
|
||||||
@Disabled
|
|
||||||
public class ZenodoAPIClientTest {
|
|
||||||
|
|
||||||
private final String URL_STRING = "https://sandbox.zenodo.org/api/deposit/depositions";
|
|
||||||
private final String ACCESS_TOKEN = "";
|
|
||||||
|
|
||||||
private final String CONCEPT_REC_ID = "657113";
|
|
||||||
|
|
||||||
private final String depositionId = "674915";
|
|
||||||
|
|
||||||
@Test
|
|
||||||
public void testUploadOldDeposition() throws IOException, MissingConceptDoiException {
|
|
||||||
ZenodoAPIClient client = new ZenodoAPIClient(URL_STRING,
|
|
||||||
ACCESS_TOKEN);
|
|
||||||
Assertions.assertEquals(200, client.uploadOpenDeposition(depositionId));
|
|
||||||
|
|
||||||
File file = new File(getClass()
|
|
||||||
.getResource("/eu/dnetlib/dhp/common/api/COVID-19.json.gz")
|
|
||||||
.getPath());
|
|
||||||
|
|
||||||
InputStream is = new FileInputStream(file);
|
|
||||||
|
|
||||||
Assertions.assertEquals(200, client.uploadIS(is, "COVID-19.json.gz", file.length()));
|
|
||||||
|
|
||||||
String metadata = IOUtils.toString(getClass().getResourceAsStream("/eu/dnetlib/dhp/common/api/metadata.json"));
|
|
||||||
|
|
||||||
Assertions.assertEquals(200, client.sendMretadata(metadata));
|
|
||||||
|
|
||||||
Assertions.assertEquals(202, client.publish());
|
|
||||||
|
|
||||||
}
|
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||||||
|
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||||||
@Test
|
|
||||||
public void testNewDeposition() throws IOException {
|
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||||||
|
|
||||||
ZenodoAPIClient client = new ZenodoAPIClient(URL_STRING,
|
|
||||||
ACCESS_TOKEN);
|
|
||||||
Assertions.assertEquals(201, client.newDeposition());
|
|
||||||
|
|
||||||
File file = new File(getClass()
|
|
||||||
.getResource("/eu/dnetlib/dhp/common/api/COVID-19.json.gz")
|
|
||||||
.getPath());
|
|
||||||
|
|
||||||
InputStream is = new FileInputStream(file);
|
|
||||||
|
|
||||||
Assertions.assertEquals(200, client.uploadIS(is, "COVID-19.json.gz", file.length()));
|
|
||||||
|
|
||||||
String metadata = IOUtils.toString(getClass().getResourceAsStream("/eu/dnetlib/dhp/common/api/metadata.json"));
|
|
||||||
|
|
||||||
Assertions.assertEquals(200, client.sendMretadata(metadata));
|
|
||||||
|
|
||||||
Assertions.assertEquals(202, client.publish());
|
|
||||||
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
@Test
|
|
||||||
public void testNewVersionNewName() throws IOException, MissingConceptDoiException {
|
|
||||||
|
|
||||||
ZenodoAPIClient client = new ZenodoAPIClient(URL_STRING,
|
|
||||||
ACCESS_TOKEN);
|
|
||||||
|
|
||||||
Assertions.assertEquals(201, client.newVersion(CONCEPT_REC_ID));
|
|
||||||
|
|
||||||
File file = new File(getClass()
|
|
||||||
.getResource("/eu/dnetlib/dhp/common/api/newVersion")
|
|
||||||
.getPath());
|
|
||||||
|
|
||||||
InputStream is = new FileInputStream(file);
|
|
||||||
|
|
||||||
Assertions.assertEquals(200, client.uploadIS(is, "newVersion_deposition", file.length()));
|
|
||||||
|
|
||||||
Assertions.assertEquals(202, client.publish());
|
|
||||||
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
@Test
|
|
||||||
public void testNewVersionOldName() throws IOException, MissingConceptDoiException {
|
|
||||||
|
|
||||||
ZenodoAPIClient client = new ZenodoAPIClient(URL_STRING,
|
|
||||||
ACCESS_TOKEN);
|
|
||||||
|
|
||||||
Assertions.assertEquals(201, client.newVersion(CONCEPT_REC_ID));
|
|
||||||
|
|
||||||
File file = new File(getClass()
|
|
||||||
.getResource("/eu/dnetlib/dhp/common/api/newVersion2")
|
|
||||||
.getPath());
|
|
||||||
|
|
||||||
InputStream is = new FileInputStream(file);
|
|
||||||
|
|
||||||
Assertions.assertEquals(200, client.uploadIS(is, "newVersion_deposition", file.length()));
|
|
||||||
|
|
||||||
Assertions.assertEquals(202, client.publish());
|
|
||||||
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
}
|
|
|
@ -0,0 +1,16 @@
|
||||||
|
|
||||||
|
package eu.dnetlib.dhp.model.mdstore;
|
||||||
|
|
||||||
|
import static org.junit.jupiter.api.Assertions.assertTrue;
|
||||||
|
|
||||||
|
import org.junit.jupiter.api.Test;
|
||||||
|
|
||||||
|
public class MetadataRecordTest {
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||||||
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@Test
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||||||
|
public void getTimestamp() {
|
||||||
|
|
||||||
|
MetadataRecord r = new MetadataRecord();
|
||||||
|
assertTrue(r.getDateOfCollection() > 0);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
|
@ -1,100 +0,0 @@
|
||||||
|
|
||||||
package eu.dnetlib.dhp.oa.merge;
|
|
||||||
|
|
||||||
import java.io.BufferedReader;
|
|
||||||
import java.io.FileReader;
|
|
||||||
import java.io.IOException;
|
|
||||||
import java.nio.file.Paths;
|
|
||||||
import java.util.ArrayList;
|
|
||||||
import java.util.List;
|
|
||||||
import java.util.stream.Collectors;
|
|
||||||
|
|
||||||
import org.junit.jupiter.api.Assertions;
|
|
||||||
import org.junit.jupiter.api.BeforeEach;
|
|
||||||
import org.junit.jupiter.api.Test;
|
|
||||||
|
|
||||||
import com.fasterxml.jackson.databind.ObjectMapper;
|
|
||||||
|
|
||||||
import eu.dnetlib.dhp.schema.oaf.Author;
|
|
||||||
import eu.dnetlib.dhp.schema.oaf.Publication;
|
|
||||||
import eu.dnetlib.dhp.schema.oaf.StructuredProperty;
|
|
||||||
import eu.dnetlib.pace.util.MapDocumentUtil;
|
|
||||||
import scala.Tuple2;
|
|
||||||
|
|
||||||
public class AuthorMergerTest {
|
|
||||||
|
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||||||
private String publicationsBasePath;
|
|
||||||
|
|
||||||
private List<List<Author>> authors;
|
|
||||||
|
|
||||||
@BeforeEach
|
|
||||||
public void setUp() throws Exception {
|
|
||||||
|
|
||||||
publicationsBasePath = Paths
|
|
||||||
.get(AuthorMergerTest.class.getResource("/eu/dnetlib/dhp/oa/merge").toURI())
|
|
||||||
.toFile()
|
|
||||||
.getAbsolutePath();
|
|
||||||
|
|
||||||
authors = readSample(publicationsBasePath + "/publications_with_authors.json", Publication.class)
|
|
||||||
.stream()
|
|
||||||
.map(p -> p._2().getAuthor())
|
|
||||||
.collect(Collectors.toList());
|
|
||||||
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
@Test
|
|
||||||
public void mergeTest() { // used in the dedup: threshold set to 0.95
|
|
||||||
|
|
||||||
for (List<Author> authors1 : authors) {
|
|
||||||
System.out.println("List " + (authors.indexOf(authors1) + 1));
|
|
||||||
for (Author author : authors1) {
|
|
||||||
System.out.println(authorToString(author));
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
List<Author> merge = AuthorMerger.merge(authors);
|
|
||||||
|
|
||||||
System.out.println("Merge ");
|
|
||||||
for (Author author : merge) {
|
|
||||||
System.out.println(authorToString(author));
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
Assertions.assertEquals(7, merge.size());
|
|
||||||
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public <T> List<Tuple2<String, T>> readSample(String path, Class<T> clazz) {
|
|
||||||
List<Tuple2<String, T>> res = new ArrayList<>();
|
|
||||||
BufferedReader reader;
|
|
||||||
try {
|
|
||||||
reader = new BufferedReader(new FileReader(path));
|
|
||||||
String line = reader.readLine();
|
|
||||||
while (line != null) {
|
|
||||||
res
|
|
||||||
.add(
|
|
||||||
new Tuple2<>(
|
|
||||||
MapDocumentUtil.getJPathString("$.id", line),
|
|
||||||
new ObjectMapper().readValue(line, clazz)));
|
|
||||||
// read next line
|
|
||||||
line = reader.readLine();
|
|
||||||
}
|
|
||||||
reader.close();
|
|
||||||
} catch (IOException e) {
|
|
||||||
e.printStackTrace();
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
return res;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
public String authorToString(Author a) {
|
|
||||||
|
|
||||||
String print = "Fullname = ";
|
|
||||||
print += a.getFullname() + " pid = [";
|
|
||||||
if (a.getPid() != null)
|
|
||||||
for (StructuredProperty sp : a.getPid()) {
|
|
||||||
print += sp.toComparableString() + " ";
|
|
||||||
}
|
|
||||||
print += "]";
|
|
||||||
return print;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
|
@ -1,180 +0,0 @@
|
||||||
|
|
||||||
package eu.dnetlib.dhp.schema.oaf.utils;
|
|
||||||
|
|
||||||
import static org.junit.jupiter.api.Assertions.*;
|
|
||||||
|
|
||||||
import java.io.IOException;
|
|
||||||
import java.time.LocalDate;
|
|
||||||
import java.time.format.DateTimeFormatter;
|
|
||||||
import java.util.HashSet;
|
|
||||||
import java.util.List;
|
|
||||||
import java.util.Locale;
|
|
||||||
import java.util.Optional;
|
|
||||||
import java.util.stream.Collectors;
|
|
||||||
|
|
||||||
import org.apache.commons.io.IOUtils;
|
|
||||||
import org.junit.jupiter.api.Test;
|
|
||||||
|
|
||||||
import com.fasterxml.jackson.databind.DeserializationFeature;
|
|
||||||
import com.fasterxml.jackson.databind.ObjectMapper;
|
|
||||||
|
|
||||||
import eu.dnetlib.dhp.schema.common.ModelConstants;
|
|
||||||
import eu.dnetlib.dhp.schema.oaf.*;
|
|
||||||
|
|
||||||
public class OafMapperUtilsTest {
|
|
||||||
|
|
||||||
private static final ObjectMapper OBJECT_MAPPER = new ObjectMapper()
|
|
||||||
.configure(DeserializationFeature.FAIL_ON_UNKNOWN_PROPERTIES, false);
|
|
||||||
|
|
||||||
@Test
|
|
||||||
public void testDateValidation() {
|
|
||||||
|
|
||||||
assertTrue(GraphCleaningFunctions.doCleanDate("2016-05-07T12:41:19.202Z ").isPresent());
|
|
||||||
assertTrue(GraphCleaningFunctions.doCleanDate("2020-09-10 11:08:52 ").isPresent());
|
|
||||||
assertTrue(GraphCleaningFunctions.doCleanDate(" 2016-04-05").isPresent());
|
|
||||||
|
|
||||||
assertEquals("2016-04-05", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("2016 Apr 05").get());
|
|
||||||
|
|
||||||
assertEquals("2009-05-08", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("May 8, 2009 5:57:51 PM").get());
|
|
||||||
assertEquals("1970-10-07", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("oct 7, 1970").get());
|
|
||||||
assertEquals("1970-10-07", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("oct 7, '70").get());
|
|
||||||
assertEquals("1970-10-07", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("oct. 7, 1970").get());
|
|
||||||
assertEquals("1970-10-07", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("oct. 7, 70").get());
|
|
||||||
assertEquals("2006-01-02", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("Mon Jan 2 15:04:05 2006").get());
|
|
||||||
assertEquals("2006-01-02", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("Mon Jan 2 15:04:05 MST 2006").get());
|
|
||||||
assertEquals("2006-01-02", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("Mon Jan 02 15:04:05 -0700 2006").get());
|
|
||||||
assertEquals("2006-01-02", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("Monday, 02-Jan-06 15:04:05 MST").get());
|
|
||||||
assertEquals("2006-01-02", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("Mon, 02 Jan 2006 15:04:05 MST").get());
|
|
||||||
assertEquals("2017-07-11", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("Tue, 11 Jul 2017 16:28:13 +0200 (CEST)").get());
|
|
||||||
assertEquals("2006-01-02", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("Mon, 02 Jan 2006 15:04:05 -0700").get());
|
|
||||||
assertEquals("2018-01-04", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("Thu, 4 Jan 2018 17:53:36 +0000").get());
|
|
||||||
assertEquals("2015-08-10", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("Mon Aug 10 15:44:11 UTC+0100 2015").get());
|
|
||||||
assertEquals(
|
|
||||||
"2015-07-03",
|
|
||||||
GraphCleaningFunctions.doCleanDate("Fri Jul 03 2015 18:04:07 GMT+0100 (GMT Daylight Time)").get());
|
|
||||||
assertEquals("2012-09-17", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("September 17, 2012 10:09am").get());
|
|
||||||
assertEquals("2012-09-17", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("September 17, 2012 at 10:09am PST-08").get());
|
|
||||||
assertEquals("2012-09-17", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("September 17, 2012, 10:10:09").get());
|
|
||||||
assertEquals("1970-10-07", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("October 7, 1970").get());
|
|
||||||
assertEquals("1970-10-07", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("October 7th, 1970").get());
|
|
||||||
assertEquals("2006-02-12", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("12 Feb 2006, 19:17").get());
|
|
||||||
assertEquals("2006-02-12", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("12 Feb 2006 19:17").get());
|
|
||||||
assertEquals("1970-10-07", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("7 oct 70").get());
|
|
||||||
assertEquals("1970-10-07", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("7 oct 1970").get());
|
|
||||||
assertEquals("2013-02-03", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("03 February 2013").get());
|
|
||||||
assertEquals("2013-07-01", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("1 July 2013").get());
|
|
||||||
assertEquals("2013-02-03", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("2013-Feb-03").get());
|
|
||||||
assertEquals("2014-03-31", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("3/31/2014").get());
|
|
||||||
assertEquals("2014-03-31", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("03/31/2014").get());
|
|
||||||
assertEquals("1971-08-21", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("08/21/71").get());
|
|
||||||
assertEquals("1971-01-08", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("8/1/71").get());
|
|
||||||
assertEquals("2014-08-04", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("4/8/2014 22:05").get());
|
|
||||||
assertEquals("2014-08-04", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("04/08/2014 22:05").get());
|
|
||||||
assertEquals("2014-08-04", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("4/8/14 22:05").get());
|
|
||||||
assertEquals("2014-02-04", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("04/2/2014 03:00:51").get());
|
|
||||||
assertEquals("1965-08-08", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("8/8/1965 12:00:00 AM").get());
|
|
||||||
assertEquals("1965-08-08", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("8/8/1965 01:00:01 PM").get());
|
|
||||||
assertEquals("1965-08-08", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("8/8/1965 01:00 PM").get());
|
|
||||||
assertEquals("1965-08-08", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("8/8/1965 1:00 PM").get());
|
|
||||||
assertEquals("1965-08-08", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("8/8/1965 12:00 AM").get());
|
|
||||||
assertEquals("2014-02-04", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("4/02/2014 03:00:51").get());
|
|
||||||
assertEquals("2012-03-19", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("03/19/2012 10:11:59").get());
|
|
||||||
assertEquals("2012-03-19", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("03/19/2012 10:11:59.3186369").get());
|
|
||||||
assertEquals("2014-03-31", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("2014/3/31").get());
|
|
||||||
assertEquals("2014-03-31", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("2014/03/31").get());
|
|
||||||
assertEquals("2014-04-08", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("2014/4/8 22:05").get());
|
|
||||||
assertEquals("2014-04-08", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("2014/04/08 22:05").get());
|
|
||||||
assertEquals("2014-04-02", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("2014/04/2 03:00:51").get());
|
|
||||||
assertEquals("2014-04-02", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("2014/4/02 03:00:51").get());
|
|
||||||
assertEquals("2012-03-19", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("2012/03/19 10:11:59").get());
|
|
||||||
assertEquals("2012-03-19", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("2012/03/19 10:11:59.3186369").get());
|
|
||||||
assertEquals("2014-04-08", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("2014年04月08日").get());
|
|
||||||
assertEquals("2006-01-02", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("2006-01-02T15:04:05+0000").get());
|
|
||||||
assertEquals("2009-08-13", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("2009-08-12T22:15:09-07:00").get());
|
|
||||||
assertEquals("2009-08-12", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("2009-08-12T22:15:09").get());
|
|
||||||
assertEquals("2009-08-12", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("2009-08-12T22:15:09Z").get());
|
|
||||||
assertEquals("2014-04-26", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("2014-04-26 17:24:37.3186369").get());
|
|
||||||
assertEquals("2012-08-03", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("2012-08-03 18:31:59.257000000").get());
|
|
||||||
assertEquals("2014-04-26", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("2014-04-26 17:24:37.123").get());
|
|
||||||
assertEquals("2013-04-01", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("2013-04-01 22:43").get());
|
|
||||||
assertEquals("2013-04-01", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("2013-04-01 22:43:22").get());
|
|
||||||
assertEquals("2014-12-16", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("2014-12-16 06:20:00 UTC").get());
|
|
||||||
assertEquals("2014-12-16", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("2014-12-16 06:20:00 GMT").get());
|
|
||||||
assertEquals("2014-04-26", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("2014-04-26 05:24:37 PM").get());
|
|
||||||
assertEquals("2014-04-26", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("2014-04-26 13:13:43 +0800").get());
|
|
||||||
assertEquals("2014-04-26", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("2014-04-26 13:13:43 +0800 +08").get());
|
|
||||||
assertEquals("2014-04-26", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("2014-04-26 13:13:44 +09:00").get());
|
|
||||||
assertEquals("2012-08-03", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("2012-08-03 18:31:59.257000000 +0000 UTC").get());
|
|
||||||
assertEquals("2015-09-30", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("2015-09-30 18:48:56.35272715 +0000 UTC").get());
|
|
||||||
assertEquals("2015-02-18", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("2015-02-18 00:12:00 +0000 GMT").get());
|
|
||||||
assertEquals("2015-02-18", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("2015-02-18 00:12:00 +0000 UTC").get());
|
|
||||||
assertEquals(
|
|
||||||
"2015-02-08", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("2015-02-08 03:02:00 +0300 MSK m=+0.000000001").get());
|
|
||||||
assertEquals(
|
|
||||||
"2015-02-08", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("2015-02-08 03:02:00.001 +0300 MSK m=+0.000000001").get());
|
|
||||||
assertEquals("2017-07-19", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("2017-07-19 03:21:51+00:00").get());
|
|
||||||
assertEquals("2014-04-26", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("2014-04-26").get());
|
|
||||||
assertEquals("2014-04-01", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("2014-04").get());
|
|
||||||
assertEquals("2014-01-01", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("2014").get());
|
|
||||||
assertEquals("2014-05-11", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("2014-05-11 08:20:13,787").get());
|
|
||||||
assertEquals("2014-03-31", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("3.31.2014").get());
|
|
||||||
assertEquals("2014-03-31", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("03.31.2014").get());
|
|
||||||
assertEquals("1971-08-21", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("08.21.71").get());
|
|
||||||
assertEquals("2014-03-01", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("2014.03").get());
|
|
||||||
assertEquals("2014-03-30", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("2014.03.30").get());
|
|
||||||
assertEquals("2014-06-01", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("20140601").get());
|
|
||||||
assertEquals("2014-07-22", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("20140722105203").get());
|
|
||||||
assertEquals("2012-03-19", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("1332151919").get());
|
|
||||||
assertEquals("2013-11-12", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("1384216367189").get());
|
|
||||||
assertEquals("2013-11-12", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("1384216367111222").get());
|
|
||||||
assertEquals("2013-11-12", GraphCleaningFunctions.doCleanDate("1384216367111222333").get());
|
|
||||||
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
@Test
|
|
||||||
public void testDate() {
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||||||
System.out.println(GraphCleaningFunctions.cleanDate("23-FEB-1998"));
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
@Test
|
|
||||||
public void testMergePubs() throws IOException {
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||||||
Publication p1 = read("publication_1.json", Publication.class);
|
|
||||||
Publication p2 = read("publication_2.json", Publication.class);
|
|
||||||
Dataset d1 = read("dataset_1.json", Dataset.class);
|
|
||||||
Dataset d2 = read("dataset_2.json", Dataset.class);
|
|
||||||
|
|
||||||
assertEquals(p1.getCollectedfrom().size(), 1);
|
|
||||||
assertEquals(p1.getCollectedfrom().get(0).getKey(), ModelConstants.CROSSREF_ID);
|
|
||||||
assertEquals(d2.getCollectedfrom().size(), 1);
|
|
||||||
assertFalse(cfId(d2.getCollectedfrom()).contains(ModelConstants.CROSSREF_ID));
|
|
||||||
|
|
||||||
assertTrue(
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|
||||||
OafMapperUtils
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|
||||||
.mergeResults(p1, d2)
|
|
||||||
.getResulttype()
|
|
||||||
.getClassid()
|
|
||||||
.equals(ModelConstants.PUBLICATION_RESULTTYPE_CLASSID));
|
|
||||||
|
|
||||||
assertEquals(p2.getCollectedfrom().size(), 1);
|
|
||||||
assertFalse(cfId(p2.getCollectedfrom()).contains(ModelConstants.CROSSREF_ID));
|
|
||||||
assertEquals(d1.getCollectedfrom().size(), 1);
|
|
||||||
assertTrue(cfId(d1.getCollectedfrom()).contains(ModelConstants.CROSSREF_ID));
|
|
||||||
|
|
||||||
assertTrue(
|
|
||||||
OafMapperUtils
|
|
||||||
.mergeResults(p2, d1)
|
|
||||||
.getResulttype()
|
|
||||||
.getClassid()
|
|
||||||
.equals(ModelConstants.DATASET_RESULTTYPE_CLASSID));
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
protected HashSet<String> cfId(List<KeyValue> collectedfrom) {
|
|
||||||
return collectedfrom.stream().map(c -> c.getKey()).collect(Collectors.toCollection(HashSet::new));
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
protected <T extends Result> T read(String filename, Class<T> clazz) throws IOException {
|
|
||||||
final String json = IOUtils.toString(getClass().getResourceAsStream(filename));
|
|
||||||
return OBJECT_MAPPER.readValue(json, clazz);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
}
|
|
|
@ -0,0 +1,51 @@
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||||||
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||||||
|
package eu.dnetlib.message;
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||||||
|
|
||||||
|
import static org.junit.jupiter.api.Assertions.*;
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||||||
|
|
||||||
|
import java.io.IOException;
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||||||
|
import java.util.HashMap;
|
||||||
|
import java.util.Map;
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||||||
|
|
||||||
|
import org.junit.jupiter.api.Test;
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||||||
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|
||||||
|
public class MessageTest {
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@Test
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public void fromJsonTest() throws IOException {
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Message m = new Message();
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m.setWorkflowId("wId");
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||||||
|
m.setType(MessageType.ONGOING);
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||||||
|
m.setJobName("Collection");
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||||||
|
Map<String, String> body = new HashMap<>();
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||||||
|
body.put("parsedItem", "300");
|
||||||
|
body.put("ExecutionTime", "30s");
|
||||||
|
|
||||||
|
m.setBody(body);
|
||||||
|
System.out.println("m = " + m);
|
||||||
|
Message m1 = Message.fromJson(m.toString());
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||||||
|
assertEquals(m1.getWorkflowId(), m.getWorkflowId());
|
||||||
|
assertEquals(m1.getType(), m.getType());
|
||||||
|
assertEquals(m1.getJobName(), m.getJobName());
|
||||||
|
|
||||||
|
assertNotNull(m1.getBody());
|
||||||
|
m1.getBody().keySet().forEach(it -> assertEquals(m1.getBody().get(it), m.getBody().get(it)));
|
||||||
|
assertEquals(m1.getJobName(), m.getJobName());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
@Test
|
||||||
|
public void toStringTest() {
|
||||||
|
final String expectedJson = "{\"workflowId\":\"wId\",\"jobName\":\"Collection\",\"type\":\"ONGOING\",\"body\":{\"ExecutionTime\":\"30s\",\"parsedItem\":\"300\"}}";
|
||||||
|
Message m = new Message();
|
||||||
|
m.setWorkflowId("wId");
|
||||||
|
m.setType(MessageType.ONGOING);
|
||||||
|
m.setJobName("Collection");
|
||||||
|
Map<String, String> body = new HashMap<>();
|
||||||
|
body.put("parsedItem", "300");
|
||||||
|
body.put("ExecutionTime", "30s");
|
||||||
|
|
||||||
|
m.setBody(body);
|
||||||
|
|
||||||
|
assertEquals(expectedJson, m.toString());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
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|
@ -1 +0,0 @@
|
||||||
{"metadata":{"access_right":"open","communities":[{"identifier":"openaire-research-graph"}],"creators":[{"affiliation":"ISTI - CNR","name":"Bardi, Alessia","orcid":"0000-0002-1112-1292"},{"affiliation":"eifl", "name":"Kuchma, Iryna"},{"affiliation":"BIH", "name":"Brobov, Evgeny"},{"affiliation":"GIDIF RBM", "name":"Truccolo, Ivana"},{"affiliation":"unesp", "name":"Monteiro, Elizabete"},{"affiliation":"und", "name":"Casalegno, Carlotta"},{"affiliation":"CARL ABRC", "name":"Clary, Erin"},{"affiliation":"The University of Edimburgh", "name":"Romanowski, Andrew"},{"affiliation":"ISTI - CNR", "name":"Pavone, Gina"},{"affiliation":"ISTI - CNR", "name":"Artini, Michele"},{"affiliation":"ISTI - CNR","name":"Atzori, Claudio","orcid":"0000-0001-9613-6639"},{"affiliation":"University of Bielefeld","name":"Bäcker, Amelie","orcid":"0000-0001-6015-2063"},{"affiliation":"ISTI - CNR","name":"Baglioni, Miriam","orcid":"0000-0002-2273-9004"},{"affiliation":"University of Bielefeld","name":"Czerniak, Andreas","orcid":"0000-0003-3883-4169"},{"affiliation":"ISTI - CNR","name":"De Bonis, Michele"},{"affiliation":"Athena Research and Innovation Centre","name":"Dimitropoulos, Harry"},{"affiliation":"Athena Research and Innovation Centre","name":"Foufoulas, Ioannis"},{"affiliation":"University of Warsaw","name":"Horst, Marek"},{"affiliation":"Athena Research and Innovation Centre","name":"Iatropoulou, Katerina"},{"affiliation":"University of Warsaw","name":"Jacewicz, Przemyslaw"},{"affiliation":"Athena Research and Innovation Centre","name":"Kokogiannaki, Argiro", "orcid":"0000-0002-3880-0244"},{"affiliation":"ISTI - CNR","name":"La Bruzzo, Sandro","orcid":"0000-0003-2855-1245"},{"affiliation":"ISTI - CNR","name":"Lazzeri, Emma"},{"affiliation":"University of Bielefeld","name":"Löhden, Aenne"},{"affiliation":"ISTI - CNR","name":"Manghi, Paolo","orcid":"0000-0001-7291-3210"},{"affiliation":"ISTI - CNR","name":"Mannocci, Andrea","orcid":"0000-0002-5193-7851"},{"affiliation":"Athena Research and Innovation Center","name":"Manola, Natalia"},{"affiliation":"ISTI - CNR","name":"Ottonello, Enrico"},{"affiliation":"University of Bielefeld","name":"Shirrwagen, Jochen"}],"description":"\\u003cp\\u003eThis dump provides access to the metadata records of publications, research data, software and projects that may be relevant to the Corona Virus Disease (COVID-19) fight. The dump contains records of the OpenAIRE COVID-19 Gateway (https://covid-19.openaire.eu/), identified via full-text mining and inference techniques applied to the OpenAIRE Research Graph (https://explore.openaire.eu/). The Graph is one of the largest Open Access collections of metadata records and links between publications, datasets, software, projects, funders, and organizations, aggregating 12,000+ scientific data sources world-wide, among which the Covid-19 data sources Zenodo COVID-19 Community, WHO (World Health Organization), BIP! FInder for COVID-19, Protein Data Bank, Dimensions, scienceOpen, and RSNA. \\u003cp\\u003eThe dump consists of a gzip file containing one json per line. Each json is compliant to the schema available at https://doi.org/10.5281/zenodo.3974226\\u003c/p\\u003e ","title":"OpenAIRE Covid-19 publications, datasets, software and projects metadata.","upload_type":"dataset","version":"1.0"}}
|
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@ -1 +0,0 @@
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||||||
This is a test for a new deposition
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@ -1 +0,0 @@
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||||||
This is a test for a new version of an old deposition
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@ -1,2 +0,0 @@
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||||||
This is a test for a new version of an old deposition. This should replace the other new version. I expect to have only two
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||||||
files in the deposition
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File diff suppressed because one or more lines are too long
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@ -1 +0,0 @@
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{"id":"50|DansKnawCris::0829b5191605bdbea36d6502b8c1ce1g", "resuttype" : { "classid" : "dataset" }, "pid":[{"qualifier":{"classid":"doi"},"value":"10.1016/j.cmet.2011.03.013"},{"qualifier":{"classid":"urn"},"value":"urn:nbn:nl:ui:29-f3ed5f9e-edf6-457e-8848-61b58a4075e2"},{"qualifier":{"classid":"scp-number"},"value":"79953761260"},{"qualifier":{"classid":"pmc"},"value":"21459329"}], "collectedfrom" : [ { "key" : "10|openaire____::081b82f96300b6a6e3d282bad31cb6e2", "value" : "Crossref"} ]}
|
|
|
@ -1 +0,0 @@
|
||||||
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|
|
|
@ -1 +0,0 @@
|
||||||
{"id":"50|DansKnawCris::0829b5191605bdbea36d6502b8c1ce1f", "resuttype" : { "classid" : "publication" }, "pid":[{"qualifier":{"classid":"doi"},"value":"10.1016/j.cmet.2011.03.013"},{"qualifier":{"classid":"urn"},"value":"urn:nbn:nl:ui:29-f3ed5f9e-edf6-457e-8848-61b58a4075e2"},{"qualifier":{"classid":"scp-number"},"value":"79953761260"},{"qualifier":{"classid":"pmc"},"value":"21459329"}], "collectedfrom" : [ { "key" : "10|openaire____::081b82f96300b6a6e3d282bad31cb6e2", "value" : "Crossref"} ]}
|
|
|
@ -1 +0,0 @@
|
||||||
{"id":"50|DansKnawCris::0829b5191605bdbea36d6502b8c1ce1f", "resuttype" : { "classid" : "publication" }, "pid":[{"qualifier":{"classid":"doi"},"value":"10.1016/j.cmet.2011.03.013"},{"qualifier":{"classid":"urn"},"value":"urn:nbn:nl:ui:29-f3ed5f9e-edf6-457e-8848-61b58a4075e2"},{"qualifier":{"classid":"scp-number"},"value":"79953761260"},{"qualifier":{"classid":"pmc"},"value":"21459329"}], "collectedfrom" : [ { "key" : "10|openaire____::081b82f96300b6a6e3d282bad31cb6e3", "value" : "Repository A"} ]}
|
|
File diff suppressed because it is too large
Load Diff
File diff suppressed because it is too large
Load Diff
|
@ -0,0 +1,11 @@
|
||||||
|
Description of the project
|
||||||
|
--------------------------
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||||||
|
This project defines **object schemas** of the OpenAIRE main entities and the relationships that intercur among them.
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||||||
|
Namely it defines the model for
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||||||
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|
||||||
|
- **research product (result)** which subclasses in publication, dataset, other research product, software
|
||||||
|
- **data source** object describing the data provider (institutional repository, aggregators, cris systems)
|
||||||
|
- **organization** research bodies managing a data source or participating to a research project
|
||||||
|
- **project** research project
|
||||||
|
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||||||
|
Te serialization of such objects (data store files) are used to pass data between workflow nodes in the processing pipeline.
|
|
@ -0,0 +1,73 @@
|
||||||
|
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
|
||||||
|
<project xmlns="http://maven.apache.org/POM/4.0.0" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xsi:schemaLocation="http://maven.apache.org/POM/4.0.0 http://maven.apache.org/xsd/maven-4.0.0.xsd">
|
||||||
|
<modelVersion>4.0.0</modelVersion>
|
||||||
|
|
||||||
|
<parent>
|
||||||
|
<groupId>eu.dnetlib.dhp</groupId>
|
||||||
|
<artifactId>dhp</artifactId>
|
||||||
|
<version>1.2.4-SNAPSHOT</version>
|
||||||
|
<relativePath>../</relativePath>
|
||||||
|
</parent>
|
||||||
|
|
||||||
|
<artifactId>dhp-schemas</artifactId>
|
||||||
|
<packaging>jar</packaging>
|
||||||
|
|
||||||
|
<description>This module contains common schema classes meant to be used across the dnet-hadoop submodules</description>
|
||||||
|
|
||||||
|
<build>
|
||||||
|
<plugins>
|
||||||
|
<plugin>
|
||||||
|
<groupId>net.alchim31.maven</groupId>
|
||||||
|
<artifactId>scala-maven-plugin</artifactId>
|
||||||
|
<version>4.0.1</version>
|
||||||
|
<executions>
|
||||||
|
<execution>
|
||||||
|
<id>scala-compile-first</id>
|
||||||
|
<phase>initialize</phase>
|
||||||
|
<goals>
|
||||||
|
<goal>add-source</goal>
|
||||||
|
<goal>compile</goal>
|
||||||
|
</goals>
|
||||||
|
</execution>
|
||||||
|
<execution>
|
||||||
|
<id>scala-test-compile</id>
|
||||||
|
<phase>process-test-resources</phase>
|
||||||
|
<goals>
|
||||||
|
<goal>testCompile</goal>
|
||||||
|
</goals>
|
||||||
|
</execution>
|
||||||
|
</executions>
|
||||||
|
<configuration>
|
||||||
|
<scalaVersion>${scala.version}</scalaVersion>
|
||||||
|
</configuration>
|
||||||
|
</plugin>
|
||||||
|
|
||||||
|
</plugins>
|
||||||
|
</build>
|
||||||
|
|
||||||
|
<dependencies>
|
||||||
|
|
||||||
|
<dependency>
|
||||||
|
<groupId>commons-io</groupId>
|
||||||
|
<artifactId>commons-io</artifactId>
|
||||||
|
</dependency>
|
||||||
|
|
||||||
|
<dependency>
|
||||||
|
<groupId>org.apache.commons</groupId>
|
||||||
|
<artifactId>commons-lang3</artifactId>
|
||||||
|
</dependency>
|
||||||
|
|
||||||
|
<dependency>
|
||||||
|
<groupId>com.fasterxml.jackson.core</groupId>
|
||||||
|
<artifactId>jackson-databind</artifactId>
|
||||||
|
</dependency>
|
||||||
|
|
||||||
|
<dependency>
|
||||||
|
<groupId>com.google.guava</groupId>
|
||||||
|
<artifactId>guava</artifactId>
|
||||||
|
</dependency>
|
||||||
|
|
||||||
|
</dependencies>
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
</project>
|
|
@ -0,0 +1,40 @@
|
||||||
|
|
||||||
|
package eu.dnetlib.dhp.schema.action;
|
||||||
|
|
||||||
|
import java.io.Serializable;
|
||||||
|
|
||||||
|
import com.fasterxml.jackson.databind.annotation.JsonDeserialize;
|
||||||
|
|
||||||
|
import eu.dnetlib.dhp.schema.oaf.Oaf;
|
||||||
|
|
||||||
|
@JsonDeserialize(using = AtomicActionDeserializer.class)
|
||||||
|
public class AtomicAction<T extends Oaf> implements Serializable {
|
||||||
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||||||
|
private Class<T> clazz;
|
||||||
|
|
||||||
|
private T payload;
|
||||||
|
|
||||||
|
public AtomicAction() {
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public AtomicAction(Class<T> clazz, T payload) {
|
||||||
|
this.clazz = clazz;
|
||||||
|
this.payload = payload;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Class<T> getClazz() {
|
||||||
|
return clazz;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setClazz(Class<T> clazz) {
|
||||||
|
this.clazz = clazz;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public T getPayload() {
|
||||||
|
return payload;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setPayload(T payload) {
|
||||||
|
this.payload = payload;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
|
@ -0,0 +1,32 @@
|
||||||
|
|
||||||
|
package eu.dnetlib.dhp.schema.action;
|
||||||
|
|
||||||
|
import java.io.IOException;
|
||||||
|
|
||||||
|
import com.fasterxml.jackson.core.JsonParser;
|
||||||
|
import com.fasterxml.jackson.core.JsonProcessingException;
|
||||||
|
import com.fasterxml.jackson.databind.DeserializationContext;
|
||||||
|
import com.fasterxml.jackson.databind.JsonDeserializer;
|
||||||
|
import com.fasterxml.jackson.databind.JsonNode;
|
||||||
|
import com.fasterxml.jackson.databind.ObjectMapper;
|
||||||
|
|
||||||
|
import eu.dnetlib.dhp.schema.oaf.Oaf;
|
||||||
|
|
||||||
|
public class AtomicActionDeserializer extends JsonDeserializer {
|
||||||
|
|
||||||
|
@Override
|
||||||
|
public Object deserialize(JsonParser jp, DeserializationContext ctxt)
|
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throws IOException {
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JsonNode node = jp.getCodec().readTree(jp);
|
||||||
|
String classTag = node.get("clazz").asText();
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JsonNode payload = node.get("payload");
|
||||||
|
ObjectMapper mapper = new ObjectMapper();
|
||||||
|
|
||||||
|
try {
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||||||
|
final Class<?> clazz = Class.forName(classTag);
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||||||
|
return new AtomicAction(clazz, (Oaf) mapper.readValue(payload.toString(), clazz));
|
||||||
|
} catch (ClassNotFoundException e) {
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||||||
|
throw new IOException(e);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
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@ -0,0 +1,21 @@
|
||||||
|
|
||||||
|
package eu.dnetlib.dhp.schema.common;
|
||||||
|
|
||||||
|
import eu.dnetlib.dhp.schema.oaf.OafEntity;
|
||||||
|
|
||||||
|
/** Actual entity types in the Graph */
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||||||
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public enum EntityType {
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||||||
|
publication, dataset, otherresearchproduct, software, datasource, organization, project;
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||||||
|
|
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|
/**
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|
* Resolves the EntityType, given the relative class name
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||||||
|
*
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|
* @param clazz the given class name
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||||||
|
* @param <T> actual OafEntity subclass
|
||||||
|
* @return the EntityType associated to the given class
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||||||
|
*/
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||||||
|
public static <T extends OafEntity> EntityType fromClass(Class<T> clazz) {
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||||||
|
|
||||||
|
return EntityType.valueOf(clazz.getSimpleName().toLowerCase());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
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@ -0,0 +1,69 @@
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||||||
|
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|
package eu.dnetlib.dhp.schema.common;
|
||||||
|
|
||||||
|
import java.util.Comparator;
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|
|
||||||
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import eu.dnetlib.dhp.schema.oaf.Qualifier;
|
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|
public class LicenseComparator implements Comparator<Qualifier> {
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|
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||||||
|
@Override
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public int compare(Qualifier left, Qualifier right) {
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||||||
|
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||||||
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if (left == null && right == null)
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||||||
|
return 0;
|
||||||
|
if (left == null)
|
||||||
|
return 1;
|
||||||
|
if (right == null)
|
||||||
|
return -1;
|
||||||
|
|
||||||
|
String lClass = left.getClassid();
|
||||||
|
String rClass = right.getClassid();
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||||||
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if (lClass.equals(rClass))
|
||||||
|
return 0;
|
||||||
|
|
||||||
|
if (lClass.equals("OPEN SOURCE"))
|
||||||
|
return -1;
|
||||||
|
if (rClass.equals("OPEN SOURCE"))
|
||||||
|
return 1;
|
||||||
|
|
||||||
|
if (lClass.equals("OPEN"))
|
||||||
|
return -1;
|
||||||
|
if (rClass.equals("OPEN"))
|
||||||
|
return 1;
|
||||||
|
|
||||||
|
if (lClass.equals("6MONTHS"))
|
||||||
|
return -1;
|
||||||
|
if (rClass.equals("6MONTHS"))
|
||||||
|
return 1;
|
||||||
|
|
||||||
|
if (lClass.equals("12MONTHS"))
|
||||||
|
return -1;
|
||||||
|
if (rClass.equals("12MONTHS"))
|
||||||
|
return 1;
|
||||||
|
|
||||||
|
if (lClass.equals("EMBARGO"))
|
||||||
|
return -1;
|
||||||
|
if (rClass.equals("EMBARGO"))
|
||||||
|
return 1;
|
||||||
|
|
||||||
|
if (lClass.equals("RESTRICTED"))
|
||||||
|
return -1;
|
||||||
|
if (rClass.equals("RESTRICTED"))
|
||||||
|
return 1;
|
||||||
|
|
||||||
|
if (lClass.equals("CLOSED"))
|
||||||
|
return -1;
|
||||||
|
if (rClass.equals("CLOSED"))
|
||||||
|
return 1;
|
||||||
|
|
||||||
|
if (lClass.equals("UNKNOWN"))
|
||||||
|
return -1;
|
||||||
|
if (rClass.equals("UNKNOWN"))
|
||||||
|
return 1;
|
||||||
|
|
||||||
|
// Else (but unlikely), lexicographical ordering will do.
|
||||||
|
return lClass.compareTo(rClass);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
|
@ -0,0 +1,7 @@
|
||||||
|
|
||||||
|
package eu.dnetlib.dhp.schema.common;
|
||||||
|
|
||||||
|
/** Main entity types in the Graph */
|
||||||
|
public enum MainEntityType {
|
||||||
|
result, datasource, organization, project
|
||||||
|
}
|
|
@ -0,0 +1,124 @@
|
||||||
|
|
||||||
|
package eu.dnetlib.dhp.schema.common;
|
||||||
|
|
||||||
|
import eu.dnetlib.dhp.schema.oaf.DataInfo;
|
||||||
|
import eu.dnetlib.dhp.schema.oaf.KeyValue;
|
||||||
|
import eu.dnetlib.dhp.schema.oaf.Qualifier;
|
||||||
|
|
||||||
|
public class ModelConstants {
|
||||||
|
|
||||||
|
public static final String DNET_SUBJECT_TYPOLOGIES = "dnet:subject_classification_typologies";
|
||||||
|
public static final String DNET_RESULT_TYPOLOGIES = "dnet:result_typologies";
|
||||||
|
public static final String DNET_PUBLICATION_RESOURCE = "dnet:publication_resource";
|
||||||
|
public static final String DNET_ACCESS_MODES = "dnet:access_modes";
|
||||||
|
public static final String DNET_LANGUAGES = "dnet:languages";
|
||||||
|
public static final String DNET_PID_TYPES = "dnet:pid_types";
|
||||||
|
public static final String DNET_DATA_CITE_DATE = "dnet:dataCite_date";
|
||||||
|
public static final String DNET_DATA_CITE_RESOURCE = "dnet:dataCite_resource";
|
||||||
|
public static final String DNET_PROVENANCE_ACTIONS = "dnet:provenanceActions";
|
||||||
|
public static final String DNET_COUNTRY_TYPE = "dnet:countries";
|
||||||
|
public static final String DNET_REVIEW_LEVELS = "dnet:review_levels";
|
||||||
|
|
||||||
|
public static final String SYSIMPORT_CROSSWALK_REPOSITORY = "sysimport:crosswalk:repository";
|
||||||
|
public static final String SYSIMPORT_CROSSWALK_ENTITYREGISTRY = "sysimport:crosswalk:entityregistry";
|
||||||
|
public static final String USER_CLAIM = "user:claim";
|
||||||
|
|
||||||
|
public static final String DATASET_RESULTTYPE_CLASSID = "dataset";
|
||||||
|
public static final String PUBLICATION_RESULTTYPE_CLASSID = "publication";
|
||||||
|
public static final String SOFTWARE_RESULTTYPE_CLASSID = "software";
|
||||||
|
public static final String ORP_RESULTTYPE_CLASSID = "other";
|
||||||
|
|
||||||
|
public static final String RESULT_RESULT = "resultResult";
|
||||||
|
/**
|
||||||
|
* @deprecated Use {@link ModelConstants#RELATIONSHIP} instead.
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
@Deprecated
|
||||||
|
public static final String PUBLICATION_DATASET = "publicationDataset";
|
||||||
|
public static final String IS_RELATED_TO = "isRelatedTo";
|
||||||
|
public static final String SUPPLEMENT = "supplement";
|
||||||
|
public static final String IS_SUPPLEMENT_TO = "isSupplementTo";
|
||||||
|
public static final String IS_SUPPLEMENTED_BY = "isSupplementedBy";
|
||||||
|
public static final String PART = "part";
|
||||||
|
public static final String IS_PART_OF = "IsPartOf";
|
||||||
|
public static final String HAS_PARTS = "HasParts";
|
||||||
|
public static final String RELATIONSHIP = "relationship";
|
||||||
|
public static final String CITATION = "citation";
|
||||||
|
public static final String CITES = "cites";
|
||||||
|
public static final String IS_CITED_BY = "IsCitedBy";
|
||||||
|
public static final String REVIEW = "review";
|
||||||
|
public static final String REVIEWS = "reviews";
|
||||||
|
public static final String IS_REVIEWED_BY = "IsReviewedBy";
|
||||||
|
|
||||||
|
public static final String RESULT_PROJECT = "resultProject";
|
||||||
|
public static final String OUTCOME = "outcome";
|
||||||
|
public static final String IS_PRODUCED_BY = "isProducedBy";
|
||||||
|
public static final String PRODUCES = "produces";
|
||||||
|
|
||||||
|
public static final String DATASOURCE_ORGANIZATION = "datasourceOrganization";
|
||||||
|
public static final String PROVISION = "provision";
|
||||||
|
public static final String IS_PROVIDED_BY = "isProvidedBy";
|
||||||
|
public static final String PROVIDES = "provides";
|
||||||
|
|
||||||
|
public static final String PROJECT_ORGANIZATION = "projectOrganization";
|
||||||
|
public static final String PARTICIPATION = "participation";
|
||||||
|
public static final String HAS_PARTICIPANT = "hasParticipant";
|
||||||
|
public static final String IS_PARTICIPANT = "isParticipant";
|
||||||
|
|
||||||
|
public static final String RESULT_ORGANIZATION = "resultOrganization";
|
||||||
|
public static final String AFFILIATION = "affiliation";
|
||||||
|
public static final String IS_AUTHOR_INSTITUTION_OF = "isAuthorInstitutionOf";
|
||||||
|
public static final String HAS_AUTHOR_INSTITUTION = "hasAuthorInstitution";
|
||||||
|
|
||||||
|
public static final String MERGES = "merges";
|
||||||
|
|
||||||
|
public static final String UNKNOWN = "UNKNOWN";
|
||||||
|
public static final String NOT_AVAILABLE = "not available";
|
||||||
|
|
||||||
|
public static final Qualifier PUBLICATION_DEFAULT_RESULTTYPE = qualifier(
|
||||||
|
PUBLICATION_RESULTTYPE_CLASSID, PUBLICATION_RESULTTYPE_CLASSID,
|
||||||
|
DNET_RESULT_TYPOLOGIES, DNET_RESULT_TYPOLOGIES);
|
||||||
|
|
||||||
|
public static final Qualifier DATASET_DEFAULT_RESULTTYPE = qualifier(
|
||||||
|
DATASET_RESULTTYPE_CLASSID, DATASET_RESULTTYPE_CLASSID,
|
||||||
|
DNET_RESULT_TYPOLOGIES, DNET_RESULT_TYPOLOGIES);
|
||||||
|
|
||||||
|
public static final Qualifier SOFTWARE_DEFAULT_RESULTTYPE = qualifier(
|
||||||
|
SOFTWARE_RESULTTYPE_CLASSID, SOFTWARE_RESULTTYPE_CLASSID,
|
||||||
|
DNET_RESULT_TYPOLOGIES, DNET_RESULT_TYPOLOGIES);
|
||||||
|
|
||||||
|
public static final Qualifier ORP_DEFAULT_RESULTTYPE = qualifier(
|
||||||
|
ORP_RESULTTYPE_CLASSID, ORP_RESULTTYPE_CLASSID,
|
||||||
|
DNET_RESULT_TYPOLOGIES, DNET_RESULT_TYPOLOGIES);
|
||||||
|
|
||||||
|
public static final Qualifier REPOSITORY_PROVENANCE_ACTIONS = qualifier(
|
||||||
|
SYSIMPORT_CROSSWALK_REPOSITORY, SYSIMPORT_CROSSWALK_REPOSITORY,
|
||||||
|
DNET_PROVENANCE_ACTIONS, DNET_PROVENANCE_ACTIONS);
|
||||||
|
|
||||||
|
public static final Qualifier ENTITYREGISTRY_PROVENANCE_ACTION = qualifier(
|
||||||
|
SYSIMPORT_CROSSWALK_ENTITYREGISTRY, SYSIMPORT_CROSSWALK_ENTITYREGISTRY,
|
||||||
|
DNET_PROVENANCE_ACTIONS, DNET_PROVENANCE_ACTIONS);
|
||||||
|
|
||||||
|
public static final KeyValue UNKNOWN_REPOSITORY = keyValue(
|
||||||
|
"10|openaire____::55045bd2a65019fd8e6741a755395c8c", "Unknown Repository");
|
||||||
|
|
||||||
|
private static Qualifier qualifier(
|
||||||
|
final String classid,
|
||||||
|
final String classname,
|
||||||
|
final String schemeid,
|
||||||
|
final String schemename) {
|
||||||
|
final Qualifier q = new Qualifier();
|
||||||
|
q.setClassid(classid);
|
||||||
|
q.setClassname(classname);
|
||||||
|
q.setSchemeid(schemeid);
|
||||||
|
q.setSchemename(schemename);
|
||||||
|
return q;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
private static KeyValue keyValue(String key, String value) {
|
||||||
|
KeyValue kv = new KeyValue();
|
||||||
|
kv.setKey(key);
|
||||||
|
kv.setValue(value);
|
||||||
|
kv.setDataInfo(new DataInfo());
|
||||||
|
return kv;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
|
@ -0,0 +1,467 @@
|
||||||
|
|
||||||
|
package eu.dnetlib.dhp.schema.common;
|
||||||
|
|
||||||
|
import static com.google.common.base.Preconditions.checkArgument;
|
||||||
|
|
||||||
|
import java.util.Map;
|
||||||
|
import java.util.Objects;
|
||||||
|
import java.util.Optional;
|
||||||
|
import java.util.function.Function;
|
||||||
|
|
||||||
|
import org.apache.commons.lang3.StringUtils;
|
||||||
|
|
||||||
|
import com.google.common.collect.Maps;
|
||||||
|
|
||||||
|
import eu.dnetlib.dhp.schema.oaf.*;
|
||||||
|
|
||||||
|
/** Oaf model utility methods. */
|
||||||
|
public class ModelSupport {
|
||||||
|
|
||||||
|
/** Defines the mapping between the actual entity type and the main entity type */
|
||||||
|
private static Map<EntityType, MainEntityType> entityMapping = Maps.newHashMap();
|
||||||
|
|
||||||
|
static {
|
||||||
|
entityMapping.put(EntityType.publication, MainEntityType.result);
|
||||||
|
entityMapping.put(EntityType.dataset, MainEntityType.result);
|
||||||
|
entityMapping.put(EntityType.otherresearchproduct, MainEntityType.result);
|
||||||
|
entityMapping.put(EntityType.software, MainEntityType.result);
|
||||||
|
entityMapping.put(EntityType.datasource, MainEntityType.datasource);
|
||||||
|
entityMapping.put(EntityType.organization, MainEntityType.organization);
|
||||||
|
entityMapping.put(EntityType.project, MainEntityType.project);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
/**
|
||||||
|
* Defines the mapping between the actual entity types and the relative classes implementing them
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
public static final Map<EntityType, Class> entityTypes = Maps.newHashMap();
|
||||||
|
|
||||||
|
static {
|
||||||
|
entityTypes.put(EntityType.datasource, Datasource.class);
|
||||||
|
entityTypes.put(EntityType.organization, Organization.class);
|
||||||
|
entityTypes.put(EntityType.project, Project.class);
|
||||||
|
entityTypes.put(EntityType.dataset, Dataset.class);
|
||||||
|
entityTypes.put(EntityType.otherresearchproduct, OtherResearchProduct.class);
|
||||||
|
entityTypes.put(EntityType.software, Software.class);
|
||||||
|
entityTypes.put(EntityType.publication, Publication.class);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public static final Map<String, Class> oafTypes = Maps.newHashMap();
|
||||||
|
|
||||||
|
static {
|
||||||
|
oafTypes.put("datasource", Datasource.class);
|
||||||
|
oafTypes.put("organization", Organization.class);
|
||||||
|
oafTypes.put("project", Project.class);
|
||||||
|
oafTypes.put("dataset", Dataset.class);
|
||||||
|
oafTypes.put("otherresearchproduct", OtherResearchProduct.class);
|
||||||
|
oafTypes.put("software", Software.class);
|
||||||
|
oafTypes.put("publication", Publication.class);
|
||||||
|
oafTypes.put("relation", Relation.class);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public static final Map<Class, String> idPrefixMap = Maps.newHashMap();
|
||||||
|
|
||||||
|
static {
|
||||||
|
idPrefixMap.put(Datasource.class, "10");
|
||||||
|
idPrefixMap.put(Organization.class, "20");
|
||||||
|
idPrefixMap.put(Project.class, "40");
|
||||||
|
idPrefixMap.put(Dataset.class, "50");
|
||||||
|
idPrefixMap.put(OtherResearchProduct.class, "50");
|
||||||
|
idPrefixMap.put(Software.class, "50");
|
||||||
|
idPrefixMap.put(Publication.class, "50");
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public static final Map<String, String> entityIdPrefix = Maps.newHashMap();
|
||||||
|
|
||||||
|
static {
|
||||||
|
entityIdPrefix.put("datasource", "10");
|
||||||
|
entityIdPrefix.put("organization", "20");
|
||||||
|
entityIdPrefix.put("project", "40");
|
||||||
|
entityIdPrefix.put("result", "50");
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public static final Map<String, RelationInverse> relationInverseMap = Maps.newHashMap();
|
||||||
|
|
||||||
|
static {
|
||||||
|
relationInverseMap
|
||||||
|
.put(
|
||||||
|
"personResult_authorship_isAuthorOf", new RelationInverse()
|
||||||
|
.setRelation("isAuthorOf")
|
||||||
|
.setInverse("hasAuthor")
|
||||||
|
.setRelType("personResult")
|
||||||
|
.setSubReltype("authorship"));
|
||||||
|
relationInverseMap
|
||||||
|
.put(
|
||||||
|
"personResult_authorship_hasAuthor", new RelationInverse()
|
||||||
|
.setInverse("isAuthorOf")
|
||||||
|
.setRelation("hasAuthor")
|
||||||
|
.setRelType("personResult")
|
||||||
|
.setSubReltype("authorship"));
|
||||||
|
relationInverseMap
|
||||||
|
.put(
|
||||||
|
"projectOrganization_participation_isParticipant", new RelationInverse()
|
||||||
|
.setRelation("isParticipant")
|
||||||
|
.setInverse("hasParticipant")
|
||||||
|
.setRelType("projectOrganization")
|
||||||
|
.setSubReltype("participation"));
|
||||||
|
relationInverseMap
|
||||||
|
.put(
|
||||||
|
"projectOrganization_participation_hasParticipant", new RelationInverse()
|
||||||
|
.setInverse("isParticipant")
|
||||||
|
.setRelation("hasParticipant")
|
||||||
|
.setRelType("projectOrganization")
|
||||||
|
.setSubReltype("participation"));
|
||||||
|
relationInverseMap
|
||||||
|
.put(
|
||||||
|
"resultOrganization_affiliation_hasAuthorInstitution", new RelationInverse()
|
||||||
|
.setRelation("hasAuthorInstitution")
|
||||||
|
.setInverse("isAuthorInstitutionOf")
|
||||||
|
.setRelType("resultOrganization")
|
||||||
|
.setSubReltype("affiliation"));
|
||||||
|
relationInverseMap
|
||||||
|
.put(
|
||||||
|
"resultOrganization_affiliation_isAuthorInstitutionOf", new RelationInverse()
|
||||||
|
.setInverse("hasAuthorInstitution")
|
||||||
|
.setRelation("isAuthorInstitutionOf")
|
||||||
|
.setRelType("resultOrganization")
|
||||||
|
.setSubReltype("affiliation"));
|
||||||
|
relationInverseMap
|
||||||
|
.put(
|
||||||
|
"organizationOrganization_dedup_merges", new RelationInverse()
|
||||||
|
.setRelation("merges")
|
||||||
|
.setInverse("isMergedIn")
|
||||||
|
.setRelType("organizationOrganization")
|
||||||
|
.setSubReltype("dedup"));
|
||||||
|
relationInverseMap
|
||||||
|
.put(
|
||||||
|
"organizationOrganization_dedup_isMergedIn", new RelationInverse()
|
||||||
|
.setInverse("merges")
|
||||||
|
.setRelation("isMergedIn")
|
||||||
|
.setRelType("organizationOrganization")
|
||||||
|
.setSubReltype("dedup"));
|
||||||
|
relationInverseMap
|
||||||
|
.put(
|
||||||
|
"organizationOrganization_dedupSimilarity_isSimilarTo", new RelationInverse()
|
||||||
|
.setInverse("isSimilarTo")
|
||||||
|
.setRelation("isSimilarTo")
|
||||||
|
.setRelType("organizationOrganization")
|
||||||
|
.setSubReltype("dedupSimilarity"));
|
||||||
|
|
||||||
|
relationInverseMap
|
||||||
|
.put(
|
||||||
|
"resultProject_outcome_isProducedBy", new RelationInverse()
|
||||||
|
.setRelation("isProducedBy")
|
||||||
|
.setInverse("produces")
|
||||||
|
.setRelType("resultProject")
|
||||||
|
.setSubReltype("outcome"));
|
||||||
|
relationInverseMap
|
||||||
|
.put(
|
||||||
|
"resultProject_outcome_produces", new RelationInverse()
|
||||||
|
.setInverse("isProducedBy")
|
||||||
|
.setRelation("produces")
|
||||||
|
.setRelType("resultProject")
|
||||||
|
.setSubReltype("outcome"));
|
||||||
|
relationInverseMap
|
||||||
|
.put(
|
||||||
|
"projectPerson_contactPerson_isContact", new RelationInverse()
|
||||||
|
.setRelation("isContact")
|
||||||
|
.setInverse("hasContact")
|
||||||
|
.setRelType("projectPerson")
|
||||||
|
.setSubReltype("contactPerson"));
|
||||||
|
relationInverseMap
|
||||||
|
.put(
|
||||||
|
"projectPerson_contactPerson_hasContact", new RelationInverse()
|
||||||
|
.setInverse("isContact")
|
||||||
|
.setRelation("hasContact")
|
||||||
|
.setRelType("personPerson")
|
||||||
|
.setSubReltype("coAuthorship"));
|
||||||
|
relationInverseMap
|
||||||
|
.put(
|
||||||
|
"personPerson_coAuthorship_isCoauthorOf", new RelationInverse()
|
||||||
|
.setInverse("isCoAuthorOf")
|
||||||
|
.setRelation("isCoAuthorOf")
|
||||||
|
.setRelType("personPerson")
|
||||||
|
.setSubReltype("coAuthorship"));
|
||||||
|
relationInverseMap
|
||||||
|
.put(
|
||||||
|
"personPerson_dedup_merges", new RelationInverse()
|
||||||
|
.setInverse("isMergedIn")
|
||||||
|
.setRelation("merges")
|
||||||
|
.setRelType("personPerson")
|
||||||
|
.setSubReltype("dedup"));
|
||||||
|
relationInverseMap
|
||||||
|
.put(
|
||||||
|
"personPerson_dedup_isMergedIn", new RelationInverse()
|
||||||
|
.setInverse("merges")
|
||||||
|
.setRelation("isMergedIn")
|
||||||
|
.setRelType("personPerson")
|
||||||
|
.setSubReltype("dedup"));
|
||||||
|
relationInverseMap
|
||||||
|
.put(
|
||||||
|
"personPerson_dedupSimilarity_isSimilarTo", new RelationInverse()
|
||||||
|
.setInverse("isSimilarTo")
|
||||||
|
.setRelation("isSimilarTo")
|
||||||
|
.setRelType("personPerson")
|
||||||
|
.setSubReltype("dedupSimilarity"));
|
||||||
|
relationInverseMap
|
||||||
|
.put(
|
||||||
|
"datasourceOrganization_provision_isProvidedBy", new RelationInverse()
|
||||||
|
.setInverse("provides")
|
||||||
|
.setRelation("isProvidedBy")
|
||||||
|
.setRelType("datasourceOrganization")
|
||||||
|
.setSubReltype("provision"));
|
||||||
|
relationInverseMap
|
||||||
|
.put(
|
||||||
|
"datasourceOrganization_provision_provides", new RelationInverse()
|
||||||
|
.setInverse("isProvidedBy")
|
||||||
|
.setRelation("provides")
|
||||||
|
.setRelType("datasourceOrganization")
|
||||||
|
.setSubReltype("provision"));
|
||||||
|
relationInverseMap
|
||||||
|
.put(
|
||||||
|
"resultResult_similarity_hasAmongTopNSimilarDocuments", new RelationInverse()
|
||||||
|
.setInverse("isAmongTopNSimilarDocuments")
|
||||||
|
.setRelation("hasAmongTopNSimilarDocuments")
|
||||||
|
.setRelType("resultResult")
|
||||||
|
.setSubReltype("similarity"));
|
||||||
|
relationInverseMap
|
||||||
|
.put(
|
||||||
|
"resultResult_similarity_isAmongTopNSimilarDocuments", new RelationInverse()
|
||||||
|
.setInverse("hasAmongTopNSimilarDocuments")
|
||||||
|
.setRelation("isAmongTopNSimilarDocuments")
|
||||||
|
.setRelType("resultResult")
|
||||||
|
.setSubReltype("similarity"));
|
||||||
|
relationInverseMap
|
||||||
|
.put(
|
||||||
|
"resultResult_relationship_isRelatedTo", new RelationInverse()
|
||||||
|
.setInverse("isRelatedTo")
|
||||||
|
.setRelation("isRelatedTo")
|
||||||
|
.setRelType("resultResult")
|
||||||
|
.setSubReltype("relationship"));
|
||||||
|
relationInverseMap
|
||||||
|
.put(
|
||||||
|
"resultResult_similarity_isAmongTopNSimilarDocuments", new RelationInverse()
|
||||||
|
.setInverse("hasAmongTopNSimilarDocuments")
|
||||||
|
.setRelation("isAmongTopNSimilarDocuments")
|
||||||
|
.setRelType("resultResult")
|
||||||
|
.setSubReltype("similarity"));
|
||||||
|
relationInverseMap
|
||||||
|
.put(
|
||||||
|
"resultResult_supplement_isSupplementTo", new RelationInverse()
|
||||||
|
.setInverse("isSupplementedBy")
|
||||||
|
.setRelation("isSupplementTo")
|
||||||
|
.setRelType("resultResult")
|
||||||
|
.setSubReltype("supplement"));
|
||||||
|
relationInverseMap
|
||||||
|
.put(
|
||||||
|
"resultResult_supplement_isSupplementedBy", new RelationInverse()
|
||||||
|
.setInverse("isSupplementTo")
|
||||||
|
.setRelation("isSupplementedBy")
|
||||||
|
.setRelType("resultResult")
|
||||||
|
.setSubReltype("supplement"));
|
||||||
|
relationInverseMap
|
||||||
|
.put(
|
||||||
|
"resultResult_part_isPartOf", new RelationInverse()
|
||||||
|
.setInverse("hasPart")
|
||||||
|
.setRelation("isPartOf")
|
||||||
|
.setRelType("resultResult")
|
||||||
|
.setSubReltype("part"));
|
||||||
|
relationInverseMap
|
||||||
|
.put(
|
||||||
|
"resultResult_part_hasPart", new RelationInverse()
|
||||||
|
.setInverse("isPartOf")
|
||||||
|
.setRelation("hasPart")
|
||||||
|
.setRelType("resultResult")
|
||||||
|
.setSubReltype("part"));
|
||||||
|
relationInverseMap
|
||||||
|
.put(
|
||||||
|
"resultResult_dedup_merges", new RelationInverse()
|
||||||
|
.setInverse("isMergedIn")
|
||||||
|
.setRelation("merges")
|
||||||
|
.setRelType("resultResult")
|
||||||
|
.setSubReltype("dedup"));
|
||||||
|
relationInverseMap
|
||||||
|
.put(
|
||||||
|
"resultResult_dedup_isMergedIn", new RelationInverse()
|
||||||
|
.setInverse("merges")
|
||||||
|
.setRelation("isMergedIn")
|
||||||
|
.setRelType("resultResult")
|
||||||
|
.setSubReltype("dedup"));
|
||||||
|
relationInverseMap
|
||||||
|
.put(
|
||||||
|
"resultResult_dedupSimilarity_isSimilarTo", new RelationInverse()
|
||||||
|
.setInverse("isSimilarTo")
|
||||||
|
.setRelation("isSimilarTo")
|
||||||
|
.setRelType("resultResult")
|
||||||
|
.setSubReltype("dedupSimilarity"));
|
||||||
|
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
private static final String schemeTemplate = "dnet:%s_%s_relations";
|
||||||
|
|
||||||
|
private ModelSupport() {
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public static <E extends OafEntity> String getIdPrefix(Class<E> clazz) {
|
||||||
|
return idPrefixMap.get(clazz);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
/**
|
||||||
|
* Checks subclass-superclass relationship.
|
||||||
|
*
|
||||||
|
* @param subClazzObject Subclass object instance
|
||||||
|
* @param superClazzObject Superclass object instance
|
||||||
|
* @param <X> Subclass type
|
||||||
|
* @param <Y> Superclass type
|
||||||
|
* @return True if X is a subclass of Y
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
public static <X extends Oaf, Y extends Oaf> Boolean isSubClass(
|
||||||
|
X subClazzObject, Y superClazzObject) {
|
||||||
|
return isSubClass(subClazzObject.getClass(), superClazzObject.getClass());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
/**
|
||||||
|
* Checks subclass-superclass relationship.
|
||||||
|
*
|
||||||
|
* @param subClazzObject Subclass object instance
|
||||||
|
* @param superClazz Superclass class
|
||||||
|
* @param <X> Subclass type
|
||||||
|
* @param <Y> Superclass type
|
||||||
|
* @return True if X is a subclass of Y
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
public static <X extends Oaf, Y extends Oaf> Boolean isSubClass(
|
||||||
|
X subClazzObject, Class<Y> superClazz) {
|
||||||
|
return isSubClass(subClazzObject.getClass(), superClazz);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
/**
|
||||||
|
* Checks subclass-superclass relationship.
|
||||||
|
*
|
||||||
|
* @param subClazz Subclass class
|
||||||
|
* @param superClazz Superclass class
|
||||||
|
* @param <X> Subclass type
|
||||||
|
* @param <Y> Superclass type
|
||||||
|
* @return True if X is a subclass of Y
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
public static <X extends Oaf, Y extends Oaf> Boolean isSubClass(
|
||||||
|
Class<X> subClazz, Class<Y> superClazz) {
|
||||||
|
return superClazz.isAssignableFrom(subClazz);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
/**
|
||||||
|
* Lists all the OAF model classes
|
||||||
|
*
|
||||||
|
* @param <T>
|
||||||
|
* @return
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
public static <T extends Oaf> Class<T>[] getOafModelClasses() {
|
||||||
|
return new Class[] {
|
||||||
|
Author.class,
|
||||||
|
Context.class,
|
||||||
|
Country.class,
|
||||||
|
DataInfo.class,
|
||||||
|
Dataset.class,
|
||||||
|
Datasource.class,
|
||||||
|
ExternalReference.class,
|
||||||
|
ExtraInfo.class,
|
||||||
|
Field.class,
|
||||||
|
GeoLocation.class,
|
||||||
|
Instance.class,
|
||||||
|
Journal.class,
|
||||||
|
KeyValue.class,
|
||||||
|
Oaf.class,
|
||||||
|
OafEntity.class,
|
||||||
|
OAIProvenance.class,
|
||||||
|
Organization.class,
|
||||||
|
OriginDescription.class,
|
||||||
|
OtherResearchProduct.class,
|
||||||
|
Project.class,
|
||||||
|
Publication.class,
|
||||||
|
Qualifier.class,
|
||||||
|
Relation.class,
|
||||||
|
Result.class,
|
||||||
|
Software.class,
|
||||||
|
StructuredProperty.class
|
||||||
|
};
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public static String getMainType(final EntityType type) {
|
||||||
|
return entityMapping.get(type).name();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public static boolean isResult(EntityType type) {
|
||||||
|
return MainEntityType.result.name().equals(getMainType(type));
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public static String getScheme(final String sourceType, final String targetType) {
|
||||||
|
return String
|
||||||
|
.format(
|
||||||
|
schemeTemplate,
|
||||||
|
entityMapping.get(EntityType.valueOf(sourceType)).name(),
|
||||||
|
entityMapping.get(EntityType.valueOf(targetType)).name());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public static <T extends Oaf> String tableIdentifier(String dbName, String tableName) {
|
||||||
|
|
||||||
|
checkArgument(StringUtils.isNotBlank(dbName), "DB name cannot be empty");
|
||||||
|
checkArgument(StringUtils.isNotBlank(tableName), "table name cannot be empty");
|
||||||
|
|
||||||
|
return String.format("%s.%s", dbName, tableName);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public static <T extends Oaf> String tableIdentifier(String dbName, Class<T> clazz) {
|
||||||
|
|
||||||
|
checkArgument(Objects.nonNull(clazz), "clazz is needed to derive the table name, thus cannot be null");
|
||||||
|
|
||||||
|
return tableIdentifier(dbName, clazz.getSimpleName().toLowerCase());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public static <T extends Oaf> Function<T, String> idFn() {
|
||||||
|
return x -> {
|
||||||
|
if (isSubClass(x, Relation.class)) {
|
||||||
|
return idFnForRelation(x);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return idFnForOafEntity(x);
|
||||||
|
};
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
private static <T extends Oaf> String idFnForRelation(T t) {
|
||||||
|
Relation r = (Relation) t;
|
||||||
|
return Optional
|
||||||
|
.ofNullable(r.getSource())
|
||||||
|
.map(
|
||||||
|
source -> Optional
|
||||||
|
.ofNullable(r.getTarget())
|
||||||
|
.map(
|
||||||
|
target -> Optional
|
||||||
|
.ofNullable(r.getRelType())
|
||||||
|
.map(
|
||||||
|
relType -> Optional
|
||||||
|
.ofNullable(r.getSubRelType())
|
||||||
|
.map(
|
||||||
|
subRelType -> Optional
|
||||||
|
.ofNullable(r.getRelClass())
|
||||||
|
.map(
|
||||||
|
relClass -> String
|
||||||
|
.join(
|
||||||
|
source,
|
||||||
|
target,
|
||||||
|
relType,
|
||||||
|
subRelType,
|
||||||
|
relClass))
|
||||||
|
.orElse(
|
||||||
|
String
|
||||||
|
.join(
|
||||||
|
source,
|
||||||
|
target,
|
||||||
|
relType,
|
||||||
|
subRelType)))
|
||||||
|
.orElse(String.join(source, target, relType)))
|
||||||
|
.orElse(String.join(source, target)))
|
||||||
|
.orElse(source))
|
||||||
|
.orElse(null);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
private static <T extends Oaf> String idFnForOafEntity(T t) {
|
||||||
|
return ((OafEntity) t).getId();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
|
@ -0,0 +1,46 @@
|
||||||
|
|
||||||
|
package eu.dnetlib.dhp.schema.common;
|
||||||
|
|
||||||
|
public class RelationInverse {
|
||||||
|
private String relation;
|
||||||
|
private String inverse;
|
||||||
|
private String relType;
|
||||||
|
private String subReltype;
|
||||||
|
|
||||||
|
public String getRelType() {
|
||||||
|
return relType;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public RelationInverse setRelType(String relType) {
|
||||||
|
this.relType = relType;
|
||||||
|
return this;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public String getSubReltype() {
|
||||||
|
return subReltype;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public RelationInverse setSubReltype(String subReltype) {
|
||||||
|
this.subReltype = subReltype;
|
||||||
|
return this;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public String getRelation() {
|
||||||
|
return relation;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public RelationInverse setRelation(String relation) {
|
||||||
|
this.relation = relation;
|
||||||
|
return this;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public String getInverse() {
|
||||||
|
return inverse;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public RelationInverse setInverse(String inverse) {
|
||||||
|
this.inverse = inverse;
|
||||||
|
return this;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
}
|
|
@ -0,0 +1,89 @@
|
||||||
|
|
||||||
|
package eu.dnetlib.dhp.schema.oaf;
|
||||||
|
|
||||||
|
import java.io.Serializable;
|
||||||
|
import java.util.*;
|
||||||
|
|
||||||
|
public class Author implements Serializable {
|
||||||
|
|
||||||
|
private String fullname;
|
||||||
|
|
||||||
|
private String name;
|
||||||
|
|
||||||
|
private String surname;
|
||||||
|
|
||||||
|
private Integer rank;
|
||||||
|
|
||||||
|
private List<StructuredProperty> pid;
|
||||||
|
|
||||||
|
private List<Field<String>> affiliation;
|
||||||
|
|
||||||
|
public String getFullname() {
|
||||||
|
return fullname;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setFullname(String fullname) {
|
||||||
|
this.fullname = fullname;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public String getName() {
|
||||||
|
return name;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setName(String name) {
|
||||||
|
this.name = name;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public String getSurname() {
|
||||||
|
return surname;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setSurname(String surname) {
|
||||||
|
this.surname = surname;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Integer getRank() {
|
||||||
|
return rank;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setRank(Integer rank) {
|
||||||
|
this.rank = rank;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public List<StructuredProperty> getPid() {
|
||||||
|
return pid;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setPid(List<StructuredProperty> pid) {
|
||||||
|
this.pid = pid;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public List<Field<String>> getAffiliation() {
|
||||||
|
return affiliation;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setAffiliation(List<Field<String>> affiliation) {
|
||||||
|
this.affiliation = affiliation;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
@Override
|
||||||
|
public boolean equals(Object o) {
|
||||||
|
if (this == o)
|
||||||
|
return true;
|
||||||
|
if (o == null || getClass() != o.getClass())
|
||||||
|
return false;
|
||||||
|
Author author = (Author) o;
|
||||||
|
return Objects.equals(fullname, author.fullname)
|
||||||
|
&& Objects.equals(name, author.name)
|
||||||
|
&& Objects.equals(surname, author.surname)
|
||||||
|
&& Objects.equals(rank, author.rank)
|
||||||
|
&& Objects.equals(pid, author.pid)
|
||||||
|
&& Objects.equals(affiliation, author.affiliation);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
@Override
|
||||||
|
public int hashCode() {
|
||||||
|
return Objects.hash(fullname, name, surname, rank, pid, affiliation);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
}
|
|
@ -0,0 +1,46 @@
|
||||||
|
|
||||||
|
package eu.dnetlib.dhp.schema.oaf;
|
||||||
|
|
||||||
|
import java.io.Serializable;
|
||||||
|
import java.util.List;
|
||||||
|
|
||||||
|
public class Context implements Serializable {
|
||||||
|
private String id;
|
||||||
|
|
||||||
|
private List<DataInfo> dataInfo;
|
||||||
|
|
||||||
|
public String getId() {
|
||||||
|
return id;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setId(String id) {
|
||||||
|
this.id = id;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public List<DataInfo> getDataInfo() {
|
||||||
|
return dataInfo;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setDataInfo(List<DataInfo> dataInfo) {
|
||||||
|
this.dataInfo = dataInfo;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
@Override
|
||||||
|
public int hashCode() {
|
||||||
|
return id == null ? 0 : id.hashCode();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
@Override
|
||||||
|
public boolean equals(Object obj) {
|
||||||
|
if (this == obj)
|
||||||
|
return true;
|
||||||
|
if (obj == null)
|
||||||
|
return false;
|
||||||
|
if (getClass() != obj.getClass())
|
||||||
|
return false;
|
||||||
|
|
||||||
|
Context other = (Context) obj;
|
||||||
|
|
||||||
|
return id.equals(other.getId());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
|
@ -0,0 +1,34 @@
|
||||||
|
|
||||||
|
package eu.dnetlib.dhp.schema.oaf;
|
||||||
|
|
||||||
|
import java.util.Objects;
|
||||||
|
|
||||||
|
public class Country extends Qualifier {
|
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|
|
||||||
|
private DataInfo dataInfo;
|
||||||
|
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||||||
|
public DataInfo getDataInfo() {
|
||||||
|
return dataInfo;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setDataInfo(DataInfo dataInfo) {
|
||||||
|
this.dataInfo = dataInfo;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
@Override
|
||||||
|
public boolean equals(Object o) {
|
||||||
|
if (this == o)
|
||||||
|
return true;
|
||||||
|
if (o == null || getClass() != o.getClass())
|
||||||
|
return false;
|
||||||
|
if (!super.equals(o))
|
||||||
|
return false;
|
||||||
|
Country country = (Country) o;
|
||||||
|
return Objects.equals(dataInfo, country.dataInfo);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
@Override
|
||||||
|
public int hashCode() {
|
||||||
|
return Objects.hash(super.hashCode(), dataInfo);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
|
@ -0,0 +1,85 @@
|
||||||
|
|
||||||
|
package eu.dnetlib.dhp.schema.oaf;
|
||||||
|
|
||||||
|
import java.io.Serializable;
|
||||||
|
import java.util.Objects;
|
||||||
|
|
||||||
|
public class DataInfo implements Serializable {
|
||||||
|
|
||||||
|
private Boolean invisible = false;
|
||||||
|
private Boolean inferred;
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||||||
|
private Boolean deletedbyinference = false;
|
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|
private String trust;
|
||||||
|
private String inferenceprovenance;
|
||||||
|
private Qualifier provenanceaction;
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|
|
||||||
|
public Boolean getInvisible() {
|
||||||
|
return invisible;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setInvisible(Boolean invisible) {
|
||||||
|
this.invisible = invisible;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Boolean getInferred() {
|
||||||
|
return inferred;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setInferred(Boolean inferred) {
|
||||||
|
this.inferred = inferred;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Boolean getDeletedbyinference() {
|
||||||
|
return deletedbyinference;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setDeletedbyinference(Boolean deletedbyinference) {
|
||||||
|
this.deletedbyinference = deletedbyinference;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public String getTrust() {
|
||||||
|
return trust;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setTrust(String trust) {
|
||||||
|
this.trust = trust;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public String getInferenceprovenance() {
|
||||||
|
return inferenceprovenance;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setInferenceprovenance(String inferenceprovenance) {
|
||||||
|
this.inferenceprovenance = inferenceprovenance;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Qualifier getProvenanceaction() {
|
||||||
|
return provenanceaction;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setProvenanceaction(Qualifier provenanceaction) {
|
||||||
|
this.provenanceaction = provenanceaction;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
@Override
|
||||||
|
public boolean equals(Object o) {
|
||||||
|
if (this == o)
|
||||||
|
return true;
|
||||||
|
if (o == null || getClass() != o.getClass())
|
||||||
|
return false;
|
||||||
|
DataInfo dataInfo = (DataInfo) o;
|
||||||
|
return Objects.equals(invisible, dataInfo.invisible)
|
||||||
|
&& Objects.equals(inferred, dataInfo.inferred)
|
||||||
|
&& Objects.equals(deletedbyinference, dataInfo.deletedbyinference)
|
||||||
|
&& Objects.equals(trust, dataInfo.trust)
|
||||||
|
&& Objects.equals(inferenceprovenance, dataInfo.inferenceprovenance)
|
||||||
|
&& Objects.equals(provenanceaction, dataInfo.provenanceaction);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
@Override
|
||||||
|
public int hashCode() {
|
||||||
|
return Objects
|
||||||
|
.hash(
|
||||||
|
invisible, inferred, deletedbyinference, trust, inferenceprovenance, provenanceaction);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
|
@ -0,0 +1,116 @@
|
||||||
|
|
||||||
|
package eu.dnetlib.dhp.schema.oaf;
|
||||||
|
|
||||||
|
import java.io.Serializable;
|
||||||
|
import java.util.List;
|
||||||
|
|
||||||
|
import eu.dnetlib.dhp.schema.common.ModelConstants;
|
||||||
|
|
||||||
|
public class Dataset extends Result implements Serializable {
|
||||||
|
|
||||||
|
private Field<String> storagedate;
|
||||||
|
|
||||||
|
// candidate for removal
|
||||||
|
private Field<String> device;
|
||||||
|
|
||||||
|
private Field<String> size;
|
||||||
|
|
||||||
|
private Field<String> version;
|
||||||
|
|
||||||
|
private Field<String> lastmetadataupdate;
|
||||||
|
|
||||||
|
private Field<String> metadataversionnumber;
|
||||||
|
|
||||||
|
private List<GeoLocation> geolocation;
|
||||||
|
|
||||||
|
public Dataset() {
|
||||||
|
setResulttype(ModelConstants.DATASET_DEFAULT_RESULTTYPE);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Field<String> getStoragedate() {
|
||||||
|
return storagedate;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setStoragedate(Field<String> storagedate) {
|
||||||
|
this.storagedate = storagedate;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Field<String> getDevice() {
|
||||||
|
return device;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setDevice(Field<String> device) {
|
||||||
|
this.device = device;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Field<String> getSize() {
|
||||||
|
return size;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setSize(Field<String> size) {
|
||||||
|
this.size = size;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Field<String> getVersion() {
|
||||||
|
return version;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setVersion(Field<String> version) {
|
||||||
|
this.version = version;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Field<String> getLastmetadataupdate() {
|
||||||
|
return lastmetadataupdate;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setLastmetadataupdate(Field<String> lastmetadataupdate) {
|
||||||
|
this.lastmetadataupdate = lastmetadataupdate;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Field<String> getMetadataversionnumber() {
|
||||||
|
return metadataversionnumber;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setMetadataversionnumber(Field<String> metadataversionnumber) {
|
||||||
|
this.metadataversionnumber = metadataversionnumber;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public List<GeoLocation> getGeolocation() {
|
||||||
|
return geolocation;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setGeolocation(List<GeoLocation> geolocation) {
|
||||||
|
this.geolocation = geolocation;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
@Override
|
||||||
|
public void mergeFrom(OafEntity e) {
|
||||||
|
super.mergeFrom(e);
|
||||||
|
|
||||||
|
if (!Dataset.class.isAssignableFrom(e.getClass())) {
|
||||||
|
return;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
final Dataset d = (Dataset) e;
|
||||||
|
|
||||||
|
storagedate = d.getStoragedate() != null && compareTrust(this, e) < 0 ? d.getStoragedate() : storagedate;
|
||||||
|
|
||||||
|
device = d.getDevice() != null && compareTrust(this, e) < 0 ? d.getDevice() : device;
|
||||||
|
|
||||||
|
size = d.getSize() != null && compareTrust(this, e) < 0 ? d.getSize() : size;
|
||||||
|
|
||||||
|
version = d.getVersion() != null && compareTrust(this, e) < 0 ? d.getVersion() : version;
|
||||||
|
|
||||||
|
lastmetadataupdate = d.getLastmetadataupdate() != null && compareTrust(this, e) < 0
|
||||||
|
? d.getLastmetadataupdate()
|
||||||
|
: lastmetadataupdate;
|
||||||
|
|
||||||
|
metadataversionnumber = d.getMetadataversionnumber() != null && compareTrust(this, e) < 0
|
||||||
|
? d.getMetadataversionnumber()
|
||||||
|
: metadataversionnumber;
|
||||||
|
|
||||||
|
geolocation = mergeLists(geolocation, d.getGeolocation());
|
||||||
|
|
||||||
|
mergeOAFDataInfo(d);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
|
@ -0,0 +1,472 @@
|
||||||
|
|
||||||
|
package eu.dnetlib.dhp.schema.oaf;
|
||||||
|
|
||||||
|
import java.io.Serializable;
|
||||||
|
import java.util.List;
|
||||||
|
|
||||||
|
public class Datasource extends OafEntity implements Serializable {
|
||||||
|
|
||||||
|
private Qualifier datasourcetype;
|
||||||
|
|
||||||
|
private Qualifier openairecompatibility;
|
||||||
|
|
||||||
|
private Field<String> officialname;
|
||||||
|
|
||||||
|
private Field<String> englishname;
|
||||||
|
|
||||||
|
private Field<String> websiteurl;
|
||||||
|
|
||||||
|
private Field<String> logourl;
|
||||||
|
|
||||||
|
private Field<String> contactemail;
|
||||||
|
|
||||||
|
private Field<String> namespaceprefix;
|
||||||
|
|
||||||
|
private Field<String> latitude;
|
||||||
|
|
||||||
|
private Field<String> longitude;
|
||||||
|
|
||||||
|
private Field<String> dateofvalidation;
|
||||||
|
|
||||||
|
private Field<String> description;
|
||||||
|
|
||||||
|
private List<StructuredProperty> subjects;
|
||||||
|
|
||||||
|
// opendoar specific fields (od*)
|
||||||
|
private Field<String> odnumberofitems;
|
||||||
|
|
||||||
|
private Field<String> odnumberofitemsdate;
|
||||||
|
|
||||||
|
private Field<String> odpolicies;
|
||||||
|
|
||||||
|
private List<Field<String>> odlanguages;
|
||||||
|
|
||||||
|
private List<Field<String>> odcontenttypes;
|
||||||
|
|
||||||
|
private List<Field<String>> accessinfopackage;
|
||||||
|
|
||||||
|
// re3data fields
|
||||||
|
private Field<String> releasestartdate;
|
||||||
|
|
||||||
|
private Field<String> releaseenddate;
|
||||||
|
|
||||||
|
private Field<String> missionstatementurl;
|
||||||
|
|
||||||
|
private Field<Boolean> dataprovider;
|
||||||
|
|
||||||
|
private Field<Boolean> serviceprovider;
|
||||||
|
|
||||||
|
// {open, restricted or closed}
|
||||||
|
private Field<String> databaseaccesstype;
|
||||||
|
|
||||||
|
// {open, restricted or closed}
|
||||||
|
private Field<String> datauploadtype;
|
||||||
|
|
||||||
|
// {feeRequired, registration, other}
|
||||||
|
private Field<String> databaseaccessrestriction;
|
||||||
|
|
||||||
|
// {feeRequired, registration, other}
|
||||||
|
private Field<String> datauploadrestriction;
|
||||||
|
|
||||||
|
private Field<Boolean> versioning;
|
||||||
|
|
||||||
|
private Field<String> citationguidelineurl;
|
||||||
|
|
||||||
|
// {yes, no, uknown}
|
||||||
|
private Field<String> qualitymanagementkind;
|
||||||
|
|
||||||
|
private Field<String> pidsystems;
|
||||||
|
|
||||||
|
private Field<String> certificates;
|
||||||
|
|
||||||
|
private List<KeyValue> policies;
|
||||||
|
|
||||||
|
private Journal journal;
|
||||||
|
|
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|
public Qualifier getDatasourcetype() {
|
||||||
|
return datasourcetype;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setDatasourcetype(Qualifier datasourcetype) {
|
||||||
|
this.datasourcetype = datasourcetype;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Qualifier getOpenairecompatibility() {
|
||||||
|
return openairecompatibility;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setOpenairecompatibility(Qualifier openairecompatibility) {
|
||||||
|
this.openairecompatibility = openairecompatibility;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Field<String> getOfficialname() {
|
||||||
|
return officialname;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setOfficialname(Field<String> officialname) {
|
||||||
|
this.officialname = officialname;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Field<String> getEnglishname() {
|
||||||
|
return englishname;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setEnglishname(Field<String> englishname) {
|
||||||
|
this.englishname = englishname;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Field<String> getWebsiteurl() {
|
||||||
|
return websiteurl;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setWebsiteurl(Field<String> websiteurl) {
|
||||||
|
this.websiteurl = websiteurl;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Field<String> getLogourl() {
|
||||||
|
return logourl;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setLogourl(Field<String> logourl) {
|
||||||
|
this.logourl = logourl;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Field<String> getContactemail() {
|
||||||
|
return contactemail;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setContactemail(Field<String> contactemail) {
|
||||||
|
this.contactemail = contactemail;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Field<String> getNamespaceprefix() {
|
||||||
|
return namespaceprefix;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setNamespaceprefix(Field<String> namespaceprefix) {
|
||||||
|
this.namespaceprefix = namespaceprefix;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Field<String> getLatitude() {
|
||||||
|
return latitude;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setLatitude(Field<String> latitude) {
|
||||||
|
this.latitude = latitude;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Field<String> getLongitude() {
|
||||||
|
return longitude;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setLongitude(Field<String> longitude) {
|
||||||
|
this.longitude = longitude;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Field<String> getDateofvalidation() {
|
||||||
|
return dateofvalidation;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setDateofvalidation(Field<String> dateofvalidation) {
|
||||||
|
this.dateofvalidation = dateofvalidation;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Field<String> getDescription() {
|
||||||
|
return description;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setDescription(Field<String> description) {
|
||||||
|
this.description = description;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public List<StructuredProperty> getSubjects() {
|
||||||
|
return subjects;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setSubjects(List<StructuredProperty> subjects) {
|
||||||
|
this.subjects = subjects;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Field<String> getOdnumberofitems() {
|
||||||
|
return odnumberofitems;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setOdnumberofitems(Field<String> odnumberofitems) {
|
||||||
|
this.odnumberofitems = odnumberofitems;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Field<String> getOdnumberofitemsdate() {
|
||||||
|
return odnumberofitemsdate;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setOdnumberofitemsdate(Field<String> odnumberofitemsdate) {
|
||||||
|
this.odnumberofitemsdate = odnumberofitemsdate;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Field<String> getOdpolicies() {
|
||||||
|
return odpolicies;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setOdpolicies(Field<String> odpolicies) {
|
||||||
|
this.odpolicies = odpolicies;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public List<Field<String>> getOdlanguages() {
|
||||||
|
return odlanguages;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setOdlanguages(List<Field<String>> odlanguages) {
|
||||||
|
this.odlanguages = odlanguages;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public List<Field<String>> getOdcontenttypes() {
|
||||||
|
return odcontenttypes;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setOdcontenttypes(List<Field<String>> odcontenttypes) {
|
||||||
|
this.odcontenttypes = odcontenttypes;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public List<Field<String>> getAccessinfopackage() {
|
||||||
|
return accessinfopackage;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setAccessinfopackage(List<Field<String>> accessinfopackage) {
|
||||||
|
this.accessinfopackage = accessinfopackage;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Field<String> getReleasestartdate() {
|
||||||
|
return releasestartdate;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setReleasestartdate(Field<String> releasestartdate) {
|
||||||
|
this.releasestartdate = releasestartdate;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Field<String> getReleaseenddate() {
|
||||||
|
return releaseenddate;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setReleaseenddate(Field<String> releaseenddate) {
|
||||||
|
this.releaseenddate = releaseenddate;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Field<String> getMissionstatementurl() {
|
||||||
|
return missionstatementurl;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setMissionstatementurl(Field<String> missionstatementurl) {
|
||||||
|
this.missionstatementurl = missionstatementurl;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Field<Boolean> getDataprovider() {
|
||||||
|
return dataprovider;
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||||||
|
}
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||||||
|
public void setDataprovider(Field<Boolean> dataprovider) {
|
||||||
|
this.dataprovider = dataprovider;
|
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|
}
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||||||
|
|
||||||
|
public Field<Boolean> getServiceprovider() {
|
||||||
|
return serviceprovider;
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|
}
|
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||||||
|
public void setServiceprovider(Field<Boolean> serviceprovider) {
|
||||||
|
this.serviceprovider = serviceprovider;
|
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|
}
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||||||
|
|
||||||
|
public Field<String> getDatabaseaccesstype() {
|
||||||
|
return databaseaccesstype;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setDatabaseaccesstype(Field<String> databaseaccesstype) {
|
||||||
|
this.databaseaccesstype = databaseaccesstype;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Field<String> getDatauploadtype() {
|
||||||
|
return datauploadtype;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setDatauploadtype(Field<String> datauploadtype) {
|
||||||
|
this.datauploadtype = datauploadtype;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Field<String> getDatabaseaccessrestriction() {
|
||||||
|
return databaseaccessrestriction;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setDatabaseaccessrestriction(Field<String> databaseaccessrestriction) {
|
||||||
|
this.databaseaccessrestriction = databaseaccessrestriction;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Field<String> getDatauploadrestriction() {
|
||||||
|
return datauploadrestriction;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setDatauploadrestriction(Field<String> datauploadrestriction) {
|
||||||
|
this.datauploadrestriction = datauploadrestriction;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Field<Boolean> getVersioning() {
|
||||||
|
return versioning;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setVersioning(Field<Boolean> versioning) {
|
||||||
|
this.versioning = versioning;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Field<String> getCitationguidelineurl() {
|
||||||
|
return citationguidelineurl;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setCitationguidelineurl(Field<String> citationguidelineurl) {
|
||||||
|
this.citationguidelineurl = citationguidelineurl;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Field<String> getQualitymanagementkind() {
|
||||||
|
return qualitymanagementkind;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setQualitymanagementkind(Field<String> qualitymanagementkind) {
|
||||||
|
this.qualitymanagementkind = qualitymanagementkind;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Field<String> getPidsystems() {
|
||||||
|
return pidsystems;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setPidsystems(Field<String> pidsystems) {
|
||||||
|
this.pidsystems = pidsystems;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Field<String> getCertificates() {
|
||||||
|
return certificates;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setCertificates(Field<String> certificates) {
|
||||||
|
this.certificates = certificates;
|
||||||
|
}
|
||||||
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|
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|
public List<KeyValue> getPolicies() {
|
||||||
|
return policies;
|
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|
}
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|
|
||||||
|
public void setPolicies(List<KeyValue> policies) {
|
||||||
|
this.policies = policies;
|
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|
}
|
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|
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|
public Journal getJournal() {
|
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|
return journal;
|
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|
}
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|
public void setJournal(Journal journal) {
|
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|
this.journal = journal;
|
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|
}
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|
@Override
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|
public void mergeFrom(OafEntity e) {
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|
super.mergeFrom(e);
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||||||
|
if (!Datasource.class.isAssignableFrom(e.getClass())) {
|
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|
return;
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|
}
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|
|
||||||
|
Datasource d = (Datasource) e;
|
||||||
|
|
||||||
|
datasourcetype = d.getDatasourcetype() != null && compareTrust(this, e) < 0
|
||||||
|
? d.getDatasourcetype()
|
||||||
|
: datasourcetype;
|
||||||
|
openairecompatibility = d.getOpenairecompatibility() != null && compareTrust(this, e) < 0
|
||||||
|
? d.getOpenairecompatibility()
|
||||||
|
: openairecompatibility;
|
||||||
|
officialname = d.getOfficialname() != null && compareTrust(this, e) < 0
|
||||||
|
? d.getOfficialname()
|
||||||
|
: officialname;
|
||||||
|
englishname = d.getEnglishname() != null && compareTrust(this, e) < 0 ? d.getEnglishname() : officialname;
|
||||||
|
websiteurl = d.getWebsiteurl() != null && compareTrust(this, e) < 0 ? d.getWebsiteurl() : websiteurl;
|
||||||
|
logourl = d.getLogourl() != null && compareTrust(this, e) < 0 ? d.getLogourl() : getLogourl();
|
||||||
|
contactemail = d.getContactemail() != null && compareTrust(this, e) < 0
|
||||||
|
? d.getContactemail()
|
||||||
|
: contactemail;
|
||||||
|
namespaceprefix = d.getNamespaceprefix() != null && compareTrust(this, e) < 0
|
||||||
|
? d.getNamespaceprefix()
|
||||||
|
: namespaceprefix;
|
||||||
|
latitude = d.getLatitude() != null && compareTrust(this, e) < 0 ? d.getLatitude() : latitude;
|
||||||
|
longitude = d.getLongitude() != null && compareTrust(this, e) < 0 ? d.getLongitude() : longitude;
|
||||||
|
dateofvalidation = d.getDateofvalidation() != null && compareTrust(this, e) < 0
|
||||||
|
? d.getDateofvalidation()
|
||||||
|
: dateofvalidation;
|
||||||
|
description = d.getDescription() != null && compareTrust(this, e) < 0 ? d.getDescription() : description;
|
||||||
|
subjects = mergeLists(subjects, d.getSubjects());
|
||||||
|
|
||||||
|
// opendoar specific fields (od*)
|
||||||
|
odnumberofitems = d.getOdnumberofitems() != null && compareTrust(this, e) < 0
|
||||||
|
? d.getOdnumberofitems()
|
||||||
|
: odnumberofitems;
|
||||||
|
odnumberofitemsdate = d.getOdnumberofitemsdate() != null && compareTrust(this, e) < 0
|
||||||
|
? d.getOdnumberofitemsdate()
|
||||||
|
: odnumberofitemsdate;
|
||||||
|
odpolicies = d.getOdpolicies() != null && compareTrust(this, e) < 0 ? d.getOdpolicies() : odpolicies;
|
||||||
|
odlanguages = mergeLists(odlanguages, d.getOdlanguages());
|
||||||
|
odcontenttypes = mergeLists(odcontenttypes, d.getOdcontenttypes());
|
||||||
|
accessinfopackage = mergeLists(accessinfopackage, d.getAccessinfopackage());
|
||||||
|
|
||||||
|
// re3data fields
|
||||||
|
releasestartdate = d.getReleasestartdate() != null && compareTrust(this, e) < 0
|
||||||
|
? d.getReleasestartdate()
|
||||||
|
: releasestartdate;
|
||||||
|
releaseenddate = d.getReleaseenddate() != null && compareTrust(this, e) < 0
|
||||||
|
? d.getReleaseenddate()
|
||||||
|
: releaseenddate;
|
||||||
|
missionstatementurl = d.getMissionstatementurl() != null && compareTrust(this, e) < 0
|
||||||
|
? d.getMissionstatementurl()
|
||||||
|
: missionstatementurl;
|
||||||
|
dataprovider = d.getDataprovider() != null && compareTrust(this, e) < 0
|
||||||
|
? d.getDataprovider()
|
||||||
|
: dataprovider;
|
||||||
|
serviceprovider = d.getServiceprovider() != null && compareTrust(this, e) < 0
|
||||||
|
? d.getServiceprovider()
|
||||||
|
: serviceprovider;
|
||||||
|
|
||||||
|
// {open, restricted or closed}
|
||||||
|
databaseaccesstype = d.getDatabaseaccesstype() != null && compareTrust(this, e) < 0
|
||||||
|
? d.getDatabaseaccesstype()
|
||||||
|
: databaseaccesstype;
|
||||||
|
|
||||||
|
// {open, restricted or closed}
|
||||||
|
datauploadtype = d.getDatauploadtype() != null && compareTrust(this, e) < 0
|
||||||
|
? d.getDatauploadtype()
|
||||||
|
: datauploadtype;
|
||||||
|
|
||||||
|
// {feeRequired, registration, other}
|
||||||
|
databaseaccessrestriction = d.getDatabaseaccessrestriction() != null && compareTrust(this, e) < 0
|
||||||
|
? d.getDatabaseaccessrestriction()
|
||||||
|
: databaseaccessrestriction;
|
||||||
|
|
||||||
|
// {feeRequired, registration, other}
|
||||||
|
datauploadrestriction = d.getDatauploadrestriction() != null && compareTrust(this, e) < 0
|
||||||
|
? d.getDatauploadrestriction()
|
||||||
|
: datauploadrestriction;
|
||||||
|
|
||||||
|
versioning = d.getVersioning() != null && compareTrust(this, e) < 0 ? d.getVersioning() : versioning;
|
||||||
|
citationguidelineurl = d.getCitationguidelineurl() != null && compareTrust(this, e) < 0
|
||||||
|
? d.getCitationguidelineurl()
|
||||||
|
: citationguidelineurl;
|
||||||
|
|
||||||
|
// {yes, no, unknown}
|
||||||
|
qualitymanagementkind = d.getQualitymanagementkind() != null && compareTrust(this, e) < 0
|
||||||
|
? d.getQualitymanagementkind()
|
||||||
|
: qualitymanagementkind;
|
||||||
|
pidsystems = d.getPidsystems() != null && compareTrust(this, e) < 0 ? d.getPidsystems() : pidsystems;
|
||||||
|
|
||||||
|
certificates = d.getCertificates() != null && compareTrust(this, e) < 0
|
||||||
|
? d.getCertificates()
|
||||||
|
: certificates;
|
||||||
|
|
||||||
|
policies = mergeLists(policies, d.getPolicies());
|
||||||
|
|
||||||
|
journal = d.getJournal() != null && compareTrust(this, e) < 0 ? d.getJournal() : journal;
|
||||||
|
|
||||||
|
mergeOAFDataInfo(e);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
|
@ -0,0 +1,119 @@
|
||||||
|
|
||||||
|
package eu.dnetlib.dhp.schema.oaf;
|
||||||
|
|
||||||
|
import java.io.Serializable;
|
||||||
|
import java.util.Objects;
|
||||||
|
|
||||||
|
public class ExternalReference implements Serializable {
|
||||||
|
// source
|
||||||
|
private String sitename;
|
||||||
|
|
||||||
|
// title
|
||||||
|
private String label;
|
||||||
|
|
||||||
|
// text()
|
||||||
|
private String url;
|
||||||
|
|
||||||
|
// ?? not mapped yet ??
|
||||||
|
private String description;
|
||||||
|
|
||||||
|
// type
|
||||||
|
private Qualifier qualifier;
|
||||||
|
|
||||||
|
// site internal identifier
|
||||||
|
private String refidentifier;
|
||||||
|
|
||||||
|
// maps the oaf:reference/@query attribute
|
||||||
|
private String query;
|
||||||
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|
||||||
|
// ExternalReferences might be also inferred
|
||||||
|
private DataInfo dataInfo;
|
||||||
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||||||
|
public String getSitename() {
|
||||||
|
return sitename;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setSitename(String sitename) {
|
||||||
|
this.sitename = sitename;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public String getLabel() {
|
||||||
|
return label;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setLabel(String label) {
|
||||||
|
this.label = label;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public String getUrl() {
|
||||||
|
return url;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setUrl(String url) {
|
||||||
|
this.url = url;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public String getDescription() {
|
||||||
|
return description;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setDescription(String description) {
|
||||||
|
this.description = description;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Qualifier getQualifier() {
|
||||||
|
return qualifier;
|
||||||
|
}
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||||||
|
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||||||
|
public void setQualifier(Qualifier qualifier) {
|
||||||
|
this.qualifier = qualifier;
|
||||||
|
}
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||||||
|
public String getRefidentifier() {
|
||||||
|
return refidentifier;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setRefidentifier(String refidentifier) {
|
||||||
|
this.refidentifier = refidentifier;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public String getQuery() {
|
||||||
|
return query;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
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||||||
|
public void setQuery(String query) {
|
||||||
|
this.query = query;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
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||||||
|
public DataInfo getDataInfo() {
|
||||||
|
return dataInfo;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setDataInfo(DataInfo dataInfo) {
|
||||||
|
this.dataInfo = dataInfo;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
@Override
|
||||||
|
public boolean equals(Object o) {
|
||||||
|
if (this == o)
|
||||||
|
return true;
|
||||||
|
if (o == null || getClass() != o.getClass())
|
||||||
|
return false;
|
||||||
|
ExternalReference that = (ExternalReference) o;
|
||||||
|
return Objects.equals(sitename, that.sitename)
|
||||||
|
&& Objects.equals(label, that.label)
|
||||||
|
&& Objects.equals(url, that.url)
|
||||||
|
&& Objects.equals(description, that.description)
|
||||||
|
&& Objects.equals(qualifier, that.qualifier)
|
||||||
|
&& Objects.equals(refidentifier, that.refidentifier)
|
||||||
|
&& Objects.equals(query, that.query)
|
||||||
|
&& Objects.equals(dataInfo, that.dataInfo);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
@Override
|
||||||
|
public int hashCode() {
|
||||||
|
return Objects
|
||||||
|
.hash(
|
||||||
|
sitename, label, url, description, qualifier, refidentifier, query, dataInfo);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
|
@ -0,0 +1,77 @@
|
||||||
|
|
||||||
|
package eu.dnetlib.dhp.schema.oaf;
|
||||||
|
|
||||||
|
import java.io.Serializable;
|
||||||
|
import java.util.Objects;
|
||||||
|
|
||||||
|
public class ExtraInfo implements Serializable {
|
||||||
|
private String name;
|
||||||
|
|
||||||
|
private String typology;
|
||||||
|
|
||||||
|
private String provenance;
|
||||||
|
|
||||||
|
private String trust;
|
||||||
|
|
||||||
|
// json containing a Citation or Statistics
|
||||||
|
private String value;
|
||||||
|
|
||||||
|
public String getName() {
|
||||||
|
return name;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setName(String name) {
|
||||||
|
this.name = name;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public String getTypology() {
|
||||||
|
return typology;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setTypology(String typology) {
|
||||||
|
this.typology = typology;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public String getProvenance() {
|
||||||
|
return provenance;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setProvenance(String provenance) {
|
||||||
|
this.provenance = provenance;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public String getTrust() {
|
||||||
|
return trust;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setTrust(String trust) {
|
||||||
|
this.trust = trust;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public String getValue() {
|
||||||
|
return value;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setValue(String value) {
|
||||||
|
this.value = value;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
@Override
|
||||||
|
public boolean equals(Object o) {
|
||||||
|
if (this == o)
|
||||||
|
return true;
|
||||||
|
if (o == null || getClass() != o.getClass())
|
||||||
|
return false;
|
||||||
|
ExtraInfo extraInfo = (ExtraInfo) o;
|
||||||
|
return Objects.equals(name, extraInfo.name)
|
||||||
|
&& Objects.equals(typology, extraInfo.typology)
|
||||||
|
&& Objects.equals(provenance, extraInfo.provenance)
|
||||||
|
&& Objects.equals(trust, extraInfo.trust)
|
||||||
|
&& Objects.equals(value, extraInfo.value);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
@Override
|
||||||
|
public int hashCode() {
|
||||||
|
return Objects.hash(name, typology, provenance, trust, value);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
|
@ -0,0 +1,45 @@
|
||||||
|
|
||||||
|
package eu.dnetlib.dhp.schema.oaf;
|
||||||
|
|
||||||
|
import java.io.Serializable;
|
||||||
|
import java.util.Objects;
|
||||||
|
|
||||||
|
public class Field<T> implements Serializable {
|
||||||
|
|
||||||
|
private T value;
|
||||||
|
|
||||||
|
private DataInfo dataInfo;
|
||||||
|
|
||||||
|
public T getValue() {
|
||||||
|
return value;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setValue(T value) {
|
||||||
|
this.value = value;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public DataInfo getDataInfo() {
|
||||||
|
return dataInfo;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setDataInfo(DataInfo dataInfo) {
|
||||||
|
this.dataInfo = dataInfo;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
@Override
|
||||||
|
public int hashCode() {
|
||||||
|
return getValue() == null ? 0 : getValue().hashCode();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
@Override
|
||||||
|
public boolean equals(Object obj) {
|
||||||
|
if (this == obj)
|
||||||
|
return true;
|
||||||
|
if (obj == null)
|
||||||
|
return false;
|
||||||
|
if (getClass() != obj.getClass())
|
||||||
|
return false;
|
||||||
|
Field<T> other = (Field<T>) obj;
|
||||||
|
return Objects.equals(getValue(), other.getValue());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
|
@ -0,0 +1,76 @@
|
||||||
|
|
||||||
|
package eu.dnetlib.dhp.schema.oaf;
|
||||||
|
|
||||||
|
import java.io.Serializable;
|
||||||
|
|
||||||
|
import org.apache.commons.lang3.StringUtils;
|
||||||
|
|
||||||
|
import com.fasterxml.jackson.annotation.JsonIgnore;
|
||||||
|
|
||||||
|
public class GeoLocation implements Serializable {
|
||||||
|
|
||||||
|
private String point;
|
||||||
|
|
||||||
|
private String box;
|
||||||
|
|
||||||
|
private String place;
|
||||||
|
|
||||||
|
public String getPoint() {
|
||||||
|
return point;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setPoint(String point) {
|
||||||
|
this.point = point;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public String getBox() {
|
||||||
|
return box;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setBox(String box) {
|
||||||
|
this.box = box;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public String getPlace() {
|
||||||
|
return place;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setPlace(String place) {
|
||||||
|
this.place = place;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
@JsonIgnore
|
||||||
|
public boolean isBlank() {
|
||||||
|
return StringUtils.isBlank(point) && StringUtils.isBlank(box) && StringUtils.isBlank(place);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public String toComparableString() {
|
||||||
|
return isBlank()
|
||||||
|
? ""
|
||||||
|
: String
|
||||||
|
.format(
|
||||||
|
"%s::%s%s",
|
||||||
|
point != null ? point.toLowerCase() : "",
|
||||||
|
box != null ? box.toLowerCase() : "",
|
||||||
|
place != null ? place.toLowerCase() : "");
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
@Override
|
||||||
|
public int hashCode() {
|
||||||
|
return toComparableString().hashCode();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
@Override
|
||||||
|
public boolean equals(Object obj) {
|
||||||
|
if (this == obj)
|
||||||
|
return true;
|
||||||
|
if (obj == null)
|
||||||
|
return false;
|
||||||
|
if (getClass() != obj.getClass())
|
||||||
|
return false;
|
||||||
|
|
||||||
|
GeoLocation other = (GeoLocation) obj;
|
||||||
|
|
||||||
|
return toComparableString().equals(other.toComparableString());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
|
@ -0,0 +1,152 @@
|
||||||
|
|
||||||
|
package eu.dnetlib.dhp.schema.oaf;
|
||||||
|
|
||||||
|
import java.io.Serializable;
|
||||||
|
import java.util.List;
|
||||||
|
|
||||||
|
public class Instance implements Serializable {
|
||||||
|
|
||||||
|
private Field<String> license;
|
||||||
|
|
||||||
|
private Qualifier accessright;
|
||||||
|
|
||||||
|
private Qualifier instancetype;
|
||||||
|
|
||||||
|
private KeyValue hostedby;
|
||||||
|
|
||||||
|
private List<String> url;
|
||||||
|
|
||||||
|
// other research products specifc
|
||||||
|
private String distributionlocation;
|
||||||
|
|
||||||
|
private KeyValue collectedfrom;
|
||||||
|
|
||||||
|
private Field<String> dateofacceptance;
|
||||||
|
|
||||||
|
// ( article | book ) processing charges. Defined here to cope with possible wrongly typed
|
||||||
|
// results
|
||||||
|
private Field<String> processingchargeamount;
|
||||||
|
|
||||||
|
// currency - alphabetic code describe in ISO-4217. Defined here to cope with possible wrongly
|
||||||
|
// typed results
|
||||||
|
private Field<String> processingchargecurrency;
|
||||||
|
|
||||||
|
private Qualifier refereed; // peer-review status
|
||||||
|
|
||||||
|
public Field<String> getLicense() {
|
||||||
|
return license;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setLicense(Field<String> license) {
|
||||||
|
this.license = license;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Qualifier getAccessright() {
|
||||||
|
return accessright;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setAccessright(Qualifier accessright) {
|
||||||
|
this.accessright = accessright;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Qualifier getInstancetype() {
|
||||||
|
return instancetype;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setInstancetype(Qualifier instancetype) {
|
||||||
|
this.instancetype = instancetype;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public KeyValue getHostedby() {
|
||||||
|
return hostedby;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setHostedby(KeyValue hostedby) {
|
||||||
|
this.hostedby = hostedby;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public List<String> getUrl() {
|
||||||
|
return url;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setUrl(List<String> url) {
|
||||||
|
this.url = url;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public String getDistributionlocation() {
|
||||||
|
return distributionlocation;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setDistributionlocation(String distributionlocation) {
|
||||||
|
this.distributionlocation = distributionlocation;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public KeyValue getCollectedfrom() {
|
||||||
|
return collectedfrom;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setCollectedfrom(KeyValue collectedfrom) {
|
||||||
|
this.collectedfrom = collectedfrom;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Field<String> getDateofacceptance() {
|
||||||
|
return dateofacceptance;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setDateofacceptance(Field<String> dateofacceptance) {
|
||||||
|
this.dateofacceptance = dateofacceptance;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Field<String> getProcessingchargeamount() {
|
||||||
|
return processingchargeamount;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setProcessingchargeamount(Field<String> processingchargeamount) {
|
||||||
|
this.processingchargeamount = processingchargeamount;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Field<String> getProcessingchargecurrency() {
|
||||||
|
return processingchargecurrency;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setProcessingchargecurrency(Field<String> processingchargecurrency) {
|
||||||
|
this.processingchargecurrency = processingchargecurrency;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Qualifier getRefereed() {
|
||||||
|
return refereed;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setRefereed(Qualifier refereed) {
|
||||||
|
this.refereed = refereed;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public String toComparableString() {
|
||||||
|
return String
|
||||||
|
.format(
|
||||||
|
"%s::%s::%s::%s",
|
||||||
|
hostedby != null && hostedby.getKey() != null ? hostedby.getKey().toLowerCase() : "",
|
||||||
|
accessright != null && accessright.getClassid() != null ? accessright.getClassid() : "",
|
||||||
|
instancetype != null && instancetype.getClassid() != null ? instancetype.getClassid() : "",
|
||||||
|
url != null ? url : "");
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
@Override
|
||||||
|
public int hashCode() {
|
||||||
|
return toComparableString().hashCode();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
@Override
|
||||||
|
public boolean equals(Object obj) {
|
||||||
|
if (this == obj)
|
||||||
|
return true;
|
||||||
|
if (obj == null)
|
||||||
|
return false;
|
||||||
|
if (getClass() != obj.getClass())
|
||||||
|
return false;
|
||||||
|
|
||||||
|
Instance other = (Instance) obj;
|
||||||
|
|
||||||
|
return toComparableString().equals(other.toComparableString());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
|
@ -0,0 +1,167 @@
|
||||||
|
|
||||||
|
package eu.dnetlib.dhp.schema.oaf;
|
||||||
|
|
||||||
|
import java.io.Serializable;
|
||||||
|
import java.util.Objects;
|
||||||
|
|
||||||
|
public class Journal implements Serializable {
|
||||||
|
|
||||||
|
private String name;
|
||||||
|
|
||||||
|
private String issnPrinted;
|
||||||
|
|
||||||
|
private String issnOnline;
|
||||||
|
|
||||||
|
private String issnLinking;
|
||||||
|
|
||||||
|
private String ep;
|
||||||
|
|
||||||
|
private String iss;
|
||||||
|
|
||||||
|
private String sp;
|
||||||
|
|
||||||
|
private String vol;
|
||||||
|
|
||||||
|
private String edition;
|
||||||
|
|
||||||
|
private String conferenceplace;
|
||||||
|
|
||||||
|
private String conferencedate;
|
||||||
|
|
||||||
|
private DataInfo dataInfo;
|
||||||
|
|
||||||
|
public String getName() {
|
||||||
|
return name;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setName(String name) {
|
||||||
|
this.name = name;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public String getIssnPrinted() {
|
||||||
|
return issnPrinted;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setIssnPrinted(String issnPrinted) {
|
||||||
|
this.issnPrinted = issnPrinted;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public String getIssnOnline() {
|
||||||
|
return issnOnline;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setIssnOnline(String issnOnline) {
|
||||||
|
this.issnOnline = issnOnline;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public String getIssnLinking() {
|
||||||
|
return issnLinking;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setIssnLinking(String issnLinking) {
|
||||||
|
this.issnLinking = issnLinking;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public String getEp() {
|
||||||
|
return ep;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setEp(String ep) {
|
||||||
|
this.ep = ep;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public String getIss() {
|
||||||
|
return iss;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setIss(String iss) {
|
||||||
|
this.iss = iss;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public String getSp() {
|
||||||
|
return sp;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setSp(String sp) {
|
||||||
|
this.sp = sp;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public String getVol() {
|
||||||
|
return vol;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setVol(String vol) {
|
||||||
|
this.vol = vol;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public String getEdition() {
|
||||||
|
return edition;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setEdition(String edition) {
|
||||||
|
this.edition = edition;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public String getConferenceplace() {
|
||||||
|
return conferenceplace;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setConferenceplace(String conferenceplace) {
|
||||||
|
this.conferenceplace = conferenceplace;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public String getConferencedate() {
|
||||||
|
return conferencedate;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setConferencedate(String conferencedate) {
|
||||||
|
this.conferencedate = conferencedate;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public DataInfo getDataInfo() {
|
||||||
|
return dataInfo;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setDataInfo(DataInfo dataInfo) {
|
||||||
|
this.dataInfo = dataInfo;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
@Override
|
||||||
|
public boolean equals(Object o) {
|
||||||
|
if (this == o)
|
||||||
|
return true;
|
||||||
|
if (o == null || getClass() != o.getClass())
|
||||||
|
return false;
|
||||||
|
Journal journal = (Journal) o;
|
||||||
|
return Objects.equals(name, journal.name)
|
||||||
|
&& Objects.equals(issnPrinted, journal.issnPrinted)
|
||||||
|
&& Objects.equals(issnOnline, journal.issnOnline)
|
||||||
|
&& Objects.equals(issnLinking, journal.issnLinking)
|
||||||
|
&& Objects.equals(ep, journal.ep)
|
||||||
|
&& Objects.equals(iss, journal.iss)
|
||||||
|
&& Objects.equals(sp, journal.sp)
|
||||||
|
&& Objects.equals(vol, journal.vol)
|
||||||
|
&& Objects.equals(edition, journal.edition)
|
||||||
|
&& Objects.equals(conferenceplace, journal.conferenceplace)
|
||||||
|
&& Objects.equals(conferencedate, journal.conferencedate)
|
||||||
|
&& Objects.equals(dataInfo, journal.dataInfo);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
@Override
|
||||||
|
public int hashCode() {
|
||||||
|
return Objects
|
||||||
|
.hash(
|
||||||
|
name,
|
||||||
|
issnPrinted,
|
||||||
|
issnOnline,
|
||||||
|
issnLinking,
|
||||||
|
ep,
|
||||||
|
iss,
|
||||||
|
sp,
|
||||||
|
vol,
|
||||||
|
edition,
|
||||||
|
conferenceplace,
|
||||||
|
conferencedate,
|
||||||
|
dataInfo);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
|
@ -0,0 +1,74 @@
|
||||||
|
|
||||||
|
package eu.dnetlib.dhp.schema.oaf;
|
||||||
|
|
||||||
|
import java.io.Serializable;
|
||||||
|
|
||||||
|
import org.apache.commons.lang3.StringUtils;
|
||||||
|
|
||||||
|
import com.fasterxml.jackson.annotation.JsonIgnore;
|
||||||
|
|
||||||
|
public class KeyValue implements Serializable {
|
||||||
|
|
||||||
|
private String key;
|
||||||
|
|
||||||
|
private String value;
|
||||||
|
|
||||||
|
private DataInfo dataInfo;
|
||||||
|
|
||||||
|
public String getKey() {
|
||||||
|
return key;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setKey(String key) {
|
||||||
|
this.key = key;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public String getValue() {
|
||||||
|
return value;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setValue(String value) {
|
||||||
|
this.value = value;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public DataInfo getDataInfo() {
|
||||||
|
return dataInfo;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setDataInfo(DataInfo dataInfo) {
|
||||||
|
this.dataInfo = dataInfo;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public String toComparableString() {
|
||||||
|
return isBlank()
|
||||||
|
? ""
|
||||||
|
: String
|
||||||
|
.format(
|
||||||
|
"%s::%s",
|
||||||
|
key != null ? key.toLowerCase() : "", value != null ? value.toLowerCase() : "");
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
@JsonIgnore
|
||||||
|
public boolean isBlank() {
|
||||||
|
return StringUtils.isBlank(key) && StringUtils.isBlank(value);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
@Override
|
||||||
|
public int hashCode() {
|
||||||
|
return toComparableString().hashCode();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
@Override
|
||||||
|
public boolean equals(Object obj) {
|
||||||
|
if (this == obj)
|
||||||
|
return true;
|
||||||
|
if (obj == null)
|
||||||
|
return false;
|
||||||
|
if (getClass() != obj.getClass())
|
||||||
|
return false;
|
||||||
|
|
||||||
|
KeyValue other = (KeyValue) obj;
|
||||||
|
|
||||||
|
return toComparableString().equals(other.toComparableString());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
|
@ -0,0 +1,59 @@
|
||||||
|
|
||||||
|
package eu.dnetlib.dhp.schema.oaf;
|
||||||
|
|
||||||
|
import java.util.List;
|
||||||
|
|
||||||
|
import com.google.common.base.Objects;
|
||||||
|
|
||||||
|
/**
|
||||||
|
* Represent a measure, must be further described by a system available resource providing name and descriptions.
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
public class Measure {
|
||||||
|
|
||||||
|
/**
|
||||||
|
* Unique measure identifier.
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
private String id;
|
||||||
|
|
||||||
|
/**
|
||||||
|
* List of units associated with this measure. KeyValue provides a pair to store the laber (key) and the value, plus
|
||||||
|
* common provenance information.
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
private List<KeyValue> unit;
|
||||||
|
|
||||||
|
public String getId() {
|
||||||
|
return id;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setId(String id) {
|
||||||
|
this.id = id;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public List<KeyValue> getUnit() {
|
||||||
|
return unit;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setUnit(List<KeyValue> unit) {
|
||||||
|
this.unit = unit;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void mergeFrom(Measure m) {
|
||||||
|
// TODO
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
@Override
|
||||||
|
public boolean equals(Object o) {
|
||||||
|
if (this == o)
|
||||||
|
return true;
|
||||||
|
if (o == null || getClass() != o.getClass())
|
||||||
|
return false;
|
||||||
|
Measure measure = (Measure) o;
|
||||||
|
return Objects.equal(id, measure.id) &&
|
||||||
|
Objects.equal(unit, measure.unit);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
@Override
|
||||||
|
public int hashCode() {
|
||||||
|
return Objects.hashCode(id, unit);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
|
@ -0,0 +1,33 @@
|
||||||
|
|
||||||
|
package eu.dnetlib.dhp.schema.oaf;
|
||||||
|
|
||||||
|
import java.io.Serializable;
|
||||||
|
import java.util.Objects;
|
||||||
|
|
||||||
|
public class OAIProvenance implements Serializable {
|
||||||
|
|
||||||
|
private OriginDescription originDescription;
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|
|
||||||
|
public OriginDescription getOriginDescription() {
|
||||||
|
return originDescription;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setOriginDescription(OriginDescription originDescription) {
|
||||||
|
this.originDescription = originDescription;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
@Override
|
||||||
|
public boolean equals(Object o) {
|
||||||
|
if (this == o)
|
||||||
|
return true;
|
||||||
|
if (o == null || getClass() != o.getClass())
|
||||||
|
return false;
|
||||||
|
OAIProvenance that = (OAIProvenance) o;
|
||||||
|
return Objects.equals(originDescription, that.originDescription);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
@Override
|
||||||
|
public int hashCode() {
|
||||||
|
return Objects.hash(originDescription);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
|
@ -0,0 +1,73 @@
|
||||||
|
|
||||||
|
package eu.dnetlib.dhp.schema.oaf;
|
||||||
|
|
||||||
|
import java.io.Serializable;
|
||||||
|
import java.util.List;
|
||||||
|
import java.util.Objects;
|
||||||
|
|
||||||
|
public abstract class Oaf implements Serializable {
|
||||||
|
|
||||||
|
/**
|
||||||
|
* The list of datasource id/name pairs providing this relationship.
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
protected List<KeyValue> collectedfrom;
|
||||||
|
|
||||||
|
private DataInfo dataInfo;
|
||||||
|
|
||||||
|
private Long lastupdatetimestamp;
|
||||||
|
|
||||||
|
public List<KeyValue> getCollectedfrom() {
|
||||||
|
return collectedfrom;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setCollectedfrom(List<KeyValue> collectedfrom) {
|
||||||
|
this.collectedfrom = collectedfrom;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public DataInfo getDataInfo() {
|
||||||
|
return dataInfo;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setDataInfo(DataInfo dataInfo) {
|
||||||
|
this.dataInfo = dataInfo;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Long getLastupdatetimestamp() {
|
||||||
|
return lastupdatetimestamp;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setLastupdatetimestamp(Long lastupdatetimestamp) {
|
||||||
|
this.lastupdatetimestamp = lastupdatetimestamp;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void mergeOAFDataInfo(Oaf e) {
|
||||||
|
if (e.getDataInfo() != null && compareTrust(this, e) < 0)
|
||||||
|
dataInfo = e.getDataInfo();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
protected String extractTrust(Oaf e) {
|
||||||
|
if (e == null || e.getDataInfo() == null || e.getDataInfo().getTrust() == null)
|
||||||
|
return "0.0";
|
||||||
|
return e.getDataInfo().getTrust();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
protected int compareTrust(Oaf a, Oaf b) {
|
||||||
|
return extractTrust(a).compareTo(extractTrust(b));
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
@Override
|
||||||
|
public boolean equals(Object o) {
|
||||||
|
if (this == o)
|
||||||
|
return true;
|
||||||
|
if (o == null || getClass() != o.getClass())
|
||||||
|
return false;
|
||||||
|
Oaf oaf = (Oaf) o;
|
||||||
|
return Objects.equals(dataInfo, oaf.dataInfo)
|
||||||
|
&& Objects.equals(lastupdatetimestamp, oaf.lastupdatetimestamp);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
@Override
|
||||||
|
public int hashCode() {
|
||||||
|
return Objects.hash(dataInfo, lastupdatetimestamp);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
|
@ -0,0 +1,130 @@
|
||||||
|
|
||||||
|
package eu.dnetlib.dhp.schema.oaf;
|
||||||
|
|
||||||
|
import java.io.Serializable;
|
||||||
|
import java.util.*;
|
||||||
|
import java.util.stream.Collectors;
|
||||||
|
|
||||||
|
public abstract class OafEntity extends Oaf implements Serializable {
|
||||||
|
|
||||||
|
private String id;
|
||||||
|
|
||||||
|
private List<String> originalId;
|
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|
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||||||
|
private List<StructuredProperty> pid;
|
||||||
|
|
||||||
|
private String dateofcollection;
|
||||||
|
|
||||||
|
private String dateoftransformation;
|
||||||
|
|
||||||
|
private List<ExtraInfo> extraInfo;
|
||||||
|
|
||||||
|
private OAIProvenance oaiprovenance;
|
||||||
|
|
||||||
|
public String getId() {
|
||||||
|
return id;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setId(String id) {
|
||||||
|
this.id = id;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public List<String> getOriginalId() {
|
||||||
|
return originalId;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setOriginalId(List<String> originalId) {
|
||||||
|
this.originalId = originalId;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public List<StructuredProperty> getPid() {
|
||||||
|
return pid;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setPid(List<StructuredProperty> pid) {
|
||||||
|
this.pid = pid;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public String getDateofcollection() {
|
||||||
|
return dateofcollection;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setDateofcollection(String dateofcollection) {
|
||||||
|
this.dateofcollection = dateofcollection;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public String getDateoftransformation() {
|
||||||
|
return dateoftransformation;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setDateoftransformation(String dateoftransformation) {
|
||||||
|
this.dateoftransformation = dateoftransformation;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public List<ExtraInfo> getExtraInfo() {
|
||||||
|
return extraInfo;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setExtraInfo(List<ExtraInfo> extraInfo) {
|
||||||
|
this.extraInfo = extraInfo;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public OAIProvenance getOaiprovenance() {
|
||||||
|
return oaiprovenance;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setOaiprovenance(OAIProvenance oaiprovenance) {
|
||||||
|
this.oaiprovenance = oaiprovenance;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void mergeFrom(OafEntity e) {
|
||||||
|
|
||||||
|
if (e == null)
|
||||||
|
return;
|
||||||
|
|
||||||
|
originalId = mergeLists(originalId, e.getOriginalId());
|
||||||
|
|
||||||
|
collectedfrom = mergeLists(collectedfrom, e.getCollectedfrom());
|
||||||
|
|
||||||
|
pid = mergeLists(pid, e.getPid());
|
||||||
|
|
||||||
|
if (e.getDateofcollection() != null && compareTrust(this, e) < 0)
|
||||||
|
dateofcollection = e.getDateofcollection();
|
||||||
|
|
||||||
|
if (e.getDateoftransformation() != null && compareTrust(this, e) < 0)
|
||||||
|
dateoftransformation = e.getDateoftransformation();
|
||||||
|
|
||||||
|
extraInfo = mergeLists(extraInfo, e.getExtraInfo());
|
||||||
|
|
||||||
|
if (e.getOaiprovenance() != null && compareTrust(this, e) < 0)
|
||||||
|
oaiprovenance = e.getOaiprovenance();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
protected <T> List<T> mergeLists(final List<T>... lists) {
|
||||||
|
|
||||||
|
return Arrays
|
||||||
|
.stream(lists)
|
||||||
|
.filter(Objects::nonNull)
|
||||||
|
.flatMap(List::stream)
|
||||||
|
.filter(Objects::nonNull)
|
||||||
|
.distinct()
|
||||||
|
.collect(Collectors.toList());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
@Override
|
||||||
|
public boolean equals(Object o) {
|
||||||
|
if (this == o)
|
||||||
|
return true;
|
||||||
|
if (o == null || getClass() != o.getClass())
|
||||||
|
return false;
|
||||||
|
if (!super.equals(o))
|
||||||
|
return false;
|
||||||
|
OafEntity oafEntity = (OafEntity) o;
|
||||||
|
return Objects.equals(id, oafEntity.id);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
@Override
|
||||||
|
public int hashCode() {
|
||||||
|
return Objects.hash(super.hashCode(), id);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
|
@ -0,0 +1,214 @@
|
||||||
|
|
||||||
|
package eu.dnetlib.dhp.schema.oaf;
|
||||||
|
|
||||||
|
import java.io.Serializable;
|
||||||
|
import java.util.List;
|
||||||
|
|
||||||
|
public class Organization extends OafEntity implements Serializable {
|
||||||
|
|
||||||
|
private Field<String> legalshortname;
|
||||||
|
|
||||||
|
private Field<String> legalname;
|
||||||
|
|
||||||
|
private List<Field<String>> alternativeNames;
|
||||||
|
|
||||||
|
private Field<String> websiteurl;
|
||||||
|
|
||||||
|
private Field<String> logourl;
|
||||||
|
|
||||||
|
private Field<String> eclegalbody;
|
||||||
|
|
||||||
|
private Field<String> eclegalperson;
|
||||||
|
|
||||||
|
private Field<String> ecnonprofit;
|
||||||
|
|
||||||
|
private Field<String> ecresearchorganization;
|
||||||
|
|
||||||
|
private Field<String> echighereducation;
|
||||||
|
|
||||||
|
private Field<String> ecinternationalorganizationeurinterests;
|
||||||
|
|
||||||
|
private Field<String> ecinternationalorganization;
|
||||||
|
|
||||||
|
private Field<String> ecenterprise;
|
||||||
|
|
||||||
|
private Field<String> ecsmevalidated;
|
||||||
|
|
||||||
|
private Field<String> ecnutscode;
|
||||||
|
|
||||||
|
private Qualifier country;
|
||||||
|
|
||||||
|
public Field<String> getLegalshortname() {
|
||||||
|
return legalshortname;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setLegalshortname(Field<String> legalshortname) {
|
||||||
|
this.legalshortname = legalshortname;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Field<String> getLegalname() {
|
||||||
|
return legalname;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setLegalname(Field<String> legalname) {
|
||||||
|
this.legalname = legalname;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public List<Field<String>> getAlternativeNames() {
|
||||||
|
return alternativeNames;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setAlternativeNames(List<Field<String>> alternativeNames) {
|
||||||
|
this.alternativeNames = alternativeNames;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Field<String> getWebsiteurl() {
|
||||||
|
return websiteurl;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setWebsiteurl(Field<String> websiteurl) {
|
||||||
|
this.websiteurl = websiteurl;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Field<String> getLogourl() {
|
||||||
|
return logourl;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setLogourl(Field<String> logourl) {
|
||||||
|
this.logourl = logourl;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Field<String> getEclegalbody() {
|
||||||
|
return eclegalbody;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setEclegalbody(Field<String> eclegalbody) {
|
||||||
|
this.eclegalbody = eclegalbody;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Field<String> getEclegalperson() {
|
||||||
|
return eclegalperson;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setEclegalperson(Field<String> eclegalperson) {
|
||||||
|
this.eclegalperson = eclegalperson;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Field<String> getEcnonprofit() {
|
||||||
|
return ecnonprofit;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setEcnonprofit(Field<String> ecnonprofit) {
|
||||||
|
this.ecnonprofit = ecnonprofit;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Field<String> getEcresearchorganization() {
|
||||||
|
return ecresearchorganization;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setEcresearchorganization(Field<String> ecresearchorganization) {
|
||||||
|
this.ecresearchorganization = ecresearchorganization;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Field<String> getEchighereducation() {
|
||||||
|
return echighereducation;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setEchighereducation(Field<String> echighereducation) {
|
||||||
|
this.echighereducation = echighereducation;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Field<String> getEcinternationalorganizationeurinterests() {
|
||||||
|
return ecinternationalorganizationeurinterests;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setEcinternationalorganizationeurinterests(
|
||||||
|
Field<String> ecinternationalorganizationeurinterests) {
|
||||||
|
this.ecinternationalorganizationeurinterests = ecinternationalorganizationeurinterests;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Field<String> getEcinternationalorganization() {
|
||||||
|
return ecinternationalorganization;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setEcinternationalorganization(Field<String> ecinternationalorganization) {
|
||||||
|
this.ecinternationalorganization = ecinternationalorganization;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Field<String> getEcenterprise() {
|
||||||
|
return ecenterprise;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setEcenterprise(Field<String> ecenterprise) {
|
||||||
|
this.ecenterprise = ecenterprise;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Field<String> getEcsmevalidated() {
|
||||||
|
return ecsmevalidated;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setEcsmevalidated(Field<String> ecsmevalidated) {
|
||||||
|
this.ecsmevalidated = ecsmevalidated;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Field<String> getEcnutscode() {
|
||||||
|
return ecnutscode;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setEcnutscode(Field<String> ecnutscode) {
|
||||||
|
this.ecnutscode = ecnutscode;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Qualifier getCountry() {
|
||||||
|
return country;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setCountry(Qualifier country) {
|
||||||
|
this.country = country;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
@Override
|
||||||
|
public void mergeFrom(OafEntity e) {
|
||||||
|
super.mergeFrom(e);
|
||||||
|
|
||||||
|
if (!Organization.class.isAssignableFrom(e.getClass())) {
|
||||||
|
return;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
final Organization o = (Organization) e;
|
||||||
|
legalshortname = o.getLegalshortname() != null && compareTrust(this, e) < 0
|
||||||
|
? o.getLegalshortname()
|
||||||
|
: legalshortname;
|
||||||
|
legalname = o.getLegalname() != null && compareTrust(this, e) < 0 ? o.getLegalname() : legalname;
|
||||||
|
alternativeNames = mergeLists(o.getAlternativeNames(), alternativeNames);
|
||||||
|
websiteurl = o.getWebsiteurl() != null && compareTrust(this, e) < 0 ? o.getWebsiteurl() : websiteurl;
|
||||||
|
logourl = o.getLogourl() != null && compareTrust(this, e) < 0 ? o.getLogourl() : logourl;
|
||||||
|
eclegalbody = o.getEclegalbody() != null && compareTrust(this, e) < 0 ? o.getEclegalbody() : eclegalbody;
|
||||||
|
eclegalperson = o.getEclegalperson() != null && compareTrust(this, e) < 0
|
||||||
|
? o.getEclegalperson()
|
||||||
|
: eclegalperson;
|
||||||
|
ecnonprofit = o.getEcnonprofit() != null && compareTrust(this, e) < 0 ? o.getEcnonprofit() : ecnonprofit;
|
||||||
|
ecresearchorganization = o.getEcresearchorganization() != null && compareTrust(this, e) < 0
|
||||||
|
? o.getEcresearchorganization()
|
||||||
|
: ecresearchorganization;
|
||||||
|
echighereducation = o.getEchighereducation() != null && compareTrust(this, e) < 0
|
||||||
|
? o.getEchighereducation()
|
||||||
|
: echighereducation;
|
||||||
|
ecinternationalorganizationeurinterests = o.getEcinternationalorganizationeurinterests() != null
|
||||||
|
&& compareTrust(this, e) < 0
|
||||||
|
? o.getEcinternationalorganizationeurinterests()
|
||||||
|
: ecinternationalorganizationeurinterests;
|
||||||
|
ecinternationalorganization = o.getEcinternationalorganization() != null && compareTrust(this, e) < 0
|
||||||
|
? o.getEcinternationalorganization()
|
||||||
|
: ecinternationalorganization;
|
||||||
|
ecenterprise = o.getEcenterprise() != null && compareTrust(this, e) < 0
|
||||||
|
? o.getEcenterprise()
|
||||||
|
: ecenterprise;
|
||||||
|
ecsmevalidated = o.getEcsmevalidated() != null && compareTrust(this, e) < 0
|
||||||
|
? o.getEcsmevalidated()
|
||||||
|
: ecsmevalidated;
|
||||||
|
ecnutscode = o.getEcnutscode() != null && compareTrust(this, e) < 0 ? o.getEcnutscode() : ecnutscode;
|
||||||
|
country = o.getCountry() != null && compareTrust(this, e) < 0 ? o.getCountry() : country;
|
||||||
|
mergeOAFDataInfo(o);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
|
@ -0,0 +1,88 @@
|
||||||
|
|
||||||
|
package eu.dnetlib.dhp.schema.oaf;
|
||||||
|
|
||||||
|
import java.io.Serializable;
|
||||||
|
import java.util.Objects;
|
||||||
|
|
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|
public class OriginDescription implements Serializable {
|
||||||
|
|
||||||
|
private String harvestDate;
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|
private Boolean altered = true;
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|
private String baseURL;
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|
private String identifier;
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|
private String datestamp;
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|
private String metadataNamespace;
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|
public String getHarvestDate() {
|
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|
return harvestDate;
|
||||||
|
}
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||||||
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|
public void setHarvestDate(String harvestDate) {
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|
this.harvestDate = harvestDate;
|
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|
}
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|
public Boolean getAltered() {
|
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|
return altered;
|
||||||
|
}
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||||||
|
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|
public void setAltered(Boolean altered) {
|
||||||
|
this.altered = altered;
|
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|
}
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|
public String getBaseURL() {
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|
return baseURL;
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|
}
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|
public void setBaseURL(String baseURL) {
|
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|
this.baseURL = baseURL;
|
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|
}
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||||||
|
public String getIdentifier() {
|
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|
return identifier;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setIdentifier(String identifier) {
|
||||||
|
this.identifier = identifier;
|
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|
}
|
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|
|
||||||
|
public String getDatestamp() {
|
||||||
|
return datestamp;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setDatestamp(String datestamp) {
|
||||||
|
this.datestamp = datestamp;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public String getMetadataNamespace() {
|
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|
return metadataNamespace;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
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||||||
|
public void setMetadataNamespace(String metadataNamespace) {
|
||||||
|
this.metadataNamespace = metadataNamespace;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
@Override
|
||||||
|
public boolean equals(Object o) {
|
||||||
|
if (this == o)
|
||||||
|
return true;
|
||||||
|
if (o == null || getClass() != o.getClass())
|
||||||
|
return false;
|
||||||
|
OriginDescription that = (OriginDescription) o;
|
||||||
|
return Objects.equals(harvestDate, that.harvestDate)
|
||||||
|
&& Objects.equals(altered, that.altered)
|
||||||
|
&& Objects.equals(baseURL, that.baseURL)
|
||||||
|
&& Objects.equals(identifier, that.identifier)
|
||||||
|
&& Objects.equals(datestamp, that.datestamp)
|
||||||
|
&& Objects.equals(metadataNamespace, that.metadataNamespace);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
@Override
|
||||||
|
public int hashCode() {
|
||||||
|
return Objects.hash(harvestDate, altered, baseURL, identifier, datestamp, metadataNamespace);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
|
@ -0,0 +1,60 @@
|
||||||
|
|
||||||
|
package eu.dnetlib.dhp.schema.oaf;
|
||||||
|
|
||||||
|
import java.io.Serializable;
|
||||||
|
import java.util.List;
|
||||||
|
|
||||||
|
import eu.dnetlib.dhp.schema.common.ModelConstants;
|
||||||
|
|
||||||
|
public class OtherResearchProduct extends Result implements Serializable {
|
||||||
|
|
||||||
|
private List<Field<String>> contactperson;
|
||||||
|
|
||||||
|
private List<Field<String>> contactgroup;
|
||||||
|
|
||||||
|
private List<Field<String>> tool;
|
||||||
|
|
||||||
|
public OtherResearchProduct() {
|
||||||
|
setResulttype(ModelConstants.ORP_DEFAULT_RESULTTYPE);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public List<Field<String>> getContactperson() {
|
||||||
|
return contactperson;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setContactperson(List<Field<String>> contactperson) {
|
||||||
|
this.contactperson = contactperson;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public List<Field<String>> getContactgroup() {
|
||||||
|
return contactgroup;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setContactgroup(List<Field<String>> contactgroup) {
|
||||||
|
this.contactgroup = contactgroup;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public List<Field<String>> getTool() {
|
||||||
|
return tool;
|
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|
}
|
||||||
|
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||||||
|
public void setTool(List<Field<String>> tool) {
|
||||||
|
this.tool = tool;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
@Override
|
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|
public void mergeFrom(OafEntity e) {
|
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|
super.mergeFrom(e);
|
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|
|
||||||
|
if (!OtherResearchProduct.class.isAssignableFrom(e.getClass())) {
|
||||||
|
return;
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|
}
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|
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||||||
|
OtherResearchProduct o = (OtherResearchProduct) e;
|
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||||||
|
contactperson = mergeLists(contactperson, o.getContactperson());
|
||||||
|
contactgroup = mergeLists(contactgroup, o.getContactgroup());
|
||||||
|
tool = mergeLists(tool, o.getTool());
|
||||||
|
mergeOAFDataInfo(e);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
|
@ -0,0 +1,38 @@
|
||||||
|
|
||||||
|
package eu.dnetlib.dhp.schema.oaf;
|
||||||
|
|
||||||
|
import java.io.Serializable;
|
||||||
|
import java.util.Objects;
|
||||||
|
|
||||||
|
public class Programme implements Serializable {
|
||||||
|
private String code;
|
||||||
|
private String description;
|
||||||
|
|
||||||
|
public String getCode() {
|
||||||
|
return code;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
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|
public void setCode(String code) {
|
||||||
|
this.code = code;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public String getDescription() {
|
||||||
|
return description;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setDescription(String description) {
|
||||||
|
this.description = description;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
@Override
|
||||||
|
public boolean equals(Object o) {
|
||||||
|
if (this == o)
|
||||||
|
return true;
|
||||||
|
if (o == null || getClass() != o.getClass())
|
||||||
|
return false;
|
||||||
|
|
||||||
|
Programme programme = (Programme) o;
|
||||||
|
return Objects.equals(code, programme.code);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
}
|
|
@ -0,0 +1,338 @@
|
||||||
|
|
||||||
|
package eu.dnetlib.dhp.schema.oaf;
|
||||||
|
|
||||||
|
import java.io.Serializable;
|
||||||
|
import java.util.List;
|
||||||
|
|
||||||
|
public class Project extends OafEntity implements Serializable {
|
||||||
|
|
||||||
|
private Field<String> websiteurl;
|
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|
|
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|
private Field<String> code;
|
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|
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|
private Field<String> acronym;
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|
private Field<String> title;
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|
private Field<String> startdate;
|
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|
|
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|
private Field<String> enddate;
|
||||||
|
|
||||||
|
private Field<String> callidentifier;
|
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|
|
||||||
|
private Field<String> keywords;
|
||||||
|
|
||||||
|
private Field<String> duration;
|
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|
|
||||||
|
private Field<String> ecsc39;
|
||||||
|
|
||||||
|
private Field<String> oamandatepublications;
|
||||||
|
|
||||||
|
private Field<String> ecarticle29_3;
|
||||||
|
|
||||||
|
private List<StructuredProperty> subjects;
|
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|
|
||||||
|
private List<Field<String>> fundingtree;
|
||||||
|
|
||||||
|
private Qualifier contracttype;
|
||||||
|
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|
private Field<String> optional1;
|
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|
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|
private Field<String> optional2;
|
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|
|
||||||
|
private Field<String> jsonextrainfo;
|
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|
private Field<String> contactfullname;
|
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|
|
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|
private Field<String> contactfax;
|
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|
private Field<String> contactphone;
|
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|
|
||||||
|
private Field<String> contactemail;
|
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|
private Field<String> summary;
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|
private Field<String> currency;
|
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|
private Float totalcost;
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private Float fundedamount;
|
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|
private List<Programme> programme;
|
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|
public Field<String> getWebsiteurl() {
|
||||||
|
return websiteurl;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setWebsiteurl(Field<String> websiteurl) {
|
||||||
|
this.websiteurl = websiteurl;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Field<String> getCode() {
|
||||||
|
return code;
|
||||||
|
}
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||||||
|
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||||||
|
public void setCode(Field<String> code) {
|
||||||
|
this.code = code;
|
||||||
|
}
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||||||
|
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||||||
|
public Field<String> getAcronym() {
|
||||||
|
return acronym;
|
||||||
|
}
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||||||
|
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|
public void setAcronym(Field<String> acronym) {
|
||||||
|
this.acronym = acronym;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Field<String> getTitle() {
|
||||||
|
return title;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setTitle(Field<String> title) {
|
||||||
|
this.title = title;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Field<String> getStartdate() {
|
||||||
|
return startdate;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setStartdate(Field<String> startdate) {
|
||||||
|
this.startdate = startdate;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Field<String> getEnddate() {
|
||||||
|
return enddate;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setEnddate(Field<String> enddate) {
|
||||||
|
this.enddate = enddate;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Field<String> getCallidentifier() {
|
||||||
|
return callidentifier;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setCallidentifier(Field<String> callidentifier) {
|
||||||
|
this.callidentifier = callidentifier;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Field<String> getKeywords() {
|
||||||
|
return keywords;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setKeywords(Field<String> keywords) {
|
||||||
|
this.keywords = keywords;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Field<String> getDuration() {
|
||||||
|
return duration;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setDuration(Field<String> duration) {
|
||||||
|
this.duration = duration;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Field<String> getEcsc39() {
|
||||||
|
return ecsc39;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setEcsc39(Field<String> ecsc39) {
|
||||||
|
this.ecsc39 = ecsc39;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Field<String> getOamandatepublications() {
|
||||||
|
return oamandatepublications;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setOamandatepublications(Field<String> oamandatepublications) {
|
||||||
|
this.oamandatepublications = oamandatepublications;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Field<String> getEcarticle29_3() {
|
||||||
|
return ecarticle29_3;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setEcarticle29_3(Field<String> ecarticle29_3) {
|
||||||
|
this.ecarticle29_3 = ecarticle29_3;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public List<StructuredProperty> getSubjects() {
|
||||||
|
return subjects;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setSubjects(List<StructuredProperty> subjects) {
|
||||||
|
this.subjects = subjects;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public List<Field<String>> getFundingtree() {
|
||||||
|
return fundingtree;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setFundingtree(List<Field<String>> fundingtree) {
|
||||||
|
this.fundingtree = fundingtree;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Qualifier getContracttype() {
|
||||||
|
return contracttype;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setContracttype(Qualifier contracttype) {
|
||||||
|
this.contracttype = contracttype;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Field<String> getOptional1() {
|
||||||
|
return optional1;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setOptional1(Field<String> optional1) {
|
||||||
|
this.optional1 = optional1;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Field<String> getOptional2() {
|
||||||
|
return optional2;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setOptional2(Field<String> optional2) {
|
||||||
|
this.optional2 = optional2;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Field<String> getJsonextrainfo() {
|
||||||
|
return jsonextrainfo;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setJsonextrainfo(Field<String> jsonextrainfo) {
|
||||||
|
this.jsonextrainfo = jsonextrainfo;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Field<String> getContactfullname() {
|
||||||
|
return contactfullname;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setContactfullname(Field<String> contactfullname) {
|
||||||
|
this.contactfullname = contactfullname;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Field<String> getContactfax() {
|
||||||
|
return contactfax;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setContactfax(Field<String> contactfax) {
|
||||||
|
this.contactfax = contactfax;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Field<String> getContactphone() {
|
||||||
|
return contactphone;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setContactphone(Field<String> contactphone) {
|
||||||
|
this.contactphone = contactphone;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Field<String> getContactemail() {
|
||||||
|
return contactemail;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setContactemail(Field<String> contactemail) {
|
||||||
|
this.contactemail = contactemail;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Field<String> getSummary() {
|
||||||
|
return summary;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setSummary(Field<String> summary) {
|
||||||
|
this.summary = summary;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Field<String> getCurrency() {
|
||||||
|
return currency;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setCurrency(Field<String> currency) {
|
||||||
|
this.currency = currency;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Float getTotalcost() {
|
||||||
|
return totalcost;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setTotalcost(Float totalcost) {
|
||||||
|
this.totalcost = totalcost;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Float getFundedamount() {
|
||||||
|
return fundedamount;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setFundedamount(Float fundedamount) {
|
||||||
|
this.fundedamount = fundedamount;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public List<Programme> getProgramme() {
|
||||||
|
return programme;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setProgramme(List<Programme> programme) {
|
||||||
|
this.programme = programme;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
@Override
|
||||||
|
public void mergeFrom(OafEntity e) {
|
||||||
|
super.mergeFrom(e);
|
||||||
|
|
||||||
|
if (!Project.class.isAssignableFrom(e.getClass())) {
|
||||||
|
return;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
Project p = (Project) e;
|
||||||
|
|
||||||
|
websiteurl = p.getWebsiteurl() != null && compareTrust(this, e) < 0 ? p.getWebsiteurl() : websiteurl;
|
||||||
|
code = p.getCode() != null && compareTrust(this, e) < 0 ? p.getCode() : code;
|
||||||
|
acronym = p.getAcronym() != null && compareTrust(this, e) < 0 ? p.getAcronym() : acronym;
|
||||||
|
title = p.getTitle() != null && compareTrust(this, e) < 0 ? p.getTitle() : title;
|
||||||
|
startdate = p.getStartdate() != null && compareTrust(this, e) < 0 ? p.getStartdate() : startdate;
|
||||||
|
enddate = p.getEnddate() != null && compareTrust(this, e) < 0 ? p.getEnddate() : enddate;
|
||||||
|
callidentifier = p.getCallidentifier() != null && compareTrust(this, e) < 0
|
||||||
|
? p.getCallidentifier()
|
||||||
|
: callidentifier;
|
||||||
|
keywords = p.getKeywords() != null && compareTrust(this, e) < 0 ? p.getKeywords() : keywords;
|
||||||
|
duration = p.getDuration() != null && compareTrust(this, e) < 0 ? p.getDuration() : duration;
|
||||||
|
ecsc39 = p.getEcsc39() != null && compareTrust(this, e) < 0 ? p.getEcsc39() : ecsc39;
|
||||||
|
oamandatepublications = p.getOamandatepublications() != null && compareTrust(this, e) < 0
|
||||||
|
? p.getOamandatepublications()
|
||||||
|
: oamandatepublications;
|
||||||
|
ecarticle29_3 = p.getEcarticle29_3() != null && compareTrust(this, e) < 0
|
||||||
|
? p.getEcarticle29_3()
|
||||||
|
: ecarticle29_3;
|
||||||
|
subjects = mergeLists(subjects, p.getSubjects());
|
||||||
|
fundingtree = mergeLists(fundingtree, p.getFundingtree());
|
||||||
|
contracttype = p.getContracttype() != null && compareTrust(this, e) < 0
|
||||||
|
? p.getContracttype()
|
||||||
|
: contracttype;
|
||||||
|
optional1 = p.getOptional1() != null && compareTrust(this, e) < 0 ? p.getOptional1() : optional1;
|
||||||
|
optional2 = p.getOptional2() != null && compareTrust(this, e) < 0 ? p.getOptional2() : optional2;
|
||||||
|
jsonextrainfo = p.getJsonextrainfo() != null && compareTrust(this, e) < 0
|
||||||
|
? p.getJsonextrainfo()
|
||||||
|
: jsonextrainfo;
|
||||||
|
contactfullname = p.getContactfullname() != null && compareTrust(this, e) < 0
|
||||||
|
? p.getContactfullname()
|
||||||
|
: contactfullname;
|
||||||
|
contactfax = p.getContactfax() != null && compareTrust(this, e) < 0 ? p.getContactfax() : contactfax;
|
||||||
|
contactphone = p.getContactphone() != null && compareTrust(this, e) < 0
|
||||||
|
? p.getContactphone()
|
||||||
|
: contactphone;
|
||||||
|
contactemail = p.getContactemail() != null && compareTrust(this, e) < 0
|
||||||
|
? p.getContactemail()
|
||||||
|
: contactemail;
|
||||||
|
summary = p.getSummary() != null && compareTrust(this, e) < 0 ? p.getSummary() : summary;
|
||||||
|
currency = p.getCurrency() != null && compareTrust(this, e) < 0 ? p.getCurrency() : currency;
|
||||||
|
totalcost = p.getTotalcost() != null && compareTrust(this, e) < 0 ? p.getTotalcost() : totalcost;
|
||||||
|
fundedamount = p.getFundedamount() != null && compareTrust(this, e) < 0
|
||||||
|
? p.getFundedamount()
|
||||||
|
: fundedamount;
|
||||||
|
|
||||||
|
programme = mergeLists(programme, p.getProgramme());
|
||||||
|
|
||||||
|
mergeOAFDataInfo(e);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
|
@ -0,0 +1,39 @@
|
||||||
|
|
||||||
|
package eu.dnetlib.dhp.schema.oaf;
|
||||||
|
|
||||||
|
import java.io.Serializable;
|
||||||
|
|
||||||
|
import eu.dnetlib.dhp.schema.common.ModelConstants;
|
||||||
|
|
||||||
|
public class Publication extends Result implements Serializable {
|
||||||
|
|
||||||
|
// publication specific
|
||||||
|
private Journal journal;
|
||||||
|
|
||||||
|
public Publication() {
|
||||||
|
setResulttype(ModelConstants.PUBLICATION_DEFAULT_RESULTTYPE);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Journal getJournal() {
|
||||||
|
return journal;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setJournal(Journal journal) {
|
||||||
|
this.journal = journal;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
@Override
|
||||||
|
public void mergeFrom(OafEntity e) {
|
||||||
|
super.mergeFrom(e);
|
||||||
|
|
||||||
|
if (!Publication.class.isAssignableFrom(e.getClass())) {
|
||||||
|
return;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
Publication p = (Publication) e;
|
||||||
|
|
||||||
|
if (p.getJournal() != null && compareTrust(this, e) < 0)
|
||||||
|
journal = p.getJournal();
|
||||||
|
mergeOAFDataInfo(e);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
|
@ -0,0 +1,87 @@
|
||||||
|
|
||||||
|
package eu.dnetlib.dhp.schema.oaf;
|
||||||
|
|
||||||
|
import java.io.Serializable;
|
||||||
|
|
||||||
|
import org.apache.commons.lang3.StringUtils;
|
||||||
|
|
||||||
|
import com.fasterxml.jackson.annotation.JsonIgnore;
|
||||||
|
|
||||||
|
public class Qualifier implements Serializable {
|
||||||
|
|
||||||
|
private String classid;
|
||||||
|
private String classname;
|
||||||
|
private String schemeid;
|
||||||
|
private String schemename;
|
||||||
|
|
||||||
|
public String getClassid() {
|
||||||
|
return classid;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setClassid(String classid) {
|
||||||
|
this.classid = classid;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public String getClassname() {
|
||||||
|
return classname;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setClassname(String classname) {
|
||||||
|
this.classname = classname;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public String getSchemeid() {
|
||||||
|
return schemeid;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setSchemeid(String schemeid) {
|
||||||
|
this.schemeid = schemeid;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public String getSchemename() {
|
||||||
|
return schemename;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setSchemename(String schemename) {
|
||||||
|
this.schemename = schemename;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public String toComparableString() {
|
||||||
|
return isBlank()
|
||||||
|
? ""
|
||||||
|
: String
|
||||||
|
.format(
|
||||||
|
"%s::%s::%s::%s",
|
||||||
|
classid != null ? classid : "",
|
||||||
|
classname != null ? classname : "",
|
||||||
|
schemeid != null ? schemeid : "",
|
||||||
|
schemename != null ? schemename : "");
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
@JsonIgnore
|
||||||
|
public boolean isBlank() {
|
||||||
|
return StringUtils.isBlank(classid)
|
||||||
|
&& StringUtils.isBlank(classname)
|
||||||
|
&& StringUtils.isBlank(schemeid)
|
||||||
|
&& StringUtils.isBlank(schemename);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
@Override
|
||||||
|
public int hashCode() {
|
||||||
|
return toComparableString().hashCode();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
@Override
|
||||||
|
public boolean equals(Object obj) {
|
||||||
|
if (this == obj)
|
||||||
|
return true;
|
||||||
|
if (obj == null)
|
||||||
|
return false;
|
||||||
|
if (getClass() != obj.getClass())
|
||||||
|
return false;
|
||||||
|
|
||||||
|
Qualifier other = (Qualifier) obj;
|
||||||
|
|
||||||
|
return toComparableString().equals(other.toComparableString());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
|
@ -0,0 +1,167 @@
|
||||||
|
|
||||||
|
package eu.dnetlib.dhp.schema.oaf;
|
||||||
|
|
||||||
|
import static com.google.common.base.Preconditions.checkArgument;
|
||||||
|
|
||||||
|
import java.util.*;
|
||||||
|
import java.util.stream.Collectors;
|
||||||
|
import java.util.stream.Stream;
|
||||||
|
|
||||||
|
/**
|
||||||
|
* Relation models any edge between two nodes in the OpenAIRE graph. It has a source id and a target id pointing to
|
||||||
|
* graph node identifiers and it is further characterised by the semantic of the link through the fields relType,
|
||||||
|
* subRelType and relClass. Provenance information is modeled according to the dataInfo element and collectedFrom, while
|
||||||
|
* individual relationship types can provide extra information via the properties field.
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
public class Relation extends Oaf {
|
||||||
|
|
||||||
|
/**
|
||||||
|
* Main relationship classifier, values include 'resultResult', 'resultProject', 'resultOrganization', etc.
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
private String relType;
|
||||||
|
|
||||||
|
/**
|
||||||
|
* Further classifies a relationship, values include 'affiliation', 'similarity', 'supplement', etc.
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
private String subRelType;
|
||||||
|
|
||||||
|
/**
|
||||||
|
* Indicates the direction of the relationship, values include 'isSupplementTo', 'isSupplementedBy', 'merges,
|
||||||
|
* 'isMergedIn'.
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
private String relClass;
|
||||||
|
|
||||||
|
/**
|
||||||
|
* The source entity id.
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
private String source;
|
||||||
|
|
||||||
|
/**
|
||||||
|
* The target entity id.
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
private String target;
|
||||||
|
|
||||||
|
/**
|
||||||
|
* Was this relationship authoritatively validated?
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
private Boolean validated;
|
||||||
|
|
||||||
|
/**
|
||||||
|
* When was this relationship authoritatively validated.
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
private String validationDate;
|
||||||
|
|
||||||
|
/**
|
||||||
|
* List of relation specific properties. Values include 'similarityLevel', indicating the similarity score between a
|
||||||
|
* pair of publications.
|
||||||
|
*/
|
||||||
|
private List<KeyValue> properties = new ArrayList<>();
|
||||||
|
|
||||||
|
public String getRelType() {
|
||||||
|
return relType;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setRelType(final String relType) {
|
||||||
|
this.relType = relType;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public String getSubRelType() {
|
||||||
|
return subRelType;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setSubRelType(final String subRelType) {
|
||||||
|
this.subRelType = subRelType;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public String getRelClass() {
|
||||||
|
return relClass;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setRelClass(final String relClass) {
|
||||||
|
this.relClass = relClass;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public String getSource() {
|
||||||
|
return source;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setSource(final String source) {
|
||||||
|
this.source = source;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public String getTarget() {
|
||||||
|
return target;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setTarget(final String target) {
|
||||||
|
this.target = target;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public List<KeyValue> getProperties() {
|
||||||
|
return properties;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setProperties(List<KeyValue> properties) {
|
||||||
|
this.properties = properties;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Boolean getValidated() {
|
||||||
|
return validated;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setValidated(Boolean validated) {
|
||||||
|
this.validated = validated;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public String getValidationDate() {
|
||||||
|
return validationDate;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setValidationDate(String validationDate) {
|
||||||
|
this.validationDate = validationDate;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void mergeFrom(final Relation r) {
|
||||||
|
|
||||||
|
checkArgument(Objects.equals(getSource(), r.getSource()), "source ids must be equal");
|
||||||
|
checkArgument(Objects.equals(getTarget(), r.getTarget()), "target ids must be equal");
|
||||||
|
checkArgument(Objects.equals(getRelType(), r.getRelType()), "relType(s) must be equal");
|
||||||
|
checkArgument(
|
||||||
|
Objects.equals(getSubRelType(), r.getSubRelType()), "subRelType(s) must be equal");
|
||||||
|
checkArgument(Objects.equals(getRelClass(), r.getRelClass()), "relClass(es) must be equal");
|
||||||
|
|
||||||
|
setCollectedfrom(
|
||||||
|
Stream
|
||||||
|
.concat(
|
||||||
|
Optional
|
||||||
|
.ofNullable(getCollectedfrom())
|
||||||
|
.map(Collection::stream)
|
||||||
|
.orElse(Stream.empty()),
|
||||||
|
Optional
|
||||||
|
.ofNullable(r.getCollectedfrom())
|
||||||
|
.map(Collection::stream)
|
||||||
|
.orElse(Stream.empty()))
|
||||||
|
.distinct() // relies on KeyValue.equals
|
||||||
|
.collect(Collectors.toList()));
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
@Override
|
||||||
|
public boolean equals(Object o) {
|
||||||
|
if (this == o)
|
||||||
|
return true;
|
||||||
|
if (o == null || getClass() != o.getClass())
|
||||||
|
return false;
|
||||||
|
Relation relation = (Relation) o;
|
||||||
|
return relType.equals(relation.relType)
|
||||||
|
&& subRelType.equals(relation.subRelType)
|
||||||
|
&& relClass.equals(relation.relClass)
|
||||||
|
&& source.equals(relation.source)
|
||||||
|
&& target.equals(relation.target);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
@Override
|
||||||
|
public int hashCode() {
|
||||||
|
return Objects.hash(relType, subRelType, relClass, source, target, collectedfrom);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
}
|
|
@ -0,0 +1,348 @@
|
||||||
|
|
||||||
|
package eu.dnetlib.dhp.schema.oaf;
|
||||||
|
|
||||||
|
import java.io.Serializable;
|
||||||
|
import java.util.ArrayList;
|
||||||
|
import java.util.Comparator;
|
||||||
|
import java.util.List;
|
||||||
|
import java.util.stream.Collectors;
|
||||||
|
|
||||||
|
public class Result extends OafEntity implements Serializable {
|
||||||
|
|
||||||
|
private List<Measure> measures;
|
||||||
|
|
||||||
|
private List<Author> author;
|
||||||
|
|
||||||
|
// resulttype allows subclassing results into publications | datasets | software
|
||||||
|
private Qualifier resulttype;
|
||||||
|
|
||||||
|
// common fields
|
||||||
|
private Qualifier language;
|
||||||
|
|
||||||
|
private List<Country> country;
|
||||||
|
|
||||||
|
private List<StructuredProperty> subject;
|
||||||
|
|
||||||
|
private List<StructuredProperty> title;
|
||||||
|
|
||||||
|
private List<StructuredProperty> relevantdate;
|
||||||
|
|
||||||
|
private List<Field<String>> description;
|
||||||
|
|
||||||
|
private Field<String> dateofacceptance;
|
||||||
|
|
||||||
|
private Field<String> publisher;
|
||||||
|
|
||||||
|
private Field<String> embargoenddate;
|
||||||
|
|
||||||
|
private List<Field<String>> source;
|
||||||
|
|
||||||
|
private List<Field<String>> fulltext; // remove candidate
|
||||||
|
|
||||||
|
private List<Field<String>> format;
|
||||||
|
|
||||||
|
private List<Field<String>> contributor;
|
||||||
|
|
||||||
|
private Qualifier resourcetype;
|
||||||
|
|
||||||
|
private List<Field<String>> coverage;
|
||||||
|
|
||||||
|
private Qualifier bestaccessright;
|
||||||
|
|
||||||
|
private List<Context> context;
|
||||||
|
|
||||||
|
private List<ExternalReference> externalReference;
|
||||||
|
|
||||||
|
private List<Instance> instance;
|
||||||
|
|
||||||
|
public List<Measure> getMeasures() {
|
||||||
|
return measures;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setMeasures(List<Measure> measures) {
|
||||||
|
this.measures = measures;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public List<Author> getAuthor() {
|
||||||
|
return author;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setAuthor(List<Author> author) {
|
||||||
|
this.author = author;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Qualifier getResulttype() {
|
||||||
|
return resulttype;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setResulttype(Qualifier resulttype) {
|
||||||
|
this.resulttype = resulttype;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Qualifier getLanguage() {
|
||||||
|
return language;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setLanguage(Qualifier language) {
|
||||||
|
this.language = language;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public List<Country> getCountry() {
|
||||||
|
return country;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setCountry(List<Country> country) {
|
||||||
|
this.country = country;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public List<StructuredProperty> getSubject() {
|
||||||
|
return subject;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setSubject(List<StructuredProperty> subject) {
|
||||||
|
this.subject = subject;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public List<StructuredProperty> getTitle() {
|
||||||
|
return title;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setTitle(List<StructuredProperty> title) {
|
||||||
|
this.title = title;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public List<StructuredProperty> getRelevantdate() {
|
||||||
|
return relevantdate;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setRelevantdate(List<StructuredProperty> relevantdate) {
|
||||||
|
this.relevantdate = relevantdate;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public List<Field<String>> getDescription() {
|
||||||
|
return description;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setDescription(List<Field<String>> description) {
|
||||||
|
this.description = description;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Field<String> getDateofacceptance() {
|
||||||
|
return dateofacceptance;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setDateofacceptance(Field<String> dateofacceptance) {
|
||||||
|
this.dateofacceptance = dateofacceptance;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Field<String> getPublisher() {
|
||||||
|
return publisher;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setPublisher(Field<String> publisher) {
|
||||||
|
this.publisher = publisher;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Field<String> getEmbargoenddate() {
|
||||||
|
return embargoenddate;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setEmbargoenddate(Field<String> embargoenddate) {
|
||||||
|
this.embargoenddate = embargoenddate;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public List<Field<String>> getSource() {
|
||||||
|
return source;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setSource(List<Field<String>> source) {
|
||||||
|
this.source = source;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public List<Field<String>> getFulltext() {
|
||||||
|
return fulltext;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setFulltext(List<Field<String>> fulltext) {
|
||||||
|
this.fulltext = fulltext;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public List<Field<String>> getFormat() {
|
||||||
|
return format;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setFormat(List<Field<String>> format) {
|
||||||
|
this.format = format;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public List<Field<String>> getContributor() {
|
||||||
|
return contributor;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setContributor(List<Field<String>> contributor) {
|
||||||
|
this.contributor = contributor;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Qualifier getResourcetype() {
|
||||||
|
return resourcetype;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setResourcetype(Qualifier resourcetype) {
|
||||||
|
this.resourcetype = resourcetype;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public List<Field<String>> getCoverage() {
|
||||||
|
return coverage;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setCoverage(List<Field<String>> coverage) {
|
||||||
|
this.coverage = coverage;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Qualifier getBestaccessright() {
|
||||||
|
return bestaccessright;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setBestaccessright(Qualifier bestaccessright) {
|
||||||
|
this.bestaccessright = bestaccessright;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public List<Context> getContext() {
|
||||||
|
return context;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setContext(List<Context> context) {
|
||||||
|
this.context = context;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public List<ExternalReference> getExternalReference() {
|
||||||
|
return externalReference;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setExternalReference(List<ExternalReference> externalReference) {
|
||||||
|
this.externalReference = externalReference;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public List<Instance> getInstance() {
|
||||||
|
return instance;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setInstance(List<Instance> instance) {
|
||||||
|
this.instance = instance;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
@Override
|
||||||
|
public void mergeFrom(OafEntity e) {
|
||||||
|
super.mergeFrom(e);
|
||||||
|
|
||||||
|
if (!Result.class.isAssignableFrom(e.getClass())) {
|
||||||
|
return;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
Result r = (Result) e;
|
||||||
|
|
||||||
|
// TODO consider merging also Measures
|
||||||
|
|
||||||
|
instance = mergeLists(instance, r.getInstance());
|
||||||
|
|
||||||
|
if (r.getBestaccessright() != null && compareTrust(this, r) < 0)
|
||||||
|
bestaccessright = r.getBestaccessright();
|
||||||
|
|
||||||
|
if (r.getResulttype() != null && compareTrust(this, r) < 0)
|
||||||
|
resulttype = r.getResulttype();
|
||||||
|
|
||||||
|
if (r.getLanguage() != null && compareTrust(this, r) < 0)
|
||||||
|
language = r.getLanguage();
|
||||||
|
|
||||||
|
country = mergeLists(country, r.getCountry());
|
||||||
|
|
||||||
|
subject = mergeLists(subject, r.getSubject());
|
||||||
|
|
||||||
|
// merge title lists: main title with higher trust and distinct between the others
|
||||||
|
StructuredProperty baseMainTitle = null;
|
||||||
|
if (title != null) {
|
||||||
|
baseMainTitle = getMainTitle(title);
|
||||||
|
if (baseMainTitle != null) {
|
||||||
|
final StructuredProperty p = baseMainTitle;
|
||||||
|
title = title.stream().filter(t -> t != p).collect(Collectors.toList());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
StructuredProperty newMainTitle = null;
|
||||||
|
if (r.getTitle() != null) {
|
||||||
|
newMainTitle = getMainTitle(r.getTitle());
|
||||||
|
if (newMainTitle != null) {
|
||||||
|
final StructuredProperty p = newMainTitle;
|
||||||
|
r.setTitle(r.getTitle().stream().filter(t -> t != p).collect(Collectors.toList()));
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
if (newMainTitle != null && compareTrust(this, r) < 0) {
|
||||||
|
baseMainTitle = newMainTitle;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
title = mergeLists(title, r.getTitle());
|
||||||
|
if (title != null && baseMainTitle != null) {
|
||||||
|
title.add(baseMainTitle);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
relevantdate = mergeLists(relevantdate, r.getRelevantdate());
|
||||||
|
|
||||||
|
description = longestLists(description, r.getDescription());
|
||||||
|
|
||||||
|
if (r.getPublisher() != null && compareTrust(this, r) < 0)
|
||||||
|
publisher = r.getPublisher();
|
||||||
|
|
||||||
|
if (r.getEmbargoenddate() != null && compareTrust(this, r) < 0)
|
||||||
|
embargoenddate = r.getEmbargoenddate();
|
||||||
|
|
||||||
|
source = mergeLists(source, r.getSource());
|
||||||
|
|
||||||
|
fulltext = mergeLists(fulltext, r.getFulltext());
|
||||||
|
|
||||||
|
format = mergeLists(format, r.getFormat());
|
||||||
|
|
||||||
|
contributor = mergeLists(contributor, r.getContributor());
|
||||||
|
|
||||||
|
if (r.getResourcetype() != null)
|
||||||
|
resourcetype = r.getResourcetype();
|
||||||
|
|
||||||
|
coverage = mergeLists(coverage, r.getCoverage());
|
||||||
|
|
||||||
|
context = mergeLists(context, r.getContext());
|
||||||
|
|
||||||
|
externalReference = mergeLists(externalReference, r.getExternalReference());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
private List<Field<String>> longestLists(List<Field<String>> a, List<Field<String>> b) {
|
||||||
|
if (a == null || b == null)
|
||||||
|
return a == null ? b : a;
|
||||||
|
if (a.size() == b.size()) {
|
||||||
|
int msa = a
|
||||||
|
.stream()
|
||||||
|
.filter(i -> i.getValue() != null)
|
||||||
|
.map(i -> i.getValue().length())
|
||||||
|
.max(Comparator.naturalOrder())
|
||||||
|
.orElse(0);
|
||||||
|
int msb = b
|
||||||
|
.stream()
|
||||||
|
.filter(i -> i.getValue() != null)
|
||||||
|
.map(i -> i.getValue().length())
|
||||||
|
.max(Comparator.naturalOrder())
|
||||||
|
.orElse(0);
|
||||||
|
return msa > msb ? a : b;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return a.size() > b.size() ? a : b;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
private StructuredProperty getMainTitle(List<StructuredProperty> titles) {
|
||||||
|
// need to check if the list of titles contains more than 1 main title? (in that case, we should chose which
|
||||||
|
// main title select in the list)
|
||||||
|
for (StructuredProperty title : titles) {
|
||||||
|
if (title.getQualifier() != null && title.getQualifier().getClassid() != null)
|
||||||
|
if (title.getQualifier().getClassid().equals("main title"))
|
||||||
|
return title;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return null;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
|
@ -0,0 +1,80 @@
|
||||||
|
|
||||||
|
package eu.dnetlib.dhp.schema.oaf;
|
||||||
|
|
||||||
|
import java.io.Serializable;
|
||||||
|
import java.util.List;
|
||||||
|
|
||||||
|
import eu.dnetlib.dhp.schema.common.ModelConstants;
|
||||||
|
|
||||||
|
public class Software extends Result implements Serializable {
|
||||||
|
|
||||||
|
private List<Field<String>> documentationUrl;
|
||||||
|
|
||||||
|
// candidate for removal
|
||||||
|
private List<StructuredProperty> license;
|
||||||
|
|
||||||
|
// candidate for removal
|
||||||
|
private Field<String> codeRepositoryUrl;
|
||||||
|
|
||||||
|
private Qualifier programmingLanguage;
|
||||||
|
|
||||||
|
public Software() {
|
||||||
|
setResulttype(ModelConstants.SOFTWARE_DEFAULT_RESULTTYPE);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public List<Field<String>> getDocumentationUrl() {
|
||||||
|
return documentationUrl;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setDocumentationUrl(List<Field<String>> documentationUrl) {
|
||||||
|
this.documentationUrl = documentationUrl;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public List<StructuredProperty> getLicense() {
|
||||||
|
return license;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setLicense(List<StructuredProperty> license) {
|
||||||
|
this.license = license;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Field<String> getCodeRepositoryUrl() {
|
||||||
|
return codeRepositoryUrl;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setCodeRepositoryUrl(Field<String> codeRepositoryUrl) {
|
||||||
|
this.codeRepositoryUrl = codeRepositoryUrl;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Qualifier getProgrammingLanguage() {
|
||||||
|
return programmingLanguage;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setProgrammingLanguage(Qualifier programmingLanguage) {
|
||||||
|
this.programmingLanguage = programmingLanguage;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
@Override
|
||||||
|
public void mergeFrom(OafEntity e) {
|
||||||
|
super.mergeFrom(e);
|
||||||
|
|
||||||
|
if (!Software.class.isAssignableFrom(e.getClass())) {
|
||||||
|
return;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
final Software s = (Software) e;
|
||||||
|
documentationUrl = mergeLists(documentationUrl, s.getDocumentationUrl());
|
||||||
|
|
||||||
|
license = mergeLists(license, s.getLicense());
|
||||||
|
|
||||||
|
codeRepositoryUrl = s.getCodeRepositoryUrl() != null && compareTrust(this, s) < 0
|
||||||
|
? s.getCodeRepositoryUrl()
|
||||||
|
: codeRepositoryUrl;
|
||||||
|
|
||||||
|
programmingLanguage = s.getProgrammingLanguage() != null && compareTrust(this, s) < 0
|
||||||
|
? s.getProgrammingLanguage()
|
||||||
|
: programmingLanguage;
|
||||||
|
|
||||||
|
mergeOAFDataInfo(e);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
|
@ -0,0 +1,60 @@
|
||||||
|
|
||||||
|
package eu.dnetlib.dhp.schema.oaf;
|
||||||
|
|
||||||
|
import java.io.Serializable;
|
||||||
|
|
||||||
|
public class StructuredProperty implements Serializable {
|
||||||
|
|
||||||
|
private String value;
|
||||||
|
|
||||||
|
private Qualifier qualifier;
|
||||||
|
|
||||||
|
private DataInfo dataInfo;
|
||||||
|
|
||||||
|
public String getValue() {
|
||||||
|
return value;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setValue(String value) {
|
||||||
|
this.value = value;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public Qualifier getQualifier() {
|
||||||
|
return qualifier;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setQualifier(Qualifier qualifier) {
|
||||||
|
this.qualifier = qualifier;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public DataInfo getDataInfo() {
|
||||||
|
return dataInfo;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setDataInfo(DataInfo dataInfo) {
|
||||||
|
this.dataInfo = dataInfo;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public String toComparableString() {
|
||||||
|
return value != null ? value.toLowerCase() : "";
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
@Override
|
||||||
|
public int hashCode() {
|
||||||
|
return toComparableString().hashCode();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
@Override
|
||||||
|
public boolean equals(Object obj) {
|
||||||
|
if (this == obj)
|
||||||
|
return true;
|
||||||
|
if (obj == null)
|
||||||
|
return false;
|
||||||
|
if (getClass() != obj.getClass())
|
||||||
|
return false;
|
||||||
|
|
||||||
|
StructuredProperty other = (StructuredProperty) obj;
|
||||||
|
|
||||||
|
return toComparableString().equals(other.toComparableString());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
|
@ -0,0 +1,89 @@
|
||||||
|
|
||||||
|
package eu.dnetlib.dhp.schema.scholexplorer;
|
||||||
|
|
||||||
|
import java.util.ArrayList;
|
||||||
|
import java.util.HashMap;
|
||||||
|
import java.util.List;
|
||||||
|
import java.util.Map;
|
||||||
|
|
||||||
|
import org.apache.commons.lang3.StringUtils;
|
||||||
|
|
||||||
|
import eu.dnetlib.dhp.schema.oaf.Dataset;
|
||||||
|
import eu.dnetlib.dhp.schema.oaf.OafEntity;
|
||||||
|
|
||||||
|
public class DLIDataset extends Dataset {
|
||||||
|
|
||||||
|
private String originalObjIdentifier;
|
||||||
|
|
||||||
|
private List<ProvenaceInfo> dlicollectedfrom;
|
||||||
|
|
||||||
|
private String completionStatus;
|
||||||
|
|
||||||
|
public String getCompletionStatus() {
|
||||||
|
return completionStatus;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setCompletionStatus(String completionStatus) {
|
||||||
|
this.completionStatus = completionStatus;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public List<ProvenaceInfo> getDlicollectedfrom() {
|
||||||
|
return dlicollectedfrom;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setDlicollectedfrom(List<ProvenaceInfo> dlicollectedfrom) {
|
||||||
|
this.dlicollectedfrom = dlicollectedfrom;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public String getOriginalObjIdentifier() {
|
||||||
|
return originalObjIdentifier;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
public void setOriginalObjIdentifier(String originalObjIdentifier) {
|
||||||
|
this.originalObjIdentifier = originalObjIdentifier;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
@Override
|
||||||
|
public void mergeFrom(OafEntity e) {
|
||||||
|
super.mergeFrom(e);
|
||||||
|
DLIDataset p = (DLIDataset) e;
|
||||||
|
if (StringUtils.isBlank(completionStatus) && StringUtils.isNotBlank(p.completionStatus))
|
||||||
|
completionStatus = p.completionStatus;
|
||||||
|
if ("complete".equalsIgnoreCase(p.completionStatus))
|
||||||
|
completionStatus = "complete";
|
||||||
|
dlicollectedfrom = mergeProvenance(dlicollectedfrom, p.getDlicollectedfrom());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
private List<ProvenaceInfo> mergeProvenance(
|
||||||
|
final List<ProvenaceInfo> a, final List<ProvenaceInfo> b) {
|
||||||
|
Map<String, ProvenaceInfo> result = new HashMap<>();
|
||||||
|
if (a != null)
|
||||||
|
a
|
||||||
|
.forEach(
|
||||||
|
p -> {
|
||||||
|
if (p != null && StringUtils.isNotBlank(p.getId()) && result.containsKey(p.getId())) {
|
||||||
|
if ("incomplete".equalsIgnoreCase(result.get(p.getId()).getCompletionStatus())
|
||||||
|
&& StringUtils.isNotBlank(p.getCompletionStatus())) {
|
||||||
|
result.put(p.getId(), p);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
} else if (p != null && p.getId() != null && !result.containsKey(p.getId()))
|
||||||
|
result.put(p.getId(), p);
|
||||||
|
});
|
||||||
|
if (b != null)
|
||||||
|
b
|
||||||
|
.forEach(
|
||||||
|
p -> {
|
||||||
|
if (p != null && StringUtils.isNotBlank(p.getId()) && result.containsKey(p.getId())) {
|
||||||
|
if ("incomplete".equalsIgnoreCase(result.get(p.getId()).getCompletionStatus())
|
||||||
|
&& StringUtils.isNotBlank(p.getCompletionStatus())) {
|
||||||
|
result.put(p.getId(), p);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
} else if (p != null && p.getId() != null && !result.containsKey(p.getId()))
|
||||||
|
result.put(p.getId(), p);
|
||||||
|
});
|
||||||
|
|
||||||
|
return new ArrayList<>(result.values());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
|
@ -0,0 +1,87 @@
|
||||||
|
|
||||||
|
package eu.dnetlib.dhp.schema.scholexplorer;
|
||||||
|
|
||||||
|
import java.io.Serializable;
|
||||||
|
import java.util.*;
|
||||||
|
|
||||||
|
import org.apache.commons.lang3.StringUtils;
|
||||||
|
|
||||||
|
import eu.dnetlib.dhp.schema.oaf.OafEntity;
|
||||||
|
import eu.dnetlib.dhp.schema.oaf.Publication;
|
||||||
|
|
||||||
|
public class DLIPublication extends Publication implements Serializable {
|
||||||
|
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private String originalObjIdentifier;
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private List<ProvenaceInfo> dlicollectedfrom;
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private String completionStatus;
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public String getCompletionStatus() {
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return completionStatus;
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}
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public void setCompletionStatus(String completionStatus) {
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|
this.completionStatus = completionStatus;
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|
}
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public List<ProvenaceInfo> getDlicollectedfrom() {
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||||||
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return dlicollectedfrom;
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|
}
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||||||
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||||||
|
public void setDlicollectedfrom(List<ProvenaceInfo> dlicollectedfrom) {
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|
this.dlicollectedfrom = dlicollectedfrom;
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||||||
|
}
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||||||
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||||||
|
public String getOriginalObjIdentifier() {
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return originalObjIdentifier;
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||||||
|
}
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|
public void setOriginalObjIdentifier(String originalObjIdentifier) {
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|
this.originalObjIdentifier = originalObjIdentifier;
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|
}
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@Override
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public void mergeFrom(OafEntity e) {
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super.mergeFrom(e);
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DLIPublication p = (DLIPublication) e;
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|
if (StringUtils.isBlank(completionStatus) && StringUtils.isNotBlank(p.completionStatus))
|
||||||
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completionStatus = p.completionStatus;
|
||||||
|
if ("complete".equalsIgnoreCase(p.completionStatus))
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||||||
|
completionStatus = "complete";
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dlicollectedfrom = mergeProvenance(dlicollectedfrom, p.getDlicollectedfrom());
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||||||
|
}
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private List<ProvenaceInfo> mergeProvenance(
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final List<ProvenaceInfo> a, final List<ProvenaceInfo> b) {
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Map<String, ProvenaceInfo> result = new HashMap<>();
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if (a != null)
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||||||
|
a
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||||||
|
.forEach(
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||||||
|
p -> {
|
||||||
|
if (p != null && StringUtils.isNotBlank(p.getId()) && result.containsKey(p.getId())) {
|
||||||
|
if ("incomplete".equalsIgnoreCase(result.get(p.getId()).getCompletionStatus())
|
||||||
|
&& StringUtils.isNotBlank(p.getCompletionStatus())) {
|
||||||
|
result.put(p.getId(), p);
|
||||||
|
}
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||||||
|
|
||||||
|
} else if (p != null && p.getId() != null && !result.containsKey(p.getId()))
|
||||||
|
result.put(p.getId(), p);
|
||||||
|
});
|
||||||
|
if (b != null)
|
||||||
|
b
|
||||||
|
.forEach(
|
||||||
|
p -> {
|
||||||
|
if (p != null && StringUtils.isNotBlank(p.getId()) && result.containsKey(p.getId())) {
|
||||||
|
if ("incomplete".equalsIgnoreCase(result.get(p.getId()).getCompletionStatus())
|
||||||
|
&& StringUtils.isNotBlank(p.getCompletionStatus())) {
|
||||||
|
result.put(p.getId(), p);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
} else if (p != null && p.getId() != null && !result.containsKey(p.getId()))
|
||||||
|
result.put(p.getId(), p);
|
||||||
|
});
|
||||||
|
|
||||||
|
return new ArrayList<>(result.values());
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
|
@ -0,0 +1,30 @@
|
||||||
|
|
||||||
|
package eu.dnetlib.dhp.schema.scholexplorer;
|
||||||
|
|
||||||
|
import java.util.List;
|
||||||
|
|
||||||
|
import eu.dnetlib.dhp.schema.oaf.KeyValue;
|
||||||
|
import eu.dnetlib.dhp.schema.oaf.Relation;
|
||||||
|
|
||||||
|
public class DLIRelation extends Relation {
|
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|
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|
private String dateOfCollection;
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||||||
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|
private List<KeyValue> collectedFrom;
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|
public List<KeyValue> getCollectedFrom() {
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|
return collectedFrom;
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||||||
|
}
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|
public void setCollectedFrom(List<KeyValue> collectedFrom) {
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|
this.collectedFrom = collectedFrom;
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|
}
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|
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|
public String getDateOfCollection() {
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||||||
|
return dateOfCollection;
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||||||
|
}
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||||||
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|
public void setDateOfCollection(String dateOfCollection) {
|
||||||
|
this.dateOfCollection = dateOfCollection;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
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